Dopo l'ondata radioattiva, Clarke si ritrova sola e si mette in cerca di cibo e acqua, prima a Polis, poi ad Arkadia, fino ad arrivare alla Valle dell'Eden dove incontra una ragazzina, Madi. Sei anni dopo, le due hanno stabilito un rapporto e si aiutano per cercare di sopravvivere. Nello spazio, Raven, Emori, Monty, Harper, Murphy, Bellamy e Echo scorgono un'astronave diretta sulla Terra e cercano di mettersi in contatto. Clarke assiste all'arrivo di un'astronave e ordina subito a Madi di andare a nascondersi nel suo rifugio segreto.

Poco dopo Praimfaya, i delegati del clan discutono la punizione per un ladro. Kane e Abby sentono Clarke che bussa al bunker e quando cercano di aprirlo scoprono che è stato chiuso a causa delle macerie di Polis. Un ribelle Skaikru tentando un colpo di stato blocca diverse persone nella zona agricola, lasciando fuori il resto dei terrestri. Con l'aiuto di Jaha, Indra e Gaia, Octavia risolve la situazione dimostrando di essere un leader capace. Quando molti terrestri mettono in dubbio la sua leadership, li uccide dicendo loro che sono Wonkru o che sono nemici della Wonkru. I rimanenti si inchinano davanti a lei. Dopo aver aperto la porta, Octavia, Kane e Abby si precipitano in aiuto di Jaha, pugnalato da un terrestre. Mentre Kane recita la preghiera del Popolo del Cielo, Jaha muore per le ferite. Come punizione per Kara e i coinvolti nel colpo di stato, Octavia ordina loro di combattere fino alla morte. Kara emerge vittoriosa. Sei anni dopo, Octavia e i suoi consiglieri sorvegliano i guerrieri Wonkru che combattono fino alla morte, come i gladiatori nell'antica Roma. Il gruppo successivo di combattenti viene portato dentro, Kane è tra loro.

Clarke e Madi si nascondono dall'equipaggio di Eligius, mentre Diyoza manda McCreary in sopralluogo. L'uomo cattura Clarke e la porta a Diyoza. Per far parlare Clarke, ordina ai suoi di sparare a vista. Clarke promette di dirle tutto. Raven e gli altri cercano un modo per raggiungere la Terra quando Echo trova un laboratorio di prigionieri congelati criogenicamente. Un prigioniero viene da remoto svegliato da Terra e attacca Bellamy, che lo uccide. Al fine di tenere i prigionieri congelati, Raven rimane nello spazio. Bellamy obietta finché Raven gli dice di una capsula di salvataggio che può usare per andare sulla Terra. Bellamy, Echo, Monty, Harper ed Emori tornano sulla Terra per liberare Clarke mentre Murphy rimane indietro con Raven e scopre che non esiste una capsula di salvataggio. Gli uomini Eligius trovano Bellamy e gli altri, ma Madi li uccide e guida i ragazzi da Clarke. Arriva Bellamy, dicendo a Diyoza che 283 persone congelate saranno uccise se non rilasceranno Clarke.

Kane e altri tre residenti del bunker si stanno preparando per uno scontro mortale nell'arena. Dopo un discorso di Gaia, i quattro prendono le rispettive armi e lo scontro inizia. Jackson intanto chiede a Miller se sa dove sia Abby.

Octavia è scioccata nello scoprire che Bellamy e Echo stanno insieme. Bellamy prova a far capire alla sorella che Echo è cambiata, ma Octavia non vuole sentire ragioni e dà ventiquattro ore di tempo alla ragazza per andarsene, altrimenti dovrà affrontare qualcuno nell'arena.

Clarke e Bellamy fanno una scoperta sorprendente sui piani di battaglia di Wonkru mentre Echo rischia la sua amicizia con Raven per completare la sua missione.

La determinazione di Clarke a proteggere Madi mette Bellamy in una posizione impossibile.

