Mentre i restanti membri dei 100 affrontano i Grounders, Jaha compie un nobile sacrificio per assicurare che l'Arca arrivi sulla Terra.

Clarke e Finn si trovano faccia a faccia con un nuovo nemico dopo che Lincoln li salva da Anya, mentre Bellamy, Raven, Octavia e Jasper affrontano un Murphy vendicativo. Sull'Arca, Jaha fa un piano per cercare di raggiungere la Terra.

Clarke e Finn vengono catturati da Anya, che li costringe a salvare la vita di una vittima dell'esplosione. Nel frattempo, Raven affronta la sua separazione da Finn, e Kane combatte per salvare l'Arca e i suoi superstiti.

Murphy torna al campo portando un orribile virus creato dai Grounders per indebolire il campo. Dopo aver appreso che i Grounders hanno intenzione di attaccare il giorno successivo, Bellamy, Finn e Raven escogitano un piano per ritardarli.

Finn organizza un incontro con Clarke e il leader dei Grounders per portare la pace, tuttavia uno scettico Clarke avverte Bellamy, che insieme a Jasper e Raven li segue all'incontro con le armi. Sull'Arca, Diana prende il controllo della nave dell'esodo.

Shumway ordina segretamente a uno dei 100 di uccidere Bellamy. Nel frattempo, le noci allucinogene forniscono a Octavia l'opportunità di aiutare il Grounder a fuggire dal campo, e Bellamy e Clarke indagano su un vicino deposito sotterraneo, dove trovano armi militari.

Mentre Bellamy tortura il Grounder, Raven e Clarke entrano in contatto con l'Arca e chiedono ad Abby di aiutarli a salvare Finn. Sull'Arca, Kane affronta il suo senso di colpa e Jaha sorprende il consiglio con una rivelazione scioccante.

Bellamy, Finn e Jasper si dirigono nel territorio dei Grounder per cercare Octavia, mentre i flashback mostrano la difficile infanzia dei fratelli sull'Arca. Nel frattempo, Raven scopre Clarke e Finn.

Un piano per contattare l'Arca viene messo in moto dopo che Raven si schianta sulla Terra. Nel frattempo, Abby espone il piano di Kane per ridurre la popolazione dell'Arca.

Bellamy, Clarke e Finn cercano di proteggere Charlotte quando tutti vengono a sapere che ha ucciso Wells. Sull'Arca, Abby rischia di essere fatta galleggiare per dare a Raven la possibilità di lanciare la capsula di salvataggio.

Clarke, Finn e Wells vanno alla ricerca di un'alga con poteri antibiotici per salvare la vita a Jasper ma vengono bloccati da una nebbia tossica. All'accampamento, Murphy decide di uccidere Jasper, che con le sue grida ha portato tutti all'esasperazione. Clarke affronta Wells e lo mette alle strette. Alla fine capisce che le ha mentito per proteggerla e che in realtà la persona che ha tradito suo padre facendolo giustiziare, è sua madre Abby.

Sulla Terra, Bellamy è al comando della maggior parte dei ragazzi, che non avendo alcun interesse a comunicare all'Arca che li' si può sopravvivere, iniziano a togliersi i bracciali per far credere che stanno morendo. Clarke, Wells, Finn e Bellamy ritrovano Jasper in condizioni gravi, ma vivo. Nel frattempo, sull'Arca, Abby chiede a Raven di riparare una vecchia navicella spaziale, con la quale vuole raggiungere anche lei la Terra.

Novantasette anni dopo una guerra nucleare che ha annientato il pianeta Terra, è rimasta solo una stazione spaziale, l'Arca. Le leggi sono severe e i trasgressori vengono puniti con la morte per espulsione nel vuoto. Il capo dell'Arca, il Cancelliere Jaha, decide di inviare sulla Terra 100 giovani delinquenti. La loro missione sarà scoprire se è possibile una nuova vita sulla Terra per la popolazione dell'Arca, giunta ormai allo stremo e con una autonomia di risorse per pochi mesi. Nel gruppo dei ragazzi c'è Clarke, figlia di un ingegnere fatto giustiziare da Jaha, in isolamento per un anno, e Wells, figlio dello stesso Jaha.