הצבים, אפריל וקייסי מתגוררים בחווה מאז עזבו את ניו יורק ומצפים להחלמתו של לאונרדו. בינתיים, מפלצת משתלטת על רפאל.

הצבים נתקלים בביגפוט פצוע ולוקחים אותו הביתה. אחרי טיפול בפצעיו הם מגלים שביגפוט היא בעצם נקבה והיא "מתאהבת" בדוני.

הצבים מגלים דלת סודית בבית החווה. הם מוצאים את אימא של אפריל שהייתה בהקפאה במשך שנים. מיכלאנג'לו אינו ממהר לבטוח בה...

הצבים מתנהגים לא יפה אל מיכאלאנג'לו אחרי ששוב עשה בלגן בבית והוא מחליט לעזוב. הוא מתחבר עם מוטנט צפרדע שלוקח אותו לחבריו.

הצבים לכודים בתוך חלום ולא יכולים להתעורר. אפריל וקייסי חושדים שהסיבה קשורה למוכר בעל ספר מסתורי ומנסים למצוא פתרון.

הצבים מגלים מוטנט-מכונית שתוקף את קייסי בזמן הנסיעה. קייסי רוצה לבנות רכב שיוכל להתמודד מולו ומבקש עזרה מדונטלו.

דונטלו בודק המצאה חדשה על אפריל והיא גורמת לה לראות דרך העיניים של מוטנט חדש, "כימרה".

אפריל וקייסי נשארים להתאמן לבדם בבית החווה בעוד שהצבים יוצאים לאימונים ביער כדי להתחבר לטבע.

הצבים מחליטים לחזור לניו-יורק. הם מוצאים את ספלינטר במצב בלתי יציב ומנסים להציל אותו.

הצבים מחפשים את קאראי ונקלעים לקרב עם סטראנקו ועם זק שרוצים להשתמש בהם למטרת עסקה עם שרדר.

הצבים יוצאים לחפש את קאראי על פי הרמז שקיבלו. הם מותקפים על ידי ביבופ ורוקסטדי.

הצבים פוגשים שוב את סלאש, שמנהיג צוות משלו ללחימה בקראנג. קורצמן רוצה ששני הצוותים יעבדו יחד אך הם מתקשים לקבל זה את זה.

הצבים נכנסים לממד איקס כדי להציל את תושבי ניו-יורק. בינתיים המוטנטים האמיצים נשארים מאחור כדי לעזור לצבים לחזור הביתה.

קייסי נכשל בניסיון לעצור את הדרקונים הסגולים. אחרי שהצבים צוחקים לו, הוא מנסה לתקוף את שרדר לבדו כדי להוכיח את עצמו.

קרב בין הצבים לביבופ ולרוקסטדי גורם ליצירת מוטנט נוסף. הוא מנסה להיות גיבור אבל ביבופ ורוקסטדי מנצלים אותו כדי שיעשה בעבורם את העבודה.

סלאש ורוקוול נלכדים ונתונים לשליטתו של שרדר. רפאל נחטף גם הוא והצבים, ראש תנין ופיט יוצאים להציל את חבריהם.

מיכלאנג'לו וקייסי משתעממים ויוצאים לבלות יחד. הם פוגשים מוטנט חדש שמוביל אותם למלכודת של פני דג.

אפריל נפגעת מהכשת נחש. קאראי, שנמצאת בשליטתו של שרדר, אחראית לכך ומנסה לפגוע גם בצבים.

הצבים פוגשים את רנט שבאה מהעתיד. היא נרדפת ורוצה שהצבים יעזרו לה, כיוון שבעתיד שהגיעה ממנו הם גיבורים מפורסמים.

הצבים מגיעים ליפן בעבר וחווים את הרגע המכריע בעברם של ספלינטר ושל שרדר.

הצבים מנסים להשיג תולעת מוח כדי למצוא מרפא בשביל קאראי. רפאל נפצע, וספלינטר אוסר על הצבים לפעול שוב, אך לאונרדו יוצא בכל זאת.

מיכלאנג'לו שופך על דונטלו בטעות חומר שגורם לו לאבד את החוכמה שלו. השרץ ונחשצמח חוזרים, והצבים נאלצים להילחם בהם שוב.

קאראי מהתלת בצבים ומכניסה אותם למלכודת. היא מאלצת את ספלינטר להילחם בה.

הצבים מוצאים יצור שנראה כמו דינוזאור ורוצה לחסל את הקראנג. רפאל גורם לו לציית לפקודותיו והם יוצאים יחד להילחם בקראנג.

הצבים פוגשים קראנג שונה שרוצה לעזור להם ומזהיר אותם מפני שני איומים העומדים להגיע לכדור הארץ, הקראנג והטרייסראטונים.

מיכלאנג'לו נחטף על ידי הטרייסראטונים, ושאר הצבים יוצאים להציל אותו. ספלינטר ואפריל פונים לשרדר כדי לקבל עזרה בהצלת כדור הארץ.