A medida que o Technodromo flutua pelo céu e começa seu ataque à cidade, Splinter se enfrenta com o Destruidor para colocar um ponto final nesse conflito de uma vez por todas.

As Tartarugas Ninjas entram no T.C.R.I em uma tentativa desesperada de fechar um portal Kraang. Enquanto isso, April é capturada por Kraang.

Donatello entra em um centro de detenção secreto de Kraang com o objetivo de resgatar Kirby O'Neal.

As tartarugas estão investigando o laboratório dos Kraags e descobrem que eles estão fazendo experimentos com mutagênico. Enquanto isso, uma vespa parasita mutante persegue os quatro irmãos.

O Destruidor começa a pensar que os soldados do Clã do Pé são frágeis e pouco eficazes. Por isso, ele decide fazer com que eles sofram uma mutação para que sejam mais fortes.

Depois das Tartarugas Ninja descobrirem o plano de Kraang de transformar a água do Planeta Terra em água da Divisão X, os quatro irmãos se infiltram em uma base submarina de seu rival.

Depois de testemunhar os Kraang em ação, Karai percebe a seriedade da ameaça alienígena e aborda as tartarugas para propor uma aliança.

Cansado de ser humilhado por Fishface e Dogpound e derrotado pelas Tartarugas, Baxter Stockman procura vingança atraindo as duas equipes para um labirinto mortal.

Rapha tem uma fobia pela barata de estimação de Donnie, Chong, que coloca uma câmera no inseto para conseguir espiar cada passo dos Kraang.

Com a ajuda de Leatherhead, as Tartarugas Ninja entram no laboratório secreto dos Kraang. Assim, os quatro irmãos finalmente descobrem o verdadeiro objetivo de seus inimigos.

As Tartarugas Ninja conhecem seu primeiro admirador, um jovem com aspirações de herói que decide lutar contra o crime, se disfarçando e usando o nome de Pulverizador.

Leo e Rapha discutem se devem ou não confiar em Karai. Além disso, as tartarugas visitam pela primeira vez a escola quando descobrem que o projeto escolar de April está atraindo a atenção dos Kraang.

A cidade é invadida por um exército de ratos que estão sendo controladas mentalmente pelo Rei Rato e Mestre Spilter. Leo, Rapha, Donnie e Mikey precisam lutar contra seu próprio mestre.

Leonardo, cansado das constantes críticas de Raphael, deixa seu irmão ser o líder do bando por um tempo. Mas logo Leo conhece a uma perigosa e linda kunoichi chamada Karai.

As tartarugas descobrem um lagarto mutante que foi atacado pelos Kraang. Mikey, na tentativa de ajuda-lo, leva o lagarto Leatherhead até a toca.

Quando ameaças simultâneas da gangue dos Dragões Roxos e dos Saberob de Baxter Stockman forçam as tartarugas a se dividirem em dois grupos.

As tartarugas precisam defender sua casa nos esgotos quando Bradford tenta destruí-la com um produto químico perigoso.

Depois que um pombo mutante dá uma pista sobre o pai de April, ela e as tartarugas embarcam em uma missão para salvá-lo e impedir que os kraang detonem uma bomba mutante.

Leo teme que seu ato de piedade tenha voltado para assombrá-lo quando Xever leva um comerciante local como refém.

Donatello e April investigam o desaparecimento de um cientista, mas descobrem uma conspiração envolvendo um bizarro macaco vidente.

Cansado de usar seu simples bastão para lutar contra os tecnologicamente avançados kraangs, Donatello cria o "Cabeça de Metal", um robô tartaruga dirigido por controle remoto para lutar em seu lugar.

Donatello usa um chip de I.A.(inteligencia articial) militar de alta tecnologia para criar um mp3 player de auto-atualização.

Para provar que as tartarugas podem ser amigas dos humanos, Michelângelo usa um site de uma rede social para fazer amizade com Chris Bradford, um famoso artista marcial.

Raphael perde a razão quando é insultado por um cínico novaiorquino (Vic) e o eventual bate-boca resulta na emboscada dos Kraang para as tratarugas, o que arruina a missão delas.

O Mestre Splinter, percebendo que as tartarugas precisam de um líder, entrega a tarefa para Leonardo. Depois de uma resistência inicial as habilidades de liderança de Leonardo começam a tomar forma.

Quando o Mestre Splinter permite que as Tartarugas Ninjas visitem a superfície da cidade pela primeira vez, elas descobrem que este mundo não é tão simples como parece.