Os Replicadores são o principal foco deste episódio. Enquanto Thor e Carter lidam com a ameça dos Replciadores ao planeta dos Asgards, aqui na Terra, o Coronel O'Neill, Teal'C e Daniel descobrem que um submarino russo foi tomado por replicadores que pretendem assimilar todo nosso planeta.

O planeta Euronda está em guerra. Sitiados e à beira da destruição, os últimos remanescentes de um dos lados descobrem o Stargate e pedem ajuda para a Terra. Com tecnologia superior em armamentos, medicina e produção de energia, eles estão dispostos a compartilhar tudo que possuem conosco. Daniel, no entanto, está desconfiado que há mais nessa guerra do que estão contando.

Uma velha amiga de Teal'C, a sacerdotisa Shan'auc, tem uma mensagem muito importante: ela conseguiu se comunicar com o Goa'uld que carrega e o convenceu a se tornar um Tok'ra.

O melhor assassino não é aquele com a melhor pontaria, mas aquele que nem sabe que é um assassino. No meio de uma importante reunião entre membros do SGC e do Conselho Tok'ra, um membro da Terra se levanta e tenta assassinar o líder dos Tok'ra usando uma arma Goa'uld.

O'Neill e Teal'C ficam presos num loop temporal e passam viver o mesmo dia incontáveis vezes. Mesmo querendo que a situação termine, os dois resolvem aproveitar o "tempo extra".

O SGC descobre que os Russos tem seu próprio stargate, e ainda que o aparelho deles está aberto, impedindo que o stargate do SGC funcione. Mas quando investigam, o SG-1 descobre que os russos também não sabem o que está fazendo o aparelho ficar aberto, pois eles perderam contato com a base onde está o stargate.

Daniel é sequestrado por um Unas num planeta primitivo. Enquanto um grupo de militares saem em seu resgate, o próprio Daniel tenta entender a linguagem do Unas para se comunicar com ele.

Os Enkarans comemoravam a mudança para seu novo planeta quando uma espaçonave gigantesca surge no horizonte, matando tudo em seu caminho.

Em um mundo que está passando por uma Era Glacial, operários trabalham dia e noite nas caldeiras de uma fábrica subterrânea para produzirem energia. Eles não podem sair, pois toda a superfície estava coberta de gelo, e tudo que havia para encontrar lá em cima, era morte.

Um homem chamado Martin entra em contato com o SGC dizendo que sabia da existência do Stargate. O'Neill decidie encontrá-lo tentando descobrir como ele poderia saber tanto, mas então Martin faz uma revelação inesperada: "Eu não sou deste planeta..." De fato, ele afirmava ter vindo do espaço.

A nova arma da Terra é o X-301 Intercepted, um caça de batalha que mistura tecnologia norte-americana e Goa'uld. Quando O'Neill e Teal'C estavam no meio do voo inaugural, a nave sai de controle e muda seu curso rumo ao espaço. Agora, a menos que superem esse problema, os dois estão condenados a morrerem no frio do espaço.

Depois da morte de um antigo professor de arqueologia, Daniel acaba voltando para seu antigo local de trabalho, e entre os artefatos de seu professor, ele descobre inscrições que não eram hieroglifos, mas uma linguagem Goa'uld.

Apophis e Heru-ur estão forjando uma aliança contra os Senhores de Sistema. Preocupados, os Tok'ra decidiram intervir com um plano ousado para jogar um Goa'uld contra o outro. Mas para isso eles vão precisar de Daniel Jackson e do SG-1.

Quando o General Hammond decide se aposentar, O'Neill suspeita que o NID pode ter influenciado essa decisão repentina. Mas como provar que isso aconteceu?

Os Aschens nos deram tudo: poder para derrotar os Goa'ulds, o conhecimento para dobrar a expectativa de vida humana, e a tecnologia para acabar com todas as doenças. Porém, silenciosamente, eles estão nos levando à extinção. Mas como evitar esse destino terrível se nosso mundo se entregou completamente para os Aschens?

Depois de finalmente encontrar Shifu, o garoto harsesis, Daniel consegue convencê-lo a lhe dar os conhecimento Goa'ulds necessários para proteger a Terra com poderosas armas. No entanto, pode uma pessoa controlar tanto poder sem enlouquecer?

Uma misteriosa luz num palácio Goa'uld abandonado está levando os membros do SGC a loucura. Expostos a essa luz, o SG-1 precisa encontrar uma cura antes que eles próprios acabem num triste fim.

Durante uma palestra de astrofísica para cadetes da Academia da Força Aérea, Sam encontra uma garota que poderia fazer parte futuramente do Comando do Stargate. A Cadete Hailey ainda tem muito aprender, mas ela tem uma inesperada aula prática ao ser levada através do stargate até uma lua onde O'Neill e Teal'C estão tendo problemas com formas de vida alienígenas, que apesar de pacíficas a primeira vista, se tornaram agressivas e potencialmente letais.

O SGC é ameaçado por uma inteligência alienígena, numa forma de vida, que se infiltra em computadores e máquinas elétricas, como um vírus, e que está disposta a destruir toda a Humanidade.

Assim que chegam ao planeta Juna, o SG-1 é atacado pelos habitantes que dizem já conhecê-los. O'Neill consegue escapar, mas Carter, Daniel e Teal'C são capturados e levados a presença do Goa'uld Cronus, que sem dar nenhuma chance para fuga, ordena a execução imediata de todos.

Os Tok'ra apresentam um plano ousado: atrair a Frota de Apophis para o planeta Vorash e então explodir o sol, cuja força irá destruir tudo que existir no sistema solar.