Reddington intervient dans un braquage de banque, détourne les braqueurs, vole un tableau de maître, sauve les otages, livre les braqueurs à la police et rend le tableau à la banque pour qu’il retourne à sa place d’origine : le musée du Caire. Pourquoi ? Il va avoir 60 ans et voulait vérifier qu’il n’avait pas perdu la main… Jennifer et Liz sont alliées pour démasquer le faux Reddington et comprendre ce qui est arrivé à leur vrai père. Elles retrouvent une maison d’enfance à Dover. La maison a été rasée, mais Liz se souvient : c’est dans cette maison qu’elle a tué son père, à l’âge de 4 ans. Reddington met le FBI sur la trace du docteur Hans Koehler, le chirurgien esthétique de la pègre, qui change les visages. Son fichier clients est une liste de grands criminels.

L’unité spéciale est toujours à la recherche de Moreau, qui a été repéré à New York. Liz et Ressler se rendent donc sur place, où ils apprennent le meurtre d’un courrier diplomatique travaillant pour le consulat de Turquie, à qui on a dérobé sa mallette et son badge. Leurs soupçons se portent sur Moreau et grâce aux informations de Reddington, les plans du Corse ne font plus longtemps mystère. Il compte déposer une bombe au siège des Nations Unies. Liz et Ressler font évacuer le bâtiment, après quoi Reddington et l’artificier qui a conçu la bombe et est censé la désamorcer peuvent faire leur entrée. Une fois le drame évité, alors que Reddington allait tranquillement fêter l’évènement dans un pub avec Dembe et l’artificier, il se fait arrêter par la police de New York. Il est transféré dans une prison fédérale, le gouvernement refusant de faire jouer son accord d’immunité.

Red met le FBI sur la piste du docteur Stark, un chercheur en génétique indépendant, travaillant officiellement en pharmacie. En réalité, il teste ses traitements sur des patients atteints de maladies dégénératives du cortex moteur. Cinq de ses patients sont retrouvés morts dans un hôpital de fortune, monté dans un hangar.

Dès son arrivée en prison, Reddington rencontre Baldomero, une ancienne connaissance qui veut régler ses comptes avec lui. Prétextant vouloir défendre Walter, un jeune détenu qu’il vient de rencontrer au réfectoire, le "médiateur du crime" ne fait rien pour essayer de calmer le jeu et déclenche au contraire une bagarre qui lui vaut quelques ecchymoses au visage. La course contre la montre est lancée : avec l’aide de Liz, qu’il aiguille sur un couple de prêteurs sur gages, et d’un rat, qui lui sert de pigeon voyageur pour communiquer avec Dembe, Reddington manœuvre pour se débarrasser de l’importun qui menace sa vie et s’attire le respect de ses codétenus.

Reddington assure sa propre défense au tribunal. On assiste à l’audience pour sa requête en suppression de preuve, concernant un pistolet saisi sur lui, dont le numéro a été limé. La fouille au corps a été réalisée sur la base d’un appel anonyme, mais le juge statue finalement que le pistolet est admis comme preuve : Victoire du procureur, l’accord d’immunité de Reddington est annulé car il l’a violé par port d’armes illégal.

Ayant convaincu la juge de le soumettre à une expertise psychiatrique pour s’assurer qu’il est apte à être jugé, Reddington est envoyé dans un centre médical fédéral du Missouri. Il n’a évidemment que faire de cette évaluation, mais il sait que sur place, il retrouvera une ancienne connaissance à qui il espère soutirer des informations pour obtenir un nouvel accord d’immunité.

Bob Lockemy, le P-DG d’une firme biotechnologique, est retrouvé mort à son domicile. L’homme d’affaires aurait été la cible d’un blacklister qui utilise des insectes pour assassiner ses victimes, selon Raymond "Red" Reddington. A la demande de ce dernier, Liz accepte d’enquêter sur ce cas. Elle découvre que ce mode opératoire a été utilisé lors des six derniers mois pour tuer d’autres personnes. Pendant ce temps, le choix des membres du jury commence pour le procès de Red. Il tente par différents moyens de truquer le processus de sélection.