Dopo aver avvelenato Octavia Bellamy informa Indra e Clarke. Gli altri credono che sia soltanto malata, e cercano di guarirla. Nel frattempo, approfittando della mancanza di un leader dei Wonkru, e senza riuscire a conquistare la loro fiducia in altro modo, Indra e Bellamy, con la complicità di Gaia, decidono di far ascendere Madi, ultima Sanguenero, e di farla diventare comandante. Clarke è contraria, ma, prigioniera, non può fare niente per impedirlo. Durante la chiamata all'accensione Octavia si sveglia, ma Indra la costringe a letto e le impedisce di chiedere aiuto. Nel frattempo, tuttavia, Clarke riesce a liberarsi e arriva da Octavia, con la quale si accorda, pur di non far ascendere la bambina. Arrivate da lei, però, non è più possibile separare la fiamma da Madi, senza rischiare che muoia, e per questo motivo lei e Clarke sono allontanate da Octavia. Bellamy, Indra e Gaya vengono arrestati per combattere nell'arena, mentre un uomo di Octavia cerca di uccidere, a tradimento, Clarke e Madi. La bambina però si risveglia e grazie alla fiamma riesce a riconoscerlo e ad ottenere la sua fiducia, salvando la vita di entrambe. Nella Valle, Murphy, insieme agli altri, provoca una rivolta dicendo a McCreary che Diyoza ha una cura e glielo sta nascondendo. Diyoza riesce a scappare, mentre Abby è presa prigioniera.

Octavia decide di far combattere Indra, Bellamy e Gaia nell'arena, ma confida a Bellamy i punti deboli di Indra. Quest'ultima dice a Octavia che è disposta a sacrificarsi e che chi avrà salva la vita nell'arena sarà Gaia. Madi e Clarke tornano alla Valle per accordarsi con Diyoza. Monty ferma il combattimento nell'arena rivelando a tutti la sua scoperta che servirà ad alimentarli senza il bisogno di combattere una guerra.

Clarke riesce ad aiutare Abby a resistere alla crisi di astinenza, mentre Madi continua ad essere in disaccordo con lei nell'aiutare McCreary e i suoi nella guerra contro Octavia e la Wonkru. La ragazzina tenta di ucciderlo per mettere fine al conflitto, ma Clarke la ferma. Nel frattempo Octavia, Bellamy, Indra, Monty, Harper e il resto della Wonkru stanno marciando verso la Valle Profonda. Mentre Kane e Diyoza, che ha capito che McCreary sta usando la strategia militare scritta da lei per sterminare la Wonkru, rimangono nella grotta, il resto del gruppo guidato da Echo raggiunge il fiume ghiacciato, una delle tre vie d'accesso alla valle e, dopo essere stati salvati da Shaw, informano Bellamy dei piani di McCreary e fanno scorta di armi. Questi riferisce i nuovi sviluppi alla sorella e, insieme ad Indra, preparano un nuovo piano d'attacco.

Murphy, Raven, Echo in accordo con Bellamy operano un'imboscata ai guerrieri di McCreary , imboscata che non va a buon fine a causa di una soffiata da parte di Diyoza e Marcus a McCreary , il quale essendo a conoscenza del tutto brama una trappola al clan di Octavia la quale resta ferita insieme al fratello Bellamy. Raven e Shaw sono rapiti e consegnati a McCreary il quale vuole sfruttare le conoscenze di Shaw per lanciare un missile sul clan Wonkru, Madi rende noto a Clarke che le continue visioni che ha sono dei moniti fondamentali per Clarke ai fini di una presa di consapevolezza del fatto che Madi debba comandare i wonkru, ricordando a Clarke che uno degli errori più grandi commessi da Lexa fu proprio quello di abbandonare Clarke a se stessa a Mount Weather stipulando l'accordo con lo stesso clan per tutelare la propria gente lasciando morire , invece, la gente di Clarke, quindi non vuole che questo rimorso attanagli allo stesso modo Clarke , invitandola a non commettere lo stesso errore con Madi e la propria gens. Questa consapevolezza porta Clarke a scontrarsi con gli uomini di McCreary , manda Edo e Madi a salvare Bellamy Indra Octavia e la loro gente , Gaya è in fin di vita e quando Octavia sta per essere uccisa arrivano Murphy e gli altri con il rover alla cui guida vi è proprio Madi.

Bellamy insieme a Madi, Octavia, Gaia, Indra e Echo ritornano nell'accampamento dei Wonkru. Octavia si sottomette pubblicamente a Madi e quest'ultima consultando i precedenti comandanti con l'aiuto di Gaia escogita una strategia per prendere la gola ed entrare nella Valle. Clarke libera Diyoza e tiene in ostaggio la bambina non ancora nata di lei e di McCreary, non permettendo così l'utilizzo dei missili contro il Wonkru. Grazie al piano di Madi, intanto, il gruppo di Bellamy entra liberamente nella gola tramite il rover ed abbatte le difese nemiche aprendo così la strada all'esercito.