Un Replicante sobrevivió a la destrucción del Belikner y ahora ha infectado un submarino ruso. Mientras O'Neill y Teal'c se encargan de esto, Carter viaja a la galaxia Ida, a intentar detener a los Replicantes que están a punto de invadir el planeta Asgard Othalla.

Humanos de otro mundo contactan con el SGC, solicitando ayuda en una guerra contra un desconocido enemigo. A cambio de esto, ellos ofrecen su avanzada tecnología para enfrentarse a los Goa’uld. Sin embargo, algunos miembros del SG-1 sospechan que no están diciendo toda la verdad.

El SGC recibe la visita de Shan’auc, una mujer Jaffa, quién dice poder comunicarse con su larva Goa’uld, la cual dice tener información para destruir a los Goa’uld.

Los Goa’uld intentan sabotear el tratado Tau'ri-Tok'ra, y para ello han implantado una programación subconsciente en algún miembro Tok’ra o humano. Con el tiempo en contra, comienzan a investigar quién podría ser el “Zatarc” o traidor.

Después de encontrar un dispositivo del tiempo Antiguo, el Coronel O’Neill y Teal’c, accidentalmente, quedan atrapados en el mismo día, repitiéndolo una y otra vez. Siendo ellos los únicos que saben lo que ocurre, deberán hallar una solución.

Los rusos han estado usando el segundo Stargate en secreto, pero en su última misión a un mundo bajo el agua, se ha perdido contacto con el complejo del Stargate. El SG-1 es enviado para averiguar lo ocurrido.

Mientras se encuentran en una excavación de fósiles Goa’uld, Daniel es capturado por un Unas. El resto del equipo parte en su búsqueda.

Después de trasladar a una población humana a otro mundo, con un ambiente adecuado para ellos, el SG-1 descubre que una nave alienígena está transformando aquel planeta en un medio hostil.

Los miembros del SG-1 han sufrido una alteración de sus recuerdos, y han sido puestos a trabajar en un complejo industrial subterráneo en otro planeta. Deberán recuperar la memoria si quieren escapar.

El equipo se topa con un hombre llamado Martin Lloyd, quién inexplicablemente sabe de la existencia del Stargate y cree venir del espacio exterior.

O’Neill y Teal’c realizan el vuelo de pruebas del primer caza aeroespacial experimental de la Tierra, basado en tecnología humana y Goa’uld. Sin embargo, en medio del vuelo algo parece tomar el control del X-301. Carter y Daniel solicitan ayuda a la Tok’ra para resolver la situación.

El viejo profesor del Dr. Jackson muere en extrañas circunstancias, y el hecho es atribuido a la maldición que traía consigo un reciente descubrimiento del equipo del Profesor. El SG-1 descubre pronto que quizá lo que despertó aquel hallazgo fue en realidad un Goa’uld.

Apophis y Heru’ur se reunirán para negociar un alianza; la Tok’ra y el SGC planean sabotear el encuentro, pero pronto se enteran que Teal’c ha sido capturado por Heru’ur. El SG-1 debe pensar rápido si quieren salvarlo.

El General Hammond súbitamente renuncia como líder del Comando Stargate. O’Neill sospecha que esto se debe a algo más, y para saber la verdad deberá recurrir a un viejo conocido.

En el año 2010 la Tierra ha vencido a los Goa’uld gracias a la ayuda de los Aschen. Sin embargo, el SG-1 descubre que esta raza ha estado ideando un oscuro plan para destruir a la humanidad, por lo que deberán arriesgarse para enviar un mensaje al pasado para evitar que todo esto ocurra.

El niño Harcesis visita el SGC, y deja en una especie de estado de coma a Daniel. Jackson experimenta lo que es tener todo el conocimiento de los Goa’uld.

El SG-1 descubre un mundo abandonado por los Goa’uld donde se halla una hermosa e hipnotizante luz. Sin embargo, aquella luz trae consigo peligrosos efectos.

Mientras visita la academia de la Fuerzas Aéreas, Carter conoce a una brillante cadete, que, no obstante, sufre problemas con la autoridad. Carter cree que tiene potencial para el SGC, por lo que decide llevarla de visita a una base SG en otro mundo. En ese momento, sin embargo, unas pequeñas criaturas basadas en energía comienzan a atacar al personal del lugar.

El SGC descubre un mundo con aparentes formas de vida electrónicas. Sin embargo, pronto los ordenadores de la base son afectados por alguna clase de virus informático avanzado.

El SG-1 y sus duplicados robóticos deben trabajar juntos para liberar un mundo recientemente conquistado por Kronos.

Apophis reúne a su flota y se dirige al mundo donde la Tok’ra tiene su base, pero Carter y Jacob/Selmak idean un plan para acabar con la flota cuando llegue.