הצבים ניצלו ברגע האחרון על ידי פוג'יטויד. בעזרתו הם חוזרים אחורה בזמן כדי לעצור את הטרייסראטונים ולהציל את כדור הארץ.

הצבים פוגשים את הסלמנדריאנים, שתחילה תוקפים אותם, אך לבסוף הופכים לשותפים.

החבורה מוצאת היפר-קובייה מסתורית. קייסי פותח אותה ומשחרר את הווירם, והוא מציע להגשים להם שלוש משאלות.

לורד דרג יוצר קשר עם ארמאגון ומבקש את שירותיו כדי לחסל את הצבים.

החיפוש אחר הטרייסראטונים והחלק הראשון של מחולל החור השחור מוביל את החבורה לכוכב שפולט כוח של רשע.

ניוטרינוים נכנסים לתודעה של מיכלאנג'לו. שאר הצבים צריכים להיכנס לשם גם הם כדי להציל אותו לפני שיהיה מאוחר מדי.

הטרייסראטונים כולאים את הצבים. אפריל, קייסי ופוג'יטויד יוצאים להציל אותם.

סאל ומונה ליסה מנסים לגייס את עזרתם של הקראנג כדי להילחם בטרייסראטונים, אך נתפסים ברגע שהם חושפים את ידידותם עם הצבים.

הצבים יוצאים להשיג את החלק השני של מחולל החור השחור. הם נאלצים להתמודד שוב עם אויבים מוכרים.

הצבים עוברים במפתיע לממד אחר. מתברר שהמקבילים שלהם מאותו ממד זימנו אותם לעזרה.

תוקפים את הספינה של הצבים ופוג'יטויד נפגע. דונטלו מנסה לתקן אותו.

מונה ליסה מבקשת עזרה מהצבים, אך מתברר שהיא בגדה בהם ושיתפה פעולה עם דרג כדי להגן על הכוכב שלה.

הצבים יוצאים להשיג את החלק האחרון של מחו?לל החור השחור, אך גם דרג והטרייסראטונים בעקבותיו.

הטרייסראטונים עומדים לחסל את כדור הארץ שוב. הצב?ים מתחילים לחשוד בפוג'יטויד, שמוריד אותם בכדור הארץ.

מתברר שקאראי כבר לא נשלטת על ידי תולעת המוח. היא פועלת על דעת עצמה ומתכוונת לשקם את שבט הרגל ו?להחזיר לו את הכבוד שלו.

לאונרדו עוזר לקאראי לחסל מקומות מפתח של שרדר. הוא מסתיר זאת משאר הצבים ו?כשהם יוצאים לחפש אותו, דונטלו נפגע.

בקסטר סטוקמן יוצר עוד שני מוטנטים חרקים. הוא משתמש בהם כדי לגנוב כסף בשביל שרדר. רפאל נאלץ להתמודד שוב עם הפוביה שלו מחרקים.

רפאל כועס על האחרים ומחליט לפרוש מהצוות. בינתיים, צוות ה-"מוטנטים המופלאים" מתמודד עם חבורת פושעים עם כלי נשק לחיסול מוטנטים.

קריסטל האיון של אפריל גורם לדמויות מהקומיקס של מיכאלאנג'לו לקום לחיים. מתברר שאפריל קשורה מאוד לקריסטל באופן קיצוני.

שרדר דורש מבקסטר סטוקמן עוד מוטגן והוא הופך ל-"סופר שרדר". הוא חוטף את קאראי ומאלץ את ספלינטר והצבים לבוא הישר למלכודת שלו.

ספלינטר הוזה שהוא פוגש את מלך העכברושים. בינתיים, הצבים יוצאים לחפש אותו ומתמודדים מול שרדר והעוזרים שלו.

עברו של ציפורני נמר נחשף כשהוא נרדף על ידי אחותו. קייסי מקולל על ידה והחבורה מנסה לבטל את הקללה.

ספלינטר והצבים הולכים לבקר את קאראי ואת ה-"המוטנטים המדהימים". באותו זמן, שרדר תוקף אותם וגורם לחבורה להתפצל.

לאחר שספלינטר נהרג על ידי שרדר, הצבים יוצאים להתעמת עם שרדר פעם נוספת ולהביס אותו אחת ולתמיד.

הצבים פוגשים קראנג שונה, שרוצה לעזור להם ומזהיר אותם מפני שני איומים העומדים להגיע לכדור הארץ, הקראנג והטרייסראטונים.

פרק אחרון לעונה. מיכאלאנג'לו נחטף על ידי הטרייסראטונים, ושאר הצבים יוצאים להציל אותו. ספלינטר ואפריל פונים לשרדר כדי לקבל עזרה בהצלת כדור הארץ.