Avec son empire criminel en ruines, un rouge étonnamment insouciant recrute Liz dans un plan improbable pour gagner en espèces et livrer un nouveau Blacklister au groupe de travail. Alors que Liz fait face à la nouvelle réalité de travailler avec son père, Ressler se retrouve dans une position précaire et Tom pèse ses options.

Quand Reddington commence sa quête d'un trésor légendaire, il est dépouillé d'un penny antique. Ce dernier dirige l'unité spéciale dans la traque d'un blacklisté connu pour manipuler et voler des trésors inestimables. Pendant ce temps, Liz se penche sur d'anciennes affaires pour retrouver les assassins de Tom.

Après avoir retrouvé sa sœur dont le père est également Reddington, Liz décide de l'utiliser pour capturer Ian Garvey une fois pour toutes et découvrir ce qui a tué Tom, tandis que Reddington élabore un plan afin de récupérer le sac contenant les os.

Sorti de prison, Reddington donne une grande réception. Pendant ce temps, à Cuba, Dembe a déterré un cadavre. Ce devait être celui du criminel Robert Vesco, mais il a simulé sa mort et c’est le corps d’une autre personne qui est enterré. Red lance le FBI sur la piste de Robert Vesco, son mentor, qui l’a ruiné au terme de son initiation.

Dom raconte à Liz ce qu'il s'est passé durant les six mois qui ont suivi le suicide apparent de sa mère.

L'unité spéciale étudie une série d’enlèvements et de modifications de leur ADN afin qu’ils se ressemblent et se connectent à un seul blacklisté. Pendant ce temps, Reddington continue de rechercher des preuves de la corruption d’Anna McMahon. En outre, Liz envisage de s'amender avec Reddington.

L'unité spéciale poursuit son enquête sur la conseillère présidentielle Anna McMahon. Cooper découvre que le président des États-Unis fait partie d'un complot contre l'Amérique. L’équipe se bat pour empêcher les services secrets corrompus de trouver des preuves contenant le complot.

Liz et l'unité spéciale tente de déjouer les plans du Président et de McMahon.

Désespéré de sauver son ami des mains de Katarina Rostova, Reddington trompe l'unité spéciale afin d'obtenir des informations sur sa position auprès d'un courtier hawala. Liz commence à se méfier de Rostova après qu'Agnès a dit avoir vu quelque chose de troublant dans le parc.

Après avoir découvert que sa nounou est en fait sa mère, Katarina Rostova, Liz hésite à vouloir l'aider à fuir Reddington. Rostova révèle également que Reddington ment à nouveau sur sa véritable identité. En outre, l'unité spéciale se rapproche également de Rostova.

Témoin d'un vol qui a coûté la vie à une personne ce qui l'a profondément affecté, Reddington met l'unité sur la piste de la personne qui aurait pu être impliqué dans la fusillade. Pendant ce temps, Reddington retrouve Ilya Koslov, qui commence à ressentir un stress post-traumatique après sa rencontre avec Katarina Rostova.

L'unité spéciale enquête sur un meurtre qui pourrait être lié à une affaire classée du FBI. Liz apprend rapidement que le contrevenant des deux affaires distinctes est connecté au même tueur. Pendant ce temps, Reddingtion donne un coup de main à Dembe lorsqu'un de ses amis pourrait être en danger. De plus, le frère éloigné de Ressler refait surface.

Lorsqu'une personne proche a été enlevée, Dembe est contraint de prendre une décision sur son allégeance à Reddington après que les ravisseurs lui ont demandé des secrets sur Reddington. Pendant ce temps, après un problème de santé, Reddington propose de donner à Liz son empire criminel.

L'unité spéciale enquête sur un comptable travaillant pour un criminel bien connu qui le poursuit. Pendant ce temps, Reddington et Dembe se rapprochent du secret de Liz. En outre, Liz envisage une énorme décision de choisir de quel côté elle est fidèle.

Alors que Liz tente d'obtenir des réponses d'une source, Red et la Task Force doivent faire face aux conséquences de ses actes. La tension monte et une action draconnienne est prise qui changera à jamais la relation de Red et Liz.

Alimentée par sa trahison, Elizabeth Keen cherche à se venger sur Reddington. Pendant ce temps, Cooper et l'unité spéciale recherchent Liz quand cette dernière veut s'en prendre à Reddington.

Red essaie désespérément de sauver un vieil ami à tout prix pendant que Liz et Townsend mènent un interrogatoire.

Une série d'attaques coordonnées contre les lieutenants de Red met Dembe en danger imminent, l'incitant à revivre les événements qui l'ont amené à rejoindre le FBI deux ans plus tôt.

La tension monte lorsque la recherche de Cooper pour son maître-chanteur chevauche la dernière affaire de la liste noire de la Task Force.

Red et la task force passent à l'action après avoir appris qui les a trahis.

Red et Cooper s'affrontent avec des objectifs finaux contradictoires pour leur traître commun. Un secret majeur sur le groupe de travail tombe entre de mauvaises mains.

Six mois après l'évasion de Wujing, Reddington refait mystérieusement surface à Manhattan au milieu d'une explosion. Lorsqu'un ancien Blacklister est retrouvé sur les lieux, la Task Force commence à enquêter sur une conspiration plus vaste.

Lorsque le Dr Laken Perillos refait surface pour rejoindre la croisade de Wujing contre Red, un membre de l'équipe spéciale est mis en danger.

Le groupe enquête sur une série de conspirations sur les réseaux sociaux qui simulent de dangereuses attaques publiques. Lorsqu'un programme gouvernemental top secret est volé, l'équipe s'efforce de découvrir l'implication du Désinformateur.

Une course contre la montre s'engage pour récupérer un bien précieux volé au gouvernement américain. Red élabore un plan pour aider à retrouver les coupables.

Lorsque Red est identifié comme un possible otage lors du braquage d'un déli à Philadelphie, Dembe et Ressler passent à l'action. De retour à Washington, la sénatrice Panabaker évalue les relations du groupe avec Red tandis que Siya creuse plus profondément dans le passé de sa mère.

La Task Force subit la forte pression de l'enquête entamée par le député Arthur Hudson. Ils décident alors de tenter d'anticiper tous les agissements et tous les déplacements de Red.

L'avenir de la Task Force, ainsi que de ses agents, est désormais entre les mains de la commission d'enquête. Cette unité spéciale du FBI va devoir se battre afin d'éviter sa dissolution.