En una galaxia distante, el SG-1 termina a merced de Apophis y de los Replicantes. Además un miembro del equipo ha cambiado de bando, por lo que el resto deberá traerlo de vuelta y escapar antes de que sea demasiado tarde.

Mediante un antiguo ritual Jaffa que pondrá en riesgo su vida, Teal’c deberá decidir entre servir a Apophis o ser libre.

Después de regresar de un planeta lleno de ruinas, Carter recibe la visita de un misterioso joven.

El Coronel O'Neill permanece en otro planeta para proteger al Teniente Tyler, un quinto miembro del SG-1 que extrañamente sólo ellos pueden recordar.

El SG-1 visita un mundo de adoradores de los Asgard, que pronto descubren será destruido debido a una acción involuntaria del equipo. Con los Asgard incapacitados para ayudar, el SG-1 actúa contrarreloj para encontrar una solución.

La hija adoptiva de la Dra. Fraiser, Cassandra, empieza a desarrollar poderes telequinéticos, pero esto eventualmente podría acabar con su vida. Para salvarla, el SG-1 debe hacer un trato con una vieja enemiga.

Chaka, el Unas que se hizo amigo de Daniel, ha sido capturado y llevado a un mundo donde los humanos usan a los Unas como esclavos. Jackson quiere rescatarlo, pero O’Neill es reticente a interferir.

El SG-1 y un equipo ruso quedan atrapados en un antiguo Zigurat, junto a una criatura alienígena poseída por un Goa'uld.

Los Tollan, en un inusual y radical cambio de política, acceden a compartir su avanzada tecnología con la Tierra. Sin embargo, el SG-1 se da cuenta que algo más está pasando.

El SG-1 descubre un mundo de agricultores, quienes les presentan a una civilización tecnológicamente más avanzada: los Aschen. Estos ofrecen una alianza a la Tierra, pero el equipo se pregunta si se puede confiar en ellos.

La Mayor Carter es secuestrada por un millonario moribundo, lo que fuerza a O'Neill a hacer equipo con Harry Maybourne para hallarla.

Cuando el SGC se entera que se está filmando una serie de televisión, que curiosamente tiene una trama que refleja las operaciones del programa Stargate, el SG-1 es enviado a investigar. Pronto descubren quién fue el que dio a los productores la idea. Este episodio es el número 100 de toda la serie.

El SG-1 se encuentra realizando ejercicios simulados con un grupo de nuevos reclutas. Sin embargo, las cosas se ponen serias cuando la base es invadida.

Regresando de una misión, Teal'c queda "atrapado" dentro del Stargate. Si un agujero es establecido, podrían perderlo para siempre. Mientras Daniel debe lograr un trato con los rusos, Carter debe colaborar con un científico rival para solucionar la situación.

Los Señores del Sistema han pactado una tregua, y están a punto de reunirse en una estación espacial bien protegida. La Tok'ra planea matarlos a todos allí, pero necesitan a un humano que hable Goa’uld fluidamente; Daniel es el único candidato calificado.

Un poderoso Señor del Sistema Goa’uld se ha mostrado después de cientos de años y ofrece destruir a los Tau’ri y a la Tok’ra. Mientras tanto, el SG-1 intenta escapar de un asalto Goa’uld a una base Tok’ra.

El SG-1 debe detener un asteroide en curso de colisión con la Tierra, usando un nave de carga Goa’uld.

La Rebelión Jaffa tiene un nuevo líder, que une a cada vez más Jaffas a la causa. El SG-1 es enviado a negociar una alianza, pero pronto empiezan a surgir diferencias que podrían incluso alejar a Teal’c del SGC para siempre.

El SG-1 encuentra a una androide que de alguna forma sobrevivió a un ataque de Replicantes. Sin embargo, pronto descubren que ella guarda un oscuro secreto.

El SG-1 debe acudir a dos miembros del equipo SG rebelde para ayudar a un mundo que está desprotegido contra los Goa'uld.

Daniel Jackson recibe una dosis mortal de radiación al intentar evitar un desastre de laboratorio en otro mundo. Jackson debe decidir entonces si quedarse con sus amigos, o seguir "otro camino".

Un científico Asgard está atrapado en un planeta bajo ataque de los Goa'uld. El equipo entonces es enviado a rescatarlo, pero durante el transcurso de la misión algunas cosas desconocidas son reveladas.