בכפר הנסתר בין העלים והעצים, מקום שגרות בו נינג'ות, יש ילד ששמו נארוטו אשר גורם לצרות בכל מקום שהוא הולך אליו. כשהוא גונב את מגילת החותם, הוא משחרר כוח נדיר שלא רואים אצל ילדים בני 12.

נארוטו סוף סוף מצליח לסיים את לימודיו באקדמיה לנינג'ות. לאחר זמן לא רב משסיים את לימודיו בעצמו, נארוטו לוקח תחתיו תלמיד חדש שהוא לא אחר מהנכד של ההוקאגה.

על מנת להפוך לנינג'ה, נארוטו צריך להצטוות לחבריו לכיתה: סאקורה היפה וסאסקה הרציני. לשני אלה יש דבר אחד במשותף – הם שונאים את נארוטו. כתוצאה מכך, נארוטו מנסה גישות אחרת.

צוות 7 החדש פוגש את הסנסיי שלהם, קאקאשי האטאקה. לאחר היכרות קצרה, הם יוצאים לאימון שיבחן האם הם באמת מתאימים להיות נינג'ות. במסגרת האימון, הם צריכים לעשות כל שביכולתם כדי לקחת שני פעמונים מקאקאשי.

נארוטו, סאסקה וסאקורה עושים כל שביכולתם כדי לעבור את מבחן ההישרדות המפרך. אולם, קאקאשי רואה לנכון שיש ללמד אותם עבודת צוות מהי לאחר הפעולות האנוכיות שלהם.

צוות 7 מתחיל את משימות הנינג'ה הראשונות שלו עם משימות משעממות למדי. נארוטו מוציא את התסכול שלו על ההוקאגה, והוא מסכים לתת להם משימה אחרת – להגן על אדם מבוגר וממורמר בדרכו הביתה.

צוות 7 מגיע לארץ הגלים ומגלים שאיש עסקים רשע ששמו 'גאטו' השתלט על הארץ הזו. זאבוזה מומוצ'י, שנשכר על ידי גאטו כדי לחסל את טזונה, מופיע בפניהם. נארוטו מתרגש ומוכן להתקיף, אך כנראה שהאתגר הזה גדול מדי.

ידו של קאקאשי בקרב נגד זאבוזה על העליונה, אבל הקלפים נטרפים מחדש כאשר הוא נתפס במלכודת של זאבוזה. קאקאשי מפציר בצוות לברוח, אבל נארוטו נזכר בשבועה שנשבע.

תודות לתוכנית המבריקה של נארוטו, קאקאשי שוחרר כלא המים, והוא מוכן להשתמש בשארינגאן שלו כדי להביס את זאבוזה.

בעודו מתאושש בביתו של טזונה, קאקאשי לא מרוצה מתוצאת הקרב. זאבוזה לא מת ונינג'ת המעקב הצעיר עזר לא לברוח. קאקאשי מחליט להכניס את נארוטו, סאסקה וסאקורה לסדרת אימונים שמטרתה לדעת לשלוט טוב יותר בצ'אקרה.

סאקורה הולכת העירה יחד עם טזונה ורואה את הקשיים של אנשי ארץ הגלים תחת שלטונו של גאטו. בעקבות כך, היא מבינה מדוע בניית הגשר כל כך חשובה. במקביל, נארוטו וסאסקה ממשיכים להתאמן על טיפוס עץ בעזרת הצ'אקרה שלהם.

אישה מסתורית מופיעה מול נארוטו במהלך אימוניו הקשים לשליטה בצ'אקרה שלו. אישה זו אומרת לנארוטו שכל עוד יש לו מישהו אהוב שהוא רוצה להגן עליו, אין גבול לכמה שהוא יוכל להתחזק.

קונוהאמארו מבקש מנארוטו טובה- לעזור לו למצוא את צמח מיוחד. יחד, כצמד, נארוטו וקונוהאמארו מחפשים אחר הצמח, נכנסים לאזורים אסורים ומסכנים את חייהם.

הזמן להילחם בזאבוזה בפעם הנוספת הגיע, והפעם יש לו בן ברית. זאבוזה ובן בריתו מתפעלים מיכולותיו של סאסקה, וגם סאסקה מבחין בכמה חזק הנינג'ה שעוטה מסכה.

סאסקה מתקשה מאוד בקרב נגד האקו בתוך מערך המראות שלו, אבל נארוטו מגיע לעזור לו. סאסקה חושב על תוכנית למתקפת נגד לג'וטסו המראות של האקו, אבל נארוטו הורס לו אותה.

סאסקה מצליח לעלות על דרך לפגוע בהאקו. קאקאשי מבין שזמנם קצר. מתוך דאגה לנארוטו, לסאסקה, לסאקורה ולטזונה הוא מחליט להשתמש בשארינגאן פעם נוספת כדי להביס את זאבוזה אחת ולתמיד.

האקו ממשיך לפגוע בנארוטו ובסאסקה בתוך מערך המראות, עד שנארוטו כבר לא מסוגל לעמוד על רגליו. לפתע, סאסקה מעורר כוח חדש ופועל בצורה חסרת תקדים.

נארוטו מתפוצץ. כעסו כלפי האקו, שהביס את סאסקה, משחרר את הכוח של תשע הזנבות. הצ'אקרה של נארוטו נעשית כל כך עזה שאפילו קאקאשי וזאבוזה מבחינים בה.

האקו אומר לנארוטו המהוסס לגמור אותו. נארוטו מטיל ספק בדרך החיים של האקו. במקביל, הקרב בין קאקאשי לזאבוזה מגיע לשיאו.

זאבוזה הוא כבר לא האויב של קאקאשי, ובזכות מילותיו המרגשות של נארוטו, הוא פותח חזית מול אנשיו של גאטו. השד של הכפר הנסתר בערפל סוף סוף זוכה לנקום את נקמתו.