Le procès de Reddington, accusé par le gouvernement de haute trahison, a lieu. Il aurait vendu aux Russes les coordonnées d’un sous-marin américain, provoquant plus d’une centaine de morts dans l’équipage. Reddington assure sa propre défense...

Reddington lance l’unité spéciale aux trousses de l’homme qui a blanchi en bitcoins les cinq millions de dollars du transfert à Axion Cryptosolutions, dont Dembe avait trouvé trace à Londres. Il espère que cet homme, surnommé '"Le cryptobanquier", pourra le mener jusqu’à un résidant du Caire à même de lui révéler des informations capitales sur une conspiration dirigée contre les hautes sphères du pouvoir.

A la veille de son exécution, Reddington dénonce une conspiration politique contre les hautes sphères de l’Etat et affirme être le seul à connaître l’assassin.

A la toute dernière seconde et sous la pression de Cooper qui menace de révéler aux Allemands que le gouvernement américain a la mort d’Ava Ziegler sur la conscience, le président Diaz fait ajourner l’exécution de Reddington. On lui accorde un sursis de 48 heures pour retrouver l’assassin de la cheffe du renseignement allemand.

Sorti de prison, Reddington donne une grande réception. Pendant ce temps, à Cuba, Dembe a déterré un cadavre. Ce devait être celui du criminel Robert Vesco, mais il a simulé sa mort et c’est le corps d’une autre personne qui est enterré. Red lance le FBI sur la piste de Robert Vesco, son mentor, qui l’a ruiné au terme de son initiation.

Pour fêter le début de la nouvelle vie de Samar, Aram a décidé de l’emmener passer quelques jours dans un chalet reculé de Pennsylvanie. Le séjour s’annonce romantique et paisible, mais leur tranquillité est vite troublée par l’irruption d’une tueuse des Parapluies Osterman, une organisation secrète régulièrement mandatée par toutes les agences de renseignement du monde pour faire le ménage dans ses propres rangs.

Reddington met L’unité spéciale sur la piste d'Olivia Olson, une blacklistée qui pourrait avoir un lien avec Anna McMahon, conseillère présidentielle. Dans le même temps, Aram cherche à obtenir un moyen de pression sur Red, et Ressler fait part à Liz de sa désapprobation face à sa décision de ne plus vouloir enquêter sur la véritable identité de ce dernier.

L’unité spéciale enquête sur une femme qui se propose d'effacer les dettes de joueurs en leur proposant un marché trop beau pour être vrai. Reddington se met à la recherche de la personne qui l'a dénoncé à la police, sous l’œil inquiet de Dembe qui se demande jusqu'où Red est prêt à aller pour savoir qui l'a trahi. De son côté, Ressler contacte une vieille connaissance qui pourrait avoir des renseignements sur Katarina Rostova.

L’unité spéciale traque un groupe terroriste anticapitaliste qui enlève et torture des enfants issus des familles les plus riches. Pendant ce temps, Ressler continue d'enquêter sur Katarina Rostova, la mère de Liz, bien que cette dernière lui ait fait part de son désir de ne pas vouloir en savoir plus sur sa disparition.

L'unité spéciale enquête sur un imitateur de tueur en série dont les meurtres sont apparemment destinés à exonérer l'original en lui fournissant un alibi. Liz confie son secret à Reddington et apprend l'identité de son grand-père.

Dom raconte à Liz ce qu'il s'est passé durant les six mois qui ont suivi le suicide apparent de sa mère.

L'unité spéciale étudie une série d’enlèvements et de modifications de leur ADN afin qu’ils se ressemblent et se connectent à un seul blacklisté. Pendant ce temps, Reddington continue de rechercher des preuves de la corruption d’Anna McMahon. En outre, Liz envisage de s'amender avec Reddington.

L'unité spéciale poursuit son enquête sur la conseillère présidentielle Anna McMahon. Cooper découvre que le président des États-Unis fait partie d'un complot contre l'Amérique. L’équipe se bat pour empêcher les services secrets corrompus de trouver des preuves contenant le complot.

Liz et l'unité spéciale tente de déjouer les plans du Président et de McMahon.