Os Tok'ra e o Tau'ri preparam uma armadilha para destruir a Arma Principal da Super Ha'tak de Anubis. No entanto, o plano é arriscado e pode custar a vida de todos que tentarem.

Anúbis está furioso com a perda da sua arma principal, mas a partir do conhecimento de Jonas, ele descobre outra fonte para energizar sua arma: o Naquadriah de Kelowna. Agora é o planeta de Jonas Quinn que corre perigo.

A segurança do SGC pega um intruso tentando invadir a base: um garoto com uns 15 anos de idade, usando a identificação do Coronel O'Neill. No entanto, o garoto insiste que é o próprio Coronel O'Neill.

SG-1 descobre que Rya'c e Mestre Bra'tac são prisioneiros em uma mina de Naquadah. Mas resgatá-los será quase impossível, já que o lugar é muito bem guardado, praticamente uma fortaleza.

O SG-1 encontra um planeta cuja atmosfera está completamente tomada por gases tóxicos, mas que possui uma intrigante estrutura: uma cúpula feita de energia que protege um vilarejo e seus habitantes, que continuam a viver normalmente nessa ilha verde rodeada de veneno. Ou quase normalmente, pois vez ou outra um dos habitantes simplesmente desaparece e ninguém parece sequer lembrar que eles existiram.

Quando o SG-1 encontra uma nave espacial alienígena que caiu, a mente de Daniel é tomada por seus passageiros desencarnados.

Quando as tentativas da Terra para explorar uma mina de naquadah, recém-descoberta, é contrariada por uma tribo de Unas indígena, o SG-1 deve voltar-se para um velho amigo para pedir ajudar.

A Major Carter se junta a um piloto alienígena para uma corrida espacial, onde o vencedor, é premiado com um contrato lucrativo com a mais poderosa corporação do planeta. Mas o resto da equipe descobre que há mais em jogo, do que a linha de chegada.

Um cientista do SGC cria um vírus de computador para ser utilizado para desativar os Stargates inimigos, mas no fim, acaba desligando toda a rede de Stargates.

A equipe encontra uma colônia fugitiva de mulheres Jaffa, que devem atacar outras Jaffa para adquirir simbiontes.

A equipe SG-1 investiga um novo soldado inimigo indestrutível,  projetado por Anubis. Dr. Jackson lidera uma equipe em busca de um dispositivo estrangeiro na América Central, mas acaba ficando mais difícil que o esperado.

O'Neill procura ajuda de um ex-companheiro para resgatar Daniel e Dr. Lee, que foram sequestrados na América Central. Carter, Teal'c e Jacob se infiltram nas instalações dos super-soldados de Anubis.

Carter é ferida e acaba desmaiando quando a Prometheus é atacada por uma nave desconhecida, ao despertar, ela percebe que se encontra sozinha no espaço profundo.

Daniel é atormentado por sonhos de sua ex-namorada, que foi tomada como um hospedeiro Goa'uld. Samantha Carter começa um relacionamento romântico com um detetive, de quem ela deve esconder sua vida no SGC.

A base secreta fora da Terra é atacada por forças de Anubis, e a Major Carter acaba sendo caçada pelo inimigo. O General Hammond e Jacob Carter fazem uma descoberta desconcertante sobre a aliança da Terra-Tok'ra.

Uma equipe de filmagem chega para documentar o trabalho do SGC, para uma eventual divulgação ao público, mas o pessoal da base estão poucos ansiosos em participar

O SG-1 é posto em ação, enquanto uma equipe de filmagem está documentando o programa Stargate, mas o SGC fica sob investigação, após a missão dar errado.

O SG-1 investiga um segredo no laboratório N.I.D., onde um cientista cruel, tem usado a tecnologia da clonagem para criar um híbrido Goa'uld-humano

O presidente recém-eleito é interrogado sobre o programa Stargate, e o vice-presidente Kinsey, faz um novo plano para controlar o programa.

Quando a equipe SG-1 descobre um segundo repositório dos Antigos, O'Neill tem a grande tarefa de impedir que o conhecimento dos Antigos caiam nas mãos dos Goa'uld. O Presidente substitui o General Hammond por um diplomata civil. Anubis começa um ataque sistemático na Terra, e a única esperança do planeta de salvação, depende do SG-1 poder encontrar a mítica cidade perdida dos Antigos

O'Neill permite que o conhecimento dos Antigos seja transferido para o seu cérebro novamente, mesmo que ele quase tenha morrido da primeira vez. O SG-1 precisa correr contra o tempo para descobrir o segredo da Cidade Perdida dos Antigos.