לאחר שהמשימה יוצאת הדופן שלהם הסתיימה, צוות 7 חוזר לבצע משימות פשוטות. קונוהאמארו וחבריו באים לבקר את נארוטו. בדרכם, הם פוגשים את סאקורה וסאסקה. ההוקאגה השלישי מכריז על תחילת בחינות הצ'ונין.

לאחר ששלושת הנינג'ות עוזבים, סאסקה מבין שיש לו יריב עוצמתי. קאקאשי מודיע לצוות 7 שהוא המליץ עליהם לבחינות הצ'ונין. נארוטו וסאסקה מרוצים, אך סאקורה מפחדת לאכזב את כולם.

רוק לי המשונה מאתגר את סאסקה לקרב, ממש לפני תחילת בחינות הצ'ונין.

תשעת הטירונים של כפר העלים נפגשים במרכז הבחינה. הם מושכים את כל תשומת הלב אליהם. אדם אחר בעל ניסיון רב בבחינות הצ'ונין שעומד להיבחן איתם מנסה לעזור להם להוריד פרופיל ולהבין כיצד הם צריכים להתנהל.

כל הגנינים מתרכזים ומתחילים את הבחינה בכתב, הלוא בחינת הצ'ונין הראשונה. אך הבחינה בעייתית, השאלות לא מותאמות לרמת הידע של הגנינים בכלל.

הגנינים מעתיקים אחד מהשני את התשובות למבחן, כל אחד בדרכו, בזמן שהדאגות מהשאלה העשירית מתחילות לצוף.

פרק ספיישל שמסכם את 25 הפרקים הראשונים ומכין את הקרקע לקראת בחינת הצ'ונין השניה.

לאחר שעברו בהצלחה, איכשהו, את המבחן הראשון, נארוטו והחבורה צריכים להתמודד עם סכנה חדשה! הגנינים נדרשים לחפש שתי מגילות שונות כדי שיוכלו להשלים את הבחינה בהצלחה.

צוותי הגנינים ממשיכים בחיפושם אחר שתי המגילות ביער המוות. בינתיים, צוות 7 סוטה ממסלולו המקורי בגלל אויב עוצמתי כשנארוטו נפרד מהקבוצה והעניינים מתחילים להסתבך.

נארוטו, סאסקה וסאקורה ממשיכים את הקרב שלהם נגד האויב חסר הרחמים שפגשו ביער המוות.

האם סאסקה יוכל להציל את הקבוצה שלו ממוות בטוח על ידי האדם המסתורי?

האם רוק לי יצליח להציל את סאקורה מהסכנה הממשמשת ובאה?

סאקורה מנסה לשמור על נארוטו וסאסקה מחוסרי ההכרה אך מוצאת את עצמה מותקפת על ידי הגנינים מהכפר הנסתר בצלילים. אחד מהגנינים של כפר העלים מגיע לעזרתה, וקרב של שלושה על אחד מתחיל.

סאקורה עומדת בפני סיטואציה שהיא מעולם לא עמדה בה כאשר היא נותרת לבדה להילחם נגד השלישייה מכפר הצלילים. על אף הפחד והחרדה, היא נעזרת בנחישותה הגדולה ונלחמת חזרה.

לאחר שסאקורה כמעט מאבדת את חייה בניסיון להגן על הצוות שלה ועל לי, צוות 10 יוצא מהמחבוא שלו לעזרתה. במקביל, צ'אקרה מרושעת מתפתחת אצל אחד ממחוסרי ההכרה.

צוותי הגנינים הפזורים ביער המוות ממשיכים בחיפושם אחר המגילה שחסרה להם. צוות 8 מביטים מרחוק על הצוות מהכפר הנסתר בחול, והם מקבלים הצצה מכוחו המפחיד של גארה.

נארוטו שוקל להציץ במגילה של הצוות שלו. צוות 7 פוגש בצוות של קאבוטו, ויחד הם מנסים למצוא את דרכם למגדל שבמרכז יער המוות.

צוות 7 הצליח להשיג את המגילה החסרה ועובר את הבחינה השניה. ההוקאגה מסביר לכל אלו שעברו את הבחינה מה המטרה האמיתית של בחינות הצ'ונין. האחראי על הבחינה השלישית מגיע, ובשורה מפתיע בפיו.

קאבוטו מקבל החלטה שנראת תמוהה בעיני כולם. סאקורה דואגת לסאסקה בגלל החותם המקולל. סאסקה נבחר להיות הראשון שיתחרה במוקדמות הבחינה השלישית.

סאסקה ממשיך בקרב שלו נגד יורו אקדו על אף הכאב הרב שהחותם המקולל גורם לו. לאחר הקרב, קאקאשי מחליט לעזור לסאסקה בעניין החותם המקולל.

קאקאשי מנסה לחתום את החותם המקולל אך אדם מסוים מפריע לו. במקביל, הקרב בין זאקו אבומי לשינו אבורמה מתחיל וכוחו המשונה של שינו נחשף.

הקרב של מיסומי צורוגי וקאנקורו מסתיים מהר. מיד לאחריו, שתי חברות ותיקות נקראות להילחם אחת בשניה.

הקרב מלא הרגש בין סאקורה לאינו צובר תאוצה. החברות והקשיים של השתיים מתגלים.

בחינת הצ'ונין השלישית נמשכת ומגיע תורן של טמארי וטנטן להילחם אחת בשניה. לאחר הקרב החד צדדי של שתיהן, שיקמארו נבחר להילחם בקין, הקונואיצ'ית מהכפר הנסתר בצלילים.

סוף סוף מגיע תורו של נארוטו להילחם, והוא משובץ נגד קיבה. על אף שהסיכויים לרעתו, נארוטו נחוש לנצח בכל מחיר.

הקרב של נארוטו וקיבה מגיע לשיאו. נארוטו חושף טכניקה חדשה שפיתח.

