Novantasette anni dopo una guerra nucleare che ha annientato il pianeta Terra, è rimasta solo una stazione spaziale, l'Arca. Le leggi sono severe e i trasgressori vengono puniti con la morte per espulsione nel vuoto. Il capo dell'Arca, il Cancelliere Jaha, decide di inviare sulla Terra 100 giovani delinquenti. La loro missione sarà scoprire se è possibile una nuova vita sulla Terra per la popolazione dell'Arca, giunta ormai allo stremo e con una autonomia di risorse per pochi mesi. Nel gruppo dei ragazzi c'è Clarke, figlia di un ingegnere fatto giustiziare da Jaha, in isolamento per un anno, e Wells, figlio dello stesso Jaha.

Sulla Terra, Bellamy è al comando della maggior parte dei ragazzi, che non avendo alcun interesse a comunicare all'Arca che li' si può sopravvivere, iniziano a togliersi i bracciali per far credere che stanno morendo. Clarke, Wells, Finn e Bellamy ritrovano Jasper in condizioni gravi, ma vivo. Nel frattempo, sull'Arca, Abby chiede a Raven di riparare una vecchia navicella spaziale, con la quale vuole raggiungere anche lei la Terra.

Clarke, Finn e Wells vanno alla ricerca di un'alga con poteri antibiotici per salvare la vita a Jasper ma vengono bloccati da una nebbia tossica. All'accampamento, Murphy decide di uccidere Jasper, che con le sue grida ha portato tutti all'esasperazione. Clarke affronta Wells e lo mette alle strette. Alla fine capisce che le ha mentito per proteggerla e che in realtà la persona che ha tradito suo padre facendolo giustiziare, è sua madre Abby.

Bellamy, Clarke e Finn cercano di proteggere Charlotte quando tutti vengono a sapere che ha ucciso Wells. Sull'Arca, Abby rischia di essere fatta galleggiare per dare a Raven la possibilità di lanciare la capsula di salvataggio.

Un piano per contattare l'Arca viene messo in moto dopo che Raven si schianta sulla Terra. Nel frattempo, Abby espone il piano di Kane per ridurre la popolazione dell'Arca.

Bellamy, Finn e Jasper si dirigono nel territorio dei Grounder per cercare Octavia, mentre i flashback mostrano la difficile infanzia dei fratelli sull'Arca. Nel frattempo, Raven scopre Clarke e Finn.

Mentre Bellamy tortura il Grounder, Raven e Clarke entrano in contatto con l'Arca e chiedono ad Abby di aiutarli a salvare Finn. Sull'Arca, Kane affronta il suo senso di colpa e Jaha sorprende il consiglio con una rivelazione scioccante.

Shumway ordina segretamente a uno dei 100 di uccidere Bellamy. Nel frattempo, le noci allucinogene forniscono a Octavia l'opportunità di aiutare il Grounder a fuggire dal campo, e Bellamy e Clarke indagano su un vicino deposito sotterraneo, dove trovano armi militari.

Finn organizza un incontro con Clarke e il leader dei Grounders per portare la pace, tuttavia uno scettico Clarke avverte Bellamy, che insieme a Jasper e Raven li segue all'incontro con le armi. Sull'Arca, Diana prende il controllo della nave dell'esodo.

Murphy torna al campo portando un orribile virus creato dai Grounders per indebolire il campo. Dopo aver appreso che i Grounders hanno intenzione di attaccare il giorno successivo, Bellamy, Finn e Raven escogitano un piano per ritardarli.

Clarke e Finn vengono catturati da Anya, che li costringe a salvare la vita di una vittima dell'esplosione. Nel frattempo, Raven affronta la sua separazione da Finn, e Kane combatte per salvare l'Arca e i suoi superstiti.

Clarke e Finn si trovano faccia a faccia con un nuovo nemico dopo che Lincoln li salva da Anya, mentre Bellamy, Raven, Octavia e Jasper affrontano un Murphy vendicativo. Sull'Arca, Jaha fa un piano per cercare di raggiungere la Terra.

Mentre i restanti membri dei 100 affrontano i Grounders, Jaha compie un nobile sacrificio per assicurare che l'Arca arrivi sulla Terra.