A Equipe SG-1 está a um passo de se tornarem Goa'ulds. Tanto o General Hammond no SGC, quanto Teal'C em Chulak, estão reunindo forças para resgatá-los. Mas será suficiente? Começa uma corrida contra o tempo para salvar SG-1 antes que seja tarde demais.

Os Tok'ra estão fazendo um levantamento dos Goa'ulds, sua força e localização. Mas há um que eles perderam de vista. A última vez que Seth foi visto foi antes do Stargate ser enterrado, há mais de 5.000 anos atrás. Os Tok'ra acham que o Goa'uld Seth ainda pode estar na Terra, escondido entre os 6 bilhões de seres humanos do nosso planeta.

Depois da morte de Hathor, os Senhores de Sistemas, passaram a ver o Tau'ri como uma ameça a ser considerada. Para evitar uma invasão, e consequentemente a nossa destruição, os Asgard propõe incluir a Terra no Tratado dos Planetas Protegidos. Mas para que isso aconteça, a Terra terá que sediar um encontro entre os Asgard e três dos mais poderosos Goa'ulds da galáxia.

A Equipe SG-1 investigava a morte misteriosa de um grupo inteiro de Goa'ulds, quando Daniel se sente mal. Mas com o tempo, ele passa a ter alucinações cada vez mais fortes, até que Jackson é declarado esquizofrênico. A sua repentina loucura terá relação a estranha doença goa'uld?

A Equipe SG-1 finalmente encontra um aliado que se dispõe a dividir seus conhecimentos conosco, eles enviam um especialista para a Terra trazendo a tecnologia de construir um Gerador de Energia de Naquadah, peça tão avançada que nem Carter compreende totalmente. Mas quando o especialista chega, todos se surpreendem: é apenas uma criança.

A Segurança da Área 51 pegou dois invasores: a Dra. Samtantha Carter e o Major Kawalsky? É certo que eles vieram de uma Realidade Alternativa. Que histórias eles contarão dessa outra realidade?

A Equipe SG-1 é capturada por um caçador de recompensas a mando de Sokar, mas antes de levá-los, o caçador os obriga a ajudá-lo na captura de um Goa'uld fugitivo. No entanto, o SG-1 descobre que o fugitivo não é um Goa'uld, mas um Tok'ra. E agora, eles tem que tentar salvar a si mesmos e o Tok'ra, antes que todos sejam levados para Sokar.

Ao explorarem um planeta aparentemente primitivo, a Equipe SG-1 se depara com uma construção muito familiar: uma igreja católica. Mas se isso já não fosse confuso o suficiente, eles descobrem que tem uma certa criatura muito conhecida deles rondando a vila: um Unas.

A equipe SG-1 se vê no meio de uma batalha entre Jaffas e uma equipe SG não identificada. Mas quando tentam intervir, eles são atacados tanto pelos Jaffas quanto pelas equipes SG. O que está acontecendo?

Quando finalmente o SG-1 encontra Shau're, ela é morta enquanto Amonet, o Goa'uld implantado nela, tentava matar Daniel. No entanto, ao acordar na enfermaria, Daniel vê Shau're ao seu lado, perfeitamente viva. Mas então ele acorda novamente, e Shau're está sendo preparada para o enterro. Qual é a realidade e qual é o sonho?

A Equipe SG-1 chega a um planeta em que todos os habitantes perderam as suas memórias ao mesmo tempo. Mas quando começam a investigar sobre a causa dessa amnésia coletiva, eles descobrem uma pista do culpado: alguém que chegara ao planeta a mais ou menos um ano, uma mulher de nome Linea, mas também conhecida como "A Destruidora de Mundos".

Sokar reuniu uma poderosa frota de guerra e ele está pronto para lançar um ataque aos Senhores de Sistema. E como se isso já não fosse suficientemente ruim, Sam Carter descobre que seu pai foi sequestrado por Sokar, que o mandou para a Lua-Prisão de Netu, de onde ninguém jamais escapou. E acreditem, fica melhor, quer dizer, fica pior: no meio da missão de resgate, a Equipe SG-1 reencontra um antigo inimigo, um Goa'uld que julgavam morto.

A Equipe SG-1 já passou por muita coisa, mas esta vez supera tudo: tem o sádico Sokar e seu exército, uma prisão sombria com centenas de inimigos, ah claro, e ainda tem um novo Apophis, ainda mais arrogante e perigoso do que nunca. Esqueci de alguma coisa? Eu mencionei que a lua de Netu, onde SG-1 está, vai explodir?

Depois de voltarem de uma missão, o SG-1 é informado de um vazamento de gás venenoso no SGC. No entanto, Teal'C e Carter descobrem que o SGC foi invadido por alienígenas. Carter consegue escapar do SGC para pedir ajuda, e decide recorrer a última pessoa imaginável: o Coronel Maybourne. Agora os dois terão que voltar ao SGC para reconquistá-lo e tentar evitar que a invasão ao SGC não se torne uma invasão a toda Terra.

A nave de Klorel, o Goa'uld que habita o corpo de Skaara, foi atingida e o Goa'uld caiu no planeta Tollana, o novo planeta dos Tollan. Agora, vai haver uma Triad, um julgamento para se decidir quem deve ficar com o corpo: conceder liberdade ao hospedeiro Skaara ou permitir que Klorel continue a habitá-lo. Mas a equipe SG-1 suspeita que os goa'ulds estejam usando o julgamento como pretexto para passar pelas defesas de Tollana.

O SG-1 é acometido por uma alucinação coletiva e irritante: Urgo. Eles não sabem de onde ele veio ou porque surgiu de repente. Todos se esforçam para resolver esse problema, mas Urgo continua a distraí-los enquanto tenta se divertir.

Os Tau'ri pretendiam iniciar negociações para mineração de naquadah no planeta Edora, mas então o SG-1 descobre que aquele planeta passará por um cinturão de asteroides que fará uma verdadeira "Chuva de Fogo", capaz de matar todos os habitantes de Edora.

Depois de mais uma recusa dos Tollan em trocar tecnologia, O'Neill pira. Ele discute com a embaixadora Tollan e rouba um aparelho. E quando é forçado por Hammond a devolver o aparelho, ele discute e acaba insubordinando o General. Para não ir a Corte Marcial, O'Neill decidi se aposentar. E quando está em casa, surge o Coronel Maybourne, que lhe oferece um emprego. Depois de pensar um pouco no assunto, O'Neill aceita trabalhar para Maybourne.

A busca pelo harcisis leva o SG-1 até Kheb, um lugar sagrado para os Jaffas. Enquanto O'Neill se preocupa com uma invasão do exército de Apophis, Daniel tenta desvendar os enigmas desse lugar, que possui um guardião muito poderoso.

Um MALP é mandado para explorar uma gigantesca pirâmide que parece ter origem Maia. No entanto, o que chama atenção, é a visão de um objeto: um crânio humano de cristal. O curioso é que outro crânio de cristal, idêntico, foi encontrado por Nicholas Ballard, que é avô de Daniel. Mas quando o SG-1 visita a pirâmide, e Daniel olha o crânio de cristal de perto, o artefato brilha, e Daniel desaparece.

Thor vem pedir ajuda para derrotar os Replicadores, um terrível inimigo que tomou o controle de sua nave. Esses insetos mecânicos assimilam recursos para se multiplicarem. Eles já destruíram civilizações inteiras, e agora pretendem pousar a nave de Thor na Terra e assimilar todo nosso planeta.