Com a chegada de vários grupos de guerreiros alienígenas, a Terra se encontra em um perigo aparentemente impossível de ser contornado. Mas a esperança está nas mãos dos que se consideram ser um exército rebelde.

Apesar dos vários grupos guerreiros presentes para batalhar, a maior batalha parece ser entre dois irmãos que quem passar a limpo suas diferenças.

Falta pouco tempo para o disparo mortal da Chama de Kagutsuchi e as opções para detê-la estão acabando. Shinsuke deve tomar mais uma decisão difícil para conseguir cumprir seu objetivo.

O Exército de Liberação se apressa para tentar fugir antes que a nave Pássaro Celestial caia na Terra, é quando o exército liderado por Takasugi aparece e o último enfrentamento acontece. Mesmo com a batalha decidida, pouca coisa foi resolvida, o perigo da destruição do planeta ainda é iminente.

A queda da nave Pássaro Celestial parece inevitável e o príncipe Hata recebe um pedido de seu irmão mais velho, Shijaku, que o deixa muito abalado. De acordo com a situação, a única saída é destruir a nave-mãe antes que ela caia na Terra, infelizmente matando todos que ainda estão a bordo, inclusive Shijaku.

Sadaharu com a ajuda das irmãs Ane e Mone segue para tentar controlar os veios do dragão e diminuir o poder de Utsuro. Gin e seus amigos precisam de toda a ajuda possível para conseguir vencer o poderoso inimigo e salvar a Terra.

Sadaharu consegue acalmar o descontrole do veio do dragão e o fragmento da lâmina da espada com cristais que penetrou no corpo de Utsuro consegue enfraquecê-lo, dando novas esperanças a todos. Mas a nave Pássaro Celestial continua a cair, ainda não há como prever o destino do planeta.

Shinpachi está incomodado porque, diferente de seus companheiros, ele não encontrou seu caminho, agora que Edo está voltando a ser como antes.

Shinpachi segue sua vida sem rumo e acaba encontrando rostos conhecidos e outra pessoa bem improvável de existir. Gintoki segue seu caminho atrás de assuntos não acabados.

Shinpachi continua confuso com a presença de Kanna, mas não tem tempo para organizar pensamentos, logo eles são atacados por Okita. Enquanto isso, Gintoki se vê perseguido por vários inimigos e também por um velho companheiro.

Durante sua nova jornada, Gintoki encontra um garoto misterioso que o segue por onde for, mesmo pelos caminhos mais tortuosos. Mas desde o começo é fácil notar que esse garoto não é um humano normal.

Gintoki volta para Edo, mas fica envergonhado para reencontrar seus conhecidos após dois anos sem dar notícias. Como era de se esperar, ele acaba avistando muitos rostos conhecidos, que ele se convence de que os encontros e reconhecimentos devem ser evitados, a todo custo!

Gintoki acaba sendo pego pelas mulheres de Yoshiwara, mas ninguém descobre seu disfarce como Takasugi. Ao recusar cooperar, ele sofre uma grande tortura no estilo das cortesãs.