נג'י היוגה והינאטה היוגה, קרובי המשפחה, משובצים להילחם אחד נגד השניה. הם מתחילים את הקרב ונלחמים כדי להגן על הכבוד של עצמם ושל המשפחות שלהם.

הינאטה מחליטה להוכיח את עצמה ונלחמת בנג'י בכל כוחה. הקרב ביניהם מסתיים בתוצאה מפתיעה.

רוק לי בעל הרוח הצעירה משובץ להילחם נגד גארה של המדבר. גארה לא מגלה רחמים ומשחרר את כל עוצמתי הקטלנית.

רוק לי ממשיך בקרב נגד גארה האכזרי. על אף שהוא מוחלש לאחר השימוש בלוטוס הראשי, הוא רוצה לנצח בכל מחיר. לי מתחיל לפתוח את שמונת השערים הפנימיים.

לי חושף את הקלף המנצח שלו, פתיחת השער החמישי. גארה רוצה מעוניין בקרב עקוב מדם.

הקרב האחרון שנותר הוא צוג'י אקימיצ'י נגד דוסו קינותה. שלב המוקדמות של הבחינה השלישית מסתיים ונארוטו מגלה שסידרו לו מאמן חדש לקראת הבחינה השלישית.

נארוטו מתחיל את סדרת האימונים שלו לקראת הבחינה השלישית בליווי אביסו, אך העניינים משתלשלים בצורה בלתי צפויה.

המציצן מביס בקלות את אביסו ונארוטו מתרשם מיכולותיו. עקב כך שהמציצן הביס את מורו, נארוטו דורש ממנו שיאמן אותו במקום.

ג'יראייה מנסה ללמד את נארוטו את ג'וטסו הזימון תוך כדי שהוא עסוק במחקר שלו. דוסו לומד בדרך הקשה מדוע גארה כל כך מסוכן. באקי וקאבוטו נפגשים בסודיות. האיאטה מגלה פרט חשוב על המזימה של אורוצ'ימארו.

נארוטו ממשיך להתאמן על ג'וטסו הזימון בזמן שג'יראייה מעדיף להתמקד במחקר שלו. ההוקאגה מיידע את כל הג'ונינים על הירצחו של האיאטה. סאקורה מחליטה ללכת לבקר את סאסקה ואת לי בבית החולים.

ג'יראייה רואה שנארוטו לא מצליח להתקדם באימונים ומנסה גישה אחרת. נארוטו מנסה בכל כוחו לשחרר את הצ'אקרה של שד השועל בעל תשעת הזנבות כדי שיוכל לזמן יותר מראשן.

נארוטו מנסה להוכיח לגאמבונטה, בוס הקרפדות, שהוא האחד שזימן אותו. המניעים של הכפר הנסתר בחול מתבהרים.

נארוטו מתעורר בבית החולים לאחר שלושה ימים של שינה רצופה. שיקמארו מחכה לו ליד מיטתו. סאקורה הולכת לבקר שוב את רוק לי, אך היא לא יודעת שהוא בסכנת חיים.

הסיבוב האחרון של בחינות הצ'ונין עומד להתחיל. נארוטו מרגיש לחוץ מאוד ופוגש בדרכו לזירה את הינאטה שנותנת לו מילות חיזוק.

הסיבוב האחרון של בחינות הצ'ונין מתחיל וסאסקה עדיין לא הגיע. המתמודדים מגלים שיש שינוי קל בשיבוצים של הקרבות. הקרב של נארוטו ונג'י מתחיל.

נארוטו פוצח במתקפה על נג'י, שאיננו מבין מדוע נארוטו לא מודע בתבוסה. נג'י מוריד את מגן המצח שלו ומספר לנארוטו על שבט ההיוגה, על המשפחה הראשית ועל המשפחה המשנית.

נארוטו ונג'י ממשיך בקרב שלהם. נארוטו אובד עצות לאחר שכל נקודות הצ'אקרה שלנו נחסמו, ואז הוא נזכר באימונים עם ג'יראייה.

נג'י מקבל ביקור מפתיע מדוד שלו במרפאה. היאשי מגיע עם מגילה בידו, והיא מכילה את האמת על היום שבו אביו של נג'י נרצח. במקביל, הסיבוב האחרון של בחינות הצ'ונין לא הולך כמתוכנן.

לאחר קרב שנדחה וקרב שהסתיים באופן טכני, הגיע תורו של שיקמארו להילחם בטמארי.

הקרב של סאסקה ושל גארה צריך להתחיל, וסאסקה עדיין לא הגיע. ההוקאגה מחליט לתת לסאסקה הזדמנות אחרונה לבקשתו של הקאזקאגה.

סאסקה וקאקאשי הגיעו ברגע האחרון. הקרב בין סאסקה לגארה מתחיל, וסאסקה חושף כישורים חדשים שרכש במהלך האימונים.

המהירות הגבוהה של סאסקה ויכולות הטאיג'וטסו שרכש במהלך חודש האימונים המפרך עם קאקאשי אפשרו לו לחדור את הגנותיו של גארה. גארה נחוש לחסל את סאסקה אך נדחק אל הקצה.

המבצע של הכפר הנסתר בחול ושל הכפר הנסתר בצלילים מתחיל. הקאזקאגה לוקח את ההוקאגה כבן ערובה, והוא דואג שלא יפריעו להם בעזרת ארבע נינג'ות מכפר הצלילים. קאנקורו וטמארי אובדים עצות לאחר שגארה לא פעל לפי התוכנית.

קאקאשי מורה על סאקורה להעיר את נארוטו ואת שיקמארו. המשימה שלהם היא לרדוף אחרי סאסקה ולעזור לו בקרב נגד אחי החול. במקביל, הקרב של אורוצ'ימארו נגד מורו לשעבר, ההוקאגה השלישי, מתחיל.

פקון מיידע את נארוטו, סאקורה ושיקמארו שתשעה אנשים עוקבים אחריהם. שיקמארו מציע את עצמו בתור פתיון כדי לעכב אותם.

