Ben descobre que Max já foi um encanador de um grupo que enfrentava problemas alienígenas e então, eles encontram Phil, um parceiro de Max nos tempos de encanadores e descobrem que ele está usando a Unidade de Vacuo-Nulo, uma pistola que leva para uma dimensão alternativa em que eles prenderam vários alienígenas para forjar ataques de aliens e ficar rico prendendo eles. Eles entram em uma briga e no final, Phil acaba caindo dentro da Unidade.

Ben vai acampar e ganha um novo alien chamado Raio de Canhão que tem que lutar com uma raça alienígena destruidora de mundos que criou um carrapato gigante e ben vira todos os aliens que conhece e restou o Raio de Canhão e derrota o Grande.

Kevin retorna e desta vez ele pode se transformar em qualquer alien do Omnitrix e começa a cometer crimes e fazer Ben parecer o culpado. Enquanto isso, um homem chamado Tenente Steel começa a caçar Ben, achando que ele é Kevin. No final, Kevin se transforma num alienígena mutado que é a mistura de todos os alienígenas do Omnitrix: braço direito do Diamante, corpo do Quatro Braços, listras no peito do Fantasmático, olho do Massa Cinzenta, braço esquerdo do Chama, dentes e antena do Aquático, asas do Insectóíde, costas do Ultra T, e os braços restantes do Besta e a cauda do XLR8, daí, Kevin ataca Ben mas recebe um tiro de canhão laser dos Soldados de Steel e cai na água, desaparecendo.

Ben volta no tempo e acaba perdendo o Omnitrix, achando que ele iria achar o Omnitrix novamente, Gwen acaba ficando com o Omnitrix. Ben vai tentar pegar o Omnitrix a força mas Gwen acaba ganhando dele e tem que lutar com Vilgax. Mas, no final do episódio, o Omnitrix vai parar em Max. Ben fala que nunca mais sera um herói, mas ele tem uma idéia: Ben pede que Max se transforme em Ultra T para controlar a Lata Velha e derrotar Vilgax.

Ben e Kevin se encontram e começam a lutar. Enquanto isso, uma nave os puxa para dentro e se vêm num estádio de luta contra robôs gigantes. Quando os dois vencem, descobem que Slix Vigma, um robô de seis olhos prende aliens de mundos diferentes para lutar entre si a favor dele. Então, Slix força Ben e Kevin a formarem uma dupla. Nesse episódio, Kevin e Ben aprendem a trabalhar em equipe, mas depois tudo se faz uma farça e Kevin trai Ben, que usa Raio de Canhão para atrasá-lo e com a ajuda de Tecnóide, manda Kevin para o espaço.

Sixsix retorna tentando pegar o Elemento X para dominar a galáxia quando Ben cruza e se junta com As Forças Galáticas e depois de vencer Sixsix e Vulkanus, Ben volta para casa.

Ben vai ao campo e descobre que coisas assustadoras acontecem lá. Então, Vinha Selvagem (um novo alien) aparece e tem que lutar contra as assombrações do campo e vencer O Cérebro que é o coração das assombrações. Porém, Ben volta a ser humano, mas ele estava com um tipo de fungo no pé e um talco para fungos. Então, deixou o tênis cair na boca do Cérebro e ele explode acabando com as assombrações e destruindo o terror do campo.

Hex retorna e Encantris aparece em sua cela e o liberta. Já livre, Hex quer de novo seus poderes mágicos. Enquanto isso, Max, Ben e Gwen estão vendo um show de mágica em Las Vegas. Então, Gwen encontra a Pedra Principal de Bezell e seus poderes de Sorteada (agora chamada de Garota de Sorte) voltam. Mas, Hex vai atrás dela.

Vô Max leva os garotos para conhecer um velho amigo, Donovan Grand Smith, que tem um hotel submarino e seu neto, Edwin Grand Smith. Quando Ben, Gwen e Edwin se separam dos avôs, Edwin os leva para ver a Raia Submarina, um submarino gigante. Mas, eles acabam encontrando alienígenas submarinos. No começo, acha que eles querem atacar por terem invadido seu território, mas, descobrem que Donovan tinha roubado deles sem querer, uma fonte de energia que ele estava usando para manter o hotel funcionando.

Ben tem um pesadelo em que enfrenta Fantasmático como Besta (que no sonho ele fala). Ele fala para Ben tirar ele do ominitrix. Ben acorda e pensa ser só um sonho. Mais tarde, no Instituto Bancroft, a Turma do Circo de Zombozo aparece e Ben vira Fantasmático. Quando ele volta ao normal, percebe que Fantasmático saiu do Omnitrix e rasga a pele sua barriga liberando seus tentáculos, revela que, a face do Fantasmático era uma boca em cima de seu olho e garras afiadas. Ele tenta atacar Ben. Mas não conseque porque Ben fica esposto ao maior inimigo de Fantasmático: o sol. Mais tarde Fantasmático lidera Mortrança, Polegares e Ácido (que antes serviam para Zombozo) porem o heroi os derrota e mata o vilao o expondo a luz.

Ben tenta abrir o Omnitrix, mas acaba quebrando uma parte dele e ele fica com defeito. Dr. Animal retorna e dessa vez ele consegue criar animais metade aliens do Omnitrix e metade animais. Toda vez que Ben se transformava os aliens se misturavam. Apareceu o Insecto-Braços, o Diamante Cinzento e o Aqua-chama.

Enquanto o Megacruiser voa na outra galáxia, no interior, Kevin examina o bloco de gelo gigante encontrado no espaço. Dentro da massa, Vilgax está preso e Kevin derrete o bloco. Estava vivo e bem e criam logo uma parceria após terem aprendido que estavam ambos atrás da mesma pessoa. No planeta Terra, Ben brinca com o Omnitrix, esperando encontrar uma maneira melhor de controlá-lo. Eventualmente, encontra o Controle Mestre do Omnitrix, dando-lhe a habilidade de alternar entre alieníginas, transformado em um, e também ficar por tempo ilimitado transformado (é só pensar no alienígena que quiser), e pode transformar sem tocar na tela do Omnitrix. Embora sua descoberta lhe dê uma vantagem maior, precisará de muita ajuda para conseguir deter Kevin e Vilgax e, Ben, Vilgax, Kevin e Gwen quase ficam presos na Unidade de Vacuo-Nulo.