O clã das Tartarugas Ninja juntamente com Casey Jones e April conhecem um estranho robô alienígena chamado Fugitoid. O robô volta no tempo para impedir o avanço dos Triceratons.

Quando a nave espacial com as tartarugas, April, Casey Jones e Fugitoid colide acidentalmente com a nave das Salamandras, todos caem em uma lua congelada, onde ficam presos.

Quando Lorde Dregg contrata um caçador de recompensas para destruir as Tartarugas, a equipe foge para uma estação especial abandonada.

Em órbita na escuridão do planeta Xaava-Dal, Capitão Mozar e seus triceratons se preparam para o ataque. A atmosfera desconhecida pelas Tartarugas Ninjas causa tensão e hostilidade entre Casey e o grupo.

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The Turtles must gain the trust of the Utrom Council in order to find the next piece of the black hole generator.

The Turtles journey through an ocean-like area of space.

The Turtles are transported to another dimension where they meet their 1980s counterparts and work together to battle Krang.

Donatello is feeling inferior to Fugitoid, but his intellect is put to the test when the Triceratons attack.

When Raphael loses his fighting mojo, he must overcome his feelings to save his brothers from certain doom.

The team must overcome impossible odds in order to obtain the final Black Hole Generator piece that is located on the planet Magdomar.

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When Leonardo secretly allies himself with Karai, he gets himself into deeper danger than he could have realized.

Raphael must overcome his fear of insects to lead the team when they are forced to battle Stockman-Fly's new insect minions.

Don Vizioso's gang tracks the Turtles with a slew of Anti-Mutant weapons.

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For the first time, the Turtles encounter something they cannot defeat – the Super Shredder!

The Turtle team hunts for their Sensei, but soon realizes they are being hunted as well.

Donatello becomes concerned and decides to test April, only to discover that her psychic abilities are rapidly growing in power.

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With the demise of their beloved father and Karai incapacitated, the Turtles, April, and Casey, infiltrate Super Shredder's new lair to put an end to Oroku Saki once and for all, no matter what it takes.