אורוצ'ימארו השתמש בג'וטסו 'תחיית המתים' והקרב בין ההוקאגה השלישי להוקאגה הראשון וההוקאגה השני מתחיל. אורוצ'ימארו חושף חלק מכוונותיו האמיתיות.

סאסקה מצליח להשיג את אחי החול וטמארי נשארת מאחור כדי להילחם בו. במקביל, סארוטובי, ההוקאגה השלישי, נזכר בעברו יחד עם אורוצ'ימארו ומתכונן נפשית כדי לחסל אותו אחת ולתמיד.

ההוקאגה השלישי מחליט להשתמש בקלף האחרון שנותר לו, טכניקה שכבר הצליחה להציל בעבר את הכפר בשעת משבר קשה. סאסקה מגיע אל קאנקורו ואל גארה וקרב חדש מתחיל.

הקרב בין שינו לקאנקורו מתחיל. נארוטו, סאקורה ופקון ממשיכים בדרכם לסאסקה, אך עכשיו עליהם לבצע עיקוף. סאסקה מגיע אל טמארי ואל גארה, שמתחיל להשתגע.

הקרב של גארה ושל סאסקה בעיצומו ונראה שהמפלצת ששוכנת בגארה ניזונה מעברו הכואב. סאסקה נאלץ לבצע מעשים בעלי השלכות הרסניות כדי לנטרל את היריב העוצמתי שלו.

כשסאסקה עומד בפני תבוסה, נארוטו וסאקורה מופיעים כדי להציל אותו. עם זה גארה מתחיל לקבל פלאשבקים של ילדותו. מה קרה בעברו של גארה שגרם לו לחוות כל כך הרבה סבל?

יאשמארו מספר לגארה את האמת על הקיום שלו. נארוטו נחוש בדעתו להגן על חבריו אך לא יכול שלא לראות את קווי הדמיון שבינו לבין גארה.

הקרב של נארוטו ושל גארה ממשיך. נארוטו שולף את הקלף המנצח שלו וגארה חושף את צורתו האמיתית.

לאחר שהוא הופך לקיובי, נארוטו וגמבונטה מתכוננים לעצור את שוקאקו על ידי הערת גארה. למרות שהם מצליחים, הקרב רחוק מלהסתיים מכיוון שגארה לא יפסיק עד שנארוטו ימות.

כשהמלחמה מתקרבת לסיומה, גארה מודה בתבוסתו בפני נארוטו, ואורוצ'ימארו ​​נאלץ לסגת לאחר שסרוטובי לקח את ידיו. כעת, כל השינובים של קונוהא מתאספים יחד כדי לחלוק כבוד אחרון.

אנשי כפר העלים מנסים לשקם את הכפר ולחזור לחייהם. הצמד המשונה שהגיע אל הכפר מאיים על השלווה שזה עתה הושגה.

נארוטו מתכונן למסע עם ג'יראייה. קאקאשי מתקשה בקרב נגד איטאצ'י, שגם הוא בעל שארינגאן.

נארוטו וג'יראייה יוצאים למסע שלהם בחיפוש אחר הסנינית השלישית. סאסקה מתאמן ומרגיש חלש ומתוסכל לאחר שראה כמה נארוטו התקדם לעומתו.

איטאצ'י וקיסאמה מגיעים למפתן דלת חדרם של נארוטו וג'יראייה. סאסקה נזכר ביום שבו הוא ראה את אחיו בפעם האחרונה.

ג'יראייה מגיע ומציל את נארוטו ממתקפתו של קיסאמה. למרות הפער הברור בין הכוחות, סאסקה מתעקש להילחם לבדו באיטאצ'י.

איטאצ'י וקיסאמה מגיעים למפתן דלת חדרם של נארוטו וג'יראייה. סאסקה נזכר ביום שבו הוא ראה את אחיו בפעם האחרונה.

ג'יראייה מגיע ומציל את נארוטו ממתקפתו של קיסאמה. למרות הפער הברור בין הכוחות, סאסקה מתעקש להילחם לבדו באיטאצ'י.

נארוטו וג'יראייה ממשיכים במסע החיפוש אחר טסונאדה ומחליטים לעצור בעיירה מסוימת כדי לנוח. בינתיים, סנין הקרפדות מתחיל ללמד את נארוטו טכניקה חדשה.

ג'יראייה מכריח את נארוטו ללמוד בעצמו את הג'וטסו בעזרת קווים מנחים בלבד. במקביל לאימוניו של נארוטו, ג'יראייה 'מחפש את טסונאדה'.

נארוטו מתקדם באימונים שלו וג'יראייה קרוב מתמיד לאיתור טסונאדה, אך איננו יודע שאדם נוסף בעקבותיה.

‎נארוטו וטסונאדה מסכימים על התערבות. שיזונה מספרת לנארוטו את הסיפור של טסונאדה. ג'יראייה מבהיר לטסונאדה שאם היא תבגוד בכפר, זה לא יעבור לה בשתיקה. נארוטו מתאמן קשה כדי לשלוט בראסנגאן.

‎נארוטו מנסה ככל שביכולתו לשלוט כמה שיותר מהר בראנסגאן. טסונאדה מתחבטת עם עצמה ומתקשה להגיע להחלטה.

‎טסונאדה כמהה לראות את נאוואקי ואת דן וכמעט מסכימה להצעה של אורוצ'ימארו. אורוצ'ימארו מתכנן לגרום לה לרפא את ידיו. נארוטו, ג'יראייה, שיזונה וטונטון ממהרים להגיע לטסונאדה כדי לעצור אותה.

עם עזרתו של קאבוטו, אורוצ'ימארו מזמן נחשים ענקיים. ג'יראייה מזמן את גאמיקיצ'י הקטן מאחר שהצ'אקרה עדיין לא חזרה לו במלואה. שיזונה נלחמת בקאבוטו. נארוטו מנסה להגן על טסונאדה.

‎נארוטו מצליח לפגוע בקאבוטו עם ראסנגאן אבל נפצע קשות בקרב נגדו. טסונאדה עושה כל שביכולתה לרפא את נארוטו ולהציל את חייו. אורוצ'ימארו מחליט לחסל את נארוטו, והיחידה שיכולה לעצור אותו זו טסונאדה, שמשותקת בגלל הפחד שלה מדם.

‎ג'יראייה, אורוצ'ימארו וטסונאדה משתמשים במקביל בג'וטסו הזימון. ג'יראייה וטסונאדה חוברים יחד כדי להביס את אורוצ'ימארו.

בדרך חזרה לקונוהא, החבורה עוצרת בעיירה עם מעיינות חמים כשחדרו של נארוטו עובר פשיטה והשרשרת שהוא קיבל נעדרת ללא שום דבר מלבד שטר כופר שנותר מאחור.

נארוטו מבקש מטסונאדה לרפא את סאסקה, את קאקאשי ואת לי לפני שהיא ניגשת לענייני ההוקאגה. קונוהאמארו מתקשה להשלים עם העובדה שהכפר צריך לעבור הלאה מסביו.

טסונאדה מתחילה בעבודתה כהוקאגה החמישית. קונוהאמארו מחליט לעשות בעיות כי מפחד שישכחו את סביו.

רוחו של לי נשברת. גיא מנסה לעודד אותו ומזכיר לו את דרך הנינג'ה שלו. לי מקבל החלטה; האם לוותר על להיות שינובי או לקחת את הסיכון ולעבור את הניתוח.

נארוטו, סאסקה וסאקורה תמיד רצו לדעת איך קאקאשי נראה מתחת למסכה שלו. שלושתם עושים ככל שביכולתם כדי לחשוף את פניו השלמות.

נארוטו, סאסקה וסאקורה מגלים שהמשימה החדשה שלהם תהיה בלעדי קאקאשי. טסונאדה שולחת אותם כדי להגן על מישהו בארץ התה. בדרכם, הם נתקלים בבחור בשם אידטה מורינו, שגורם להם ללא מעט צרות.

השלישייה ממשיכה לעקוב אחרי אידטה שרץ בכיוון ההפוך מהנמל. במקביל, אויבים כבר מתחילים לתקוף אותו. המקור של אידטה נחשף.

צוות 7 מצליח להגיע אל אידטה. הם נתקלים באאוי ומגלים שאידטה מחוסר הכרה. נארוטו מתחיל להזדהות עם אידטה.

אדיטה מגיע למקדש מודורוקי בעזרת נארוטו. החבורה נתקלת באויב בדרכם.

סאסקה וסאקורה כלואים במורד הצוק. נארוטו עולה על דרך שעשויה להוביל אותו לניצחון.

סאסקה מרותק למיטת החולים ומרגיש שגאוותו נפגעה. צוות 10 עורך ארוחת ברביקיו חגיגית לאור הקידום.

היריבות של נארוטו ושל סאסקה מגיע לשיא חדש בזמן שקאקאשי וג'יראייה מודאגים ממה שעלול לקרות ופולשים מגיעים לכפר העלים.

סאסקה משתלט על כל ארבע נינג'ות הצליל, אבל עד מהרה מגלה שיידרש יותר מצ'ידורי כדי להביס אותם!

ההוקאגה החמישית מקבלת הודעה על כך שסאסקה ברח. היא קוראת לצ'ונין החדש ומפקידה בידיו את המשימה להשבת סאסקה.

לשלישיית הצליל יש את סאסקה בציפורניהם, וזה תלוי בשינובים המובחרים של כפר העלה הנסתר לעצור אותם.

הצוות של שיקמארו נתפס. ג'ירובו, אחד מנינג'ות הצליל, כולא אותם בתוך כלוב כיפת אדמה.

צוות החילוץ מצליח לשבור את כלוב כיפת האדמה. שיקמארו מגיע להבנה שאין להם מספיק צ'אקרה כדי להביס את ג'ירובו. צ'וג'י חושב על רעיון כיצד להתמודד איתו.

צ'וג'י מוכן להקריב הכל בקרב נגד ג'ירובו, ותוך כדי הקרב הוא נזכר ביום שבו הכיר את שיקמארו.

שיקמארו והשאר חושבים שהם יצליחו להפתיע את נינג'ות הצליל אך הם נלכדים במלכודת כורי עכביש.

נג'י נשאר מאחור כדי להתמודד עם קידומארו. נארוטו, קיבה, אקמארו ושיקמארו ממשיכים במרדף אחר סאסקה. קידומארו מנסה לפצח את הסוד שמאחורי הביאקוגאן.

נג'י מנסה לברוח מהחצים הקטלניים של קידומארו, שעלה על נקודת התורפה של הביאקוגאן.

נארוטו, שיקמארו וקיבה מצליחים לחלץ את סאסקה מידיהם של נינג'ות הצליל, אך אינם יודעים שאדם נוסף בעקבותיהם.

נארוטו, קיבה ושיקמארו חוטפים את סאסקה מרביעיית הצליל, אבל הם לא יודעים שנינג'ה נוסף מכפר הקול נשלח לתפוס את סאסקה.

קיבה ואקמארו נלחמים נגד צמד האחים סקון ואוקון. הם נדחקים אל הקצה ונאלצים להשתמש בג'וטסו החזק ביותר שלהם.

שיקמארו אובד עצות ולא יודע מה לעשות נגד טאויוה והמנגינות שהיא מתקיפה בעזרתן. הוא מנסה לקנות זמן ולחשוב על תוכנית.

שיקאמארו עסוק בקרב מול טאיויאה והתקפות המלודיות שלה. האם הוא יכול לעצור אותה ולשים קץ לנגינת החליל הזדונית שלה?

נארוטו לא מצליח לגבור על קימימארו בעזרת כפילי הצל שלו. אדם מפתיע מגיע לעזרתו.

רוק לי חזר. הוא התבלבל בין התרופה שלו לבין הסאקה ועכשיו הוא תחת השפעת אלכוהול. משום מה, אלכוהול רק מחזק אותו.

גארה, קאנקורו וטמארי מגיעים לעזור לרוק לי, לקיבה ולשיקמארו בקרבות שלהם.

גארה מתעקש להילחם במקום רוק לי. קימימארו נזכר בעבר שלו. נארוטו ממשיך במרדף שלו אחרי סאסקה.

הקרב של גארה וקימימארו מגיע לעיצומו. קימימארו שולף את הקלף המנצח שלו. אורוצ'ימארו וקאבוטו נזכרים בתקופה שבה הם גייסו את קימימארו לכפר הנסתר הצלילים.

נארוטו סוף סוף השיג את סאסקה והוא מוכן לעשות הכול כדי למנוע ממנו ללכת לאורוצ'ימארו. אולם, נארוטו בתדהמה מוחלטת כשהוא רואה את פניו של סאסקה.

סאסקה מנסה נואשות להרשים את אביו, אך איננו מצליח לצאת מהצל של אחיו הגדול. במקביל, איטאצ'י מתחיל להתנהג באופן שמעורר את חשדם של שאר חברי האוצ'יהא והם אינם נשארים בחוסר מעש.

נארוטו וסאסקה ממשיכים בקרב שלהם. אביו של סאסקה מתחיל להכיר בו אך סאסקה לא מרגיש מסופק מזה. היחסים בין איטאצ'י לאביו עולים על שרטון.

סאסקה נזכר ביום שבו כל השבט שלו נרצח. הוא נזכר ברגע שבו אחיו חס על חייו וגם מדוע עשה זאת. נארוטו לא מצליח להבין את המניע של סאסקה.

קאקאשי מגלה על המרדף אחרי סאסקה ומחליט לפעול בעצמו. סאסקה ונארוטו נלחמים שווה בשווה. נארוטו מחליט להודות בתוך תוכו ברגשות האמיתיים שלו כלפי סאסקה.

סאסקה לא מצליח להתמודד עם נארוטו שחוזק מצ'אקרת תשעת הזנבות, ומחליט להכיר בכוחו. הקרב האדיר נמשך בכל הכוח.

הקרב בין נארוטו ולבין סאסקה מגיע לשיאו כאשר כל אחד מהם מתכוון להתקיף בכל כוחו. מהעבר האחד, נארוטו עם הכוח של תשעת הזנבות, ומהעבר השני, סאסקה עם כוח השלב השני של החותם המקולל.

הצוות של שיקמארו חוזר לכפר העלה כשכולם פצועים בדרגות שונות, חלקם אנושות וחלקם קלות. ג'יראייה מגיע למיטת ביה"ח של נארוטו עם הצעה מפתיעה.

‎ג'יראייה דואג למצבם של נארוטו ושל סאקורה בעקבות עזיבתו של סאסקה. טסונאדה שולחת את שלושתם למשימה מיוחדת בארץ שדות האורז, הארץ שבה נמצא הכפר הנסתר בצלילים.

‎נארוטו, סאקורה וג'יראייה מגיעים לעיירה גרועה יותר מזו שהם היו בה. נארוטו וסאקורה נתקלים שוב באותו הנינג'ה שהם נתקלו בו לפני כן. ג'יראייה ממשיך להשתטות בבתי בושת.

‎נארוטו, סאקורה וסאסאמה מוקפים וכלואים בתוך המקדש. לאחר מכן, הם מבינים שסאסאמה רומתה.

‎סאסאמה מובילה את הצוות אל מקום המסתור של אורוצ'ימארו. הצוות מחליט להתפצל כדי לסרוק את המקום ביעילות והמלכודת לא מאחרות לפקוד אותם.

‎נארוטו מגיע להציל את סאקורה בדיוק בזמן. לקאבוטו יש חדשות מדאיגות בפיו. נארוטו נופל למלכודת הקטלנית של קאבוטו.

‎הקרב בין נארוטו לאראשי ממשיך. סאסאמה לא מצליחה לעמוד בצד ללא מעש. סאקורה מרגישה שהיא איננה עושה מספיק.

‎כולם מרוכזים באימונים ובהחלמה שלהם, ובמקביל מתפתח אירוע משמעותי בכלא המאובטח ביותר.

אסומה וקורנאי הובסו. שיזונה רודפת אחרי מיזוקי שברח מהכלא המאובטח ביותר. נארוטו לא מוכן להישאר בכפר ללא מעט לאחר ששמע את שמו של אורוצ'ימארו.

נארוטו מתקשה בקרב שלו נגד שני האחים וגם אירוקה בחיסרון נגד מיזוקי. אירוקה מנסה בכל כוחו לשכנע את מיזוקי לחזור בו.

צוות 10 מגיע לגבות את נארוטו. נארוטו ממשיך במרדפו אחרי מיזוקי. הקרב של אירוקה ושל מיזוקי נמשך.

נארוטו ופקון מוצאים את אירוקה פצוע תחת הריסות המבנה. הם מתכוונים להמשיך לרדוף אחרי מיזוקי, אך לא לפני שהם נתקלים באישה מסוימת.

הקרב הגורלי נגד מיזוקי מתחיל. נארוטו רוצה בכל מאודו להשיג רמז לגבי היכן שסאסקה נמצא ולא מתכוון לוותר בקרב הזה.

נארוטו כבר נואש למצוא את סאסקה בכל דרך. הינאטה מנסה לחשוב על דרך שהיא תוכל לעזור לו. צוות 10 ונארוטו יוצאים יחד למשימה כדי למצוא את ביקוצ'ו, חרק מזן נדיר.

החבורה מתקשה מאוד במציאת ביקוצ'ו. הם מרגישים שהזמן נושף להם על העורף כי הגשם עלול להתחיל לרדת בכל רגע. הנינג'ות משבט קאמיזורו מחכים לעיתוי הנכון לפעול.

הינאטה נחטפה והיא בסכנה. נארוטו, שינו וקיבה מנסים לחפש אותה. האויבים מציעים להם עסקה - הינאטה עבור הביקוצ'ו.

כל הצוות נלכד, ושינו מנסה לנהל איתם משא ומתן. האויבים מגלים שהינאטה כבר לא נמצאת היכן שהשאירו אותה. הביקוצ'ו בוקע מהגולם.

נארוטו מוצא שלושה אנשים זרים מעולפים ומביא אותם לכפר. הוא יוצא יחד עם טנטן, נג'י ולי למשימה כדי להציל את הכפר של הזרים הללו מאדם משוגע שעורך לוויות לאנשים שעדיין בחיים.

רוקוסקה נתפס על ידי משפחת קורוסקי ומובל לקבורה. נארוטו והחבורה מנסים להצילו תוך כדי שהם מחפשים את קאראשי.

נארוטו, טנטן, נג'י ולי נלחמים נגד ראיגה. נג'י לא מצליח לראות בבירור אפילו עם הביאקוגאן. לי נוזף בקאראשי.

הקרב של נארוטו, טנטן, לי ונג'י נגד ראיגה נמשך. החבורה מנסה לעזור לרנמרו ולהחדיר בו רצון לחיות בעצמו.

ראיגה התעורר לחיים בזכות הקרבתו של רנמרו וטנטן מנסה לעצור אותו בעצמה. קאראשי מתכנן לברוח עם אמא שלו מראיגה.

לי נלחם נגד ראיגה בעצמו בזמן שטנטן, סאנשו, קאראשי ורנמרו בדרך לחלק לכולם את קארי החיים. רנמרו מתאחד חזרה עם ראיגה, ויש לו תוכנית איך לסיים את הכול.

‎הגנינים משובצים לצוותים של תלמידי אקדמיה במסגרת תרגיל לימודי. נארוטו לא מביע עניין בזה בהתחלה, אבל מהר מאוד נשאב למשימה ומוביל את חברי הצוות שלו לסכנה.

‎נארוטו, קיבה והינאטה נשלחים למשימה בארץ האבן. המשימה שלהם היא ללכוד גנב מבוקש ששמו גוסונקוגי. כשהם מגיעים, הם פוגשים צייד ראשים שגם רודף אחריו.

‎החבורה מגלה שסזנאמי הוא בעצמו פושע מבוקש בעל פרס כספי על ראשו. סזנאמי טוען שהוא חף מפשע. החבורה מתחרה נגד סזנאמי על לכידת גוסונקוגי.

‎גאי ולי עוזבים למשימה. שני זרים מנצלים את ההזדמנות כדי להתחזות אליהם ולהתגנב אל כפר העלים. אולם, לטסונאדה יש תוכנית כיצד לגרום לפולשים לברוח על דעת עצמם.

נארוטו, טנטן ונג'י נוסעים לארץ הציפורים כדי להשמיד רוח רפאים בשם נורוימושה.

‎הצוות של נג'י מנסה להוכיח שקומיי הוא האחד ששולט ברוח הרפאים. עם זאת, הם מגיעים לגילויים שרק משאירים אותם עם עוד יותר סימני שאלה ממקודם.

נארוטו מחליט לחקור בעצמו את נושא רוח הרפאים, לאחר שהמענה שהם הגיעו אליו לא מספק אותו. במקביל, נג'י וטנטן חוקרים בחזית אחרת. נארוטו מצליח לגלות נדבך גדול מהאמת.

קאקאשי פוקד על נג'י ועל טנטן לחזור לכפר איתו. קומיי עומד למשפט שדה ונמצא לקראת הוצאה להורג. אביר מקולל חדש מופיע.

An event has come to Konoha and it's for all ninjas, Jounin to Genin. The winner get to make one rule that will be put into play in Konoha and Suna. But you must have your crystal at the end. Naruto wants to fight Kakashi-sensei but will he ever find him? And when he does will he get Kakashi's crystal? Who will win?

סאגי מתכנן לבצע את נקמתו הוא לא ייתן לאף אחד לעצור אותו. הוא מתעמת עם מוסו בעודו מחופש לאביר המקולל. אמת מפתיעה מתגלה לאחר ששניהם חושפים את כוונותיהם האמיתיות.

צ'ישימה מציל את נארוטו מממלכודת הגנג'וטסו של הוקי. נארוטו מתקשה בקרב נגדו, אך הגעה מפתיעה של רוח רפאים עוזרת לו.

נארוטו וצ'וג'י מגלים שראמן איצ'ירקו סגור זמנית בשל פיתוח תפריט חדש. לאחר שהם מתגנבים לתוך הדוכן הסגור, מתברר להם שטאוצ'י מנסה להשיב את ביתו שנחטפה על ידי נינג'ות שפים.

נארוטו, אינו ושינו יוצאים יחד למשימה בארץ הים בהנהגתה של אנקו. משימתם היא להיפטר מהקאימה, מפלצת ימית שמפריעה לספינות של אנשי ארץ הים. כשאנקו מגיעה לשם, עולים לה זיכרונות מעברה עם אורוצ'ימארו.

נארוטו מצליח להתאושש בזכות הנערה שהצילה אותו. אנקו, שינו ואינו מחפשים את נארוטו ופוגשים באדם שאחראי על על ספינות התשלום. הצוות מחליט לעקוב אחרי הנערה.

הצוות של אנקו מחליט ללכת בעקבות איסריבי, שברחה, אל אי השד. הם מגלים שהפעם אורוצ'ימארו הוא לא האחד שמושך בחוטים, אלא אדם אחר שאנקו כבר מכירה.

נארוטו, אינו, שינו ואנקו מצליחים בקושי לברוח מהמעבדה המתמוטטת. הם מתעמתים עם אמאצ'י וכפופיו כדי להגן על ספינות האיסוף. נארוטו מנסה לגרום לאיסריבי להבין שגם הוא חווה חוויה דומה לשלה.

הקרב בין נארוטו לאמאצ'י מגיע לשיאו. אנקו מגלה פרטים נוספים על עברה.

נארוטו מקבל משימה לשמור על קוניהיסה, ילד עשיר. במסגרת משימתו, עליו להראות לקוניהיסה איך הולך יום בחייו של נינג'ה.

נארוטו, קיבה והינאטה מקבלים משימה מיוחדת - משימת ציד אוצר. אולם, אם הם ייכשלו במשימה הזאת, עליהם יהיה לחזור לאקדמיה. המשימה נראת פשוטה בהתחלה, אבל המכשולים לא מאחרים להגיע.

נארוטו, הינאטה וקיבה ממהרים לחזור אל כפר העלים כדי למנוע מכפיליהם המרושעים לזרוע הרס. הם מצליחים לגלות את החולשה של הכפילים.

נארוטו פוגש את ג'יראייה במקרה ודורש שיאמן אותו. ג'יראייה מתרץ לנארוטו שעליו לכתוב את הכרך הבא בסדרה שלו עד לשבוע הבא, ולכן איננו יכול לאמן אותו. העניינים משתבשים לאחר שנארוטו מנסה לעזור לו בכתיבה.

‎הכפר הנסתר בכוכבים, שהוקם סביב כוכב שנפל לפני כ-200 שנים, זקוק לעזרה של כפר העלה. נארוטו, לי, נג'י וטנטן יוצאים כדי לסייע להם להגן על הכוכב.

‎התוקף המסתורי בורח עם הכוכב. הצוות מכפר העלים מתחיל להטיל ספק גם באנשי כפר הכוכבים עצמם. במקביל, נארוטו מגלה על עברו של סובארו ונאטסוהיבושי.

‎הצוות מכפר העלה ממשיך בחקירת בעקבות גניבת הכוכב ומתחילים להבין שרב הנסתר על הגלוי. כל הרמזים מובילים לממצא אחד, והגנב מתגלה.

‎האישה המסתורית הצילה את נארוטו והוא מגלה מי היא. היא מספרת לו על משמיתה שהחלה לפני זמן רב, ומדוע היא תעשה הכול כדי להשלים אותה.

‎סובארו סוף סוף פוגש את אימו, אך רק לזמן קצר. נארוטו נלחם נגד אקהושי ומנסה למנוע מהכוכב ליפול שוב לידיו. אנשי הכפר לא יודעים איזה צד לקחת.

לאחר שאקהושי מנסה להוציא להורג את סומארו, האקאטו ושאר הילדים קמים כדי להגן על הכפר שלהם. אקהושי, שמוצא את הכפר פונה נגדו, נוקט בצעדים דרסטיים כדי להבטיח את הצלחתו.

כאשר אקאמארו חולה ומתחיל לעבור מהפך מסתורי, האם קיבה יכול לעשות משהו כדי להציל את חברו? כשנראה שכל הכפר נגדו, כמו רחוק הוא ילך, כדי להגן על חברו?

במהלך אימוניו, נארוטו גורם בטעות לנשר להפיל עליו יצור משונה, ששמו אונבה. לפי האגדה, היצור לא יעזוב את גבו עד שהוא יגדל להיות מבוגר.

נארוטו ושינו מקבלים משימה לאבטח את הלוויתו של ראש משפחת קאגצו. כשהם מגיעים לשם, הם מבינים שעליהם לקחת חלק חשוב מאוד בהוצאה לפועל של הצוואה.

נארוטו, הינאטה וצ'וג'י יוצאים יחד למשימה שבמסגרתה עליהם להגן על סוחרים נודדים ולעזור להם בהובלה. הצוות מגלה במהרה שמישהו רודף אחרי הסוחרים.

הקבוצה מתחלקת לשניים במטרה להרתיע את הרודפים. לאחר שנארוטו וצ'וג'י מגלים שהתוכנית שלהם לא עובדת, הם מבינים שמישהו מהסוחרים מסתיר פרט חשוב.

נארוטו, צ'וג'י ויורינוג'ו נלחמים ברויגה, המשתמש במים בתור נשקו. הם מגלים שרויגה מסוגל לשאוב מים מהאדמה ולהשתמש בהם כרצונו. אדם נוסף רודף אחרי הנסיכה.

בעקבות כף שג'יגה הביס את נארוטו, הינאטה מחליטה להצטרף לקרב. היא מנסה להבין מהי נקודת התורפה של היכולת המיוחדת שלו.

הקרב עם ג'אנין השלישי והאחרון בפתחו. נארוטו נלחם בו בכל כוחו כדי למנוע ממנו לחסל את הנסיכה. הקרב הגורלי על ארץ הירקות מגיע לשיאו.

הנסיכה עלתה במשקל בשל סערת הרגשות המתמשכת שחוותה. אינו מקבלת משימה להתחזות אליה כדי להתחיל עם הנסיך שהיא מאוהבת בו.

נארוטו חוזר ממשימה ומגלה שלי הקים דוג'ו משלו משום שהוא נואש ליריב שיקרא עליו תיגר בשביל להתאמן. גאי מגלה זאת ומחליט להתחזות ליריב הדוג'ו הראשון של לי.

הינאטה, קיבה ונארוטו נשלחים לארץ הדבש כדי לחפש את רעייתו של הלורד הפיאודלי אשר נעלמה. בדרכם, הם מגלים טירה מפחידה ונאלצים להיכנס לתוכה כדי לחפש רמזים למקום הימצאה.

לי לא מתייצב לבדיקות השגרתיות שלו וטסונאדה שולחת את נארוטו לחפש אותו. במקביל, גאי מאמן נער ששמו יאגורה, ומחליט שלי והוא יילחמו במסגרת האימונים.

גאי כלוא במבצר העשוי מבