I Kelowniani (abitanti di una delle nazioni del pianeta Langara) rischiano l'estinzione, nel tentativo di costruire un'arma di distruzione di massa a base di naquadriah, un variante di naquadah molto più potente. Un incidente minaccia la vita di migliaia di persone e Daniel Jackson sacrifica la sua vita per salvarli, esponendosi ad una dose letale di radiazioni. In seguito verrà anche accusato da questi ultimi di avere sabotato la ricerca dell'arma.

La squadra trova un mondo impoverito schiavizzato da un signore dei Goa'uld, ma i loro piani per liberarlo potrebbero essere compromessi quando Jonas sperimenta visioni inspiegabili del futuro.

Daniel è tormentato dai sogni della sua ex ragazza, che è stata presa come ospite Goa'uld. Samantha Carter inizia una relazione sentimentale con un detective, al quale deve nascondere la sua vita al Comando Stargate.

L'S.G.C. viene messo in quarantena dopo che una misteriosa infezione lascia un ufficiale russo in infermeria, ma la malattia potrebbe non essere affatto una malattia.

Un duplicato del Colonnello Carter chiede aiuto al Comando Stargate per sconfiggere il Quinto Replicatore, che sostiene di aver trovato un modo per contrastare la nuova arma degli Asgard.

Jackson e Mitchell devono unirsi a Vala in una caccia al tesoro interplanetaria quando scoprono di essere ancora legati da un campo energetico alieno.

L'SG-1 visita un mondo il cui popolo un tempo venerava Vala come una divinità... e chiede che venga processata quando confessa di averli manipolati.

L'SG-1 trova un ibrido Goa'uld-umano geneticamente avanzato creato da Anubis e lo riporta sulla Terra per studiarlo. Ma anche tenerlo in vita potrebbe non valere il rischio.

Quando l'SG-1 si reca su un pianeta protetto da Asgard, il colonnello Mitchell viene accusato di un omicidio che non ha commesso.

Mentre gli Ori invadono il pianeta Jaffa Chulak, Vala e Daniel devono affrontare il loro leader: La giovane figlia di Vala, rapidamente invecchiata dagli Ori per servire i loro scopi.

Daniel e Vala si recano ad Atlantide alla ricerca dell'arma anti-Ori di Merlino, mentre Sam e Mitchell uniscono le forze con il dottor McKay per bloccare il supergate Ori.

Teal'c scopre un mondo in cui le persone vengono selvaggiamente attaccate da una creatura inafferrabile, portando l'SG-1 a una scoperta sorprendente sulla sua potenziale origine.

Cameron Mitchell deve andare sotto copertura all'interno della letale Alleanza Lucian per evitare che i suoi compagni di squadra diventino vittime di una guerra civile dell'Alleanza.

L'SG-1 escogita un piano per catturare Adria sfruttando il legame familiare con Vala. Il piano riesce, però viene sfruttato da Ba'al per catturare Adria a sua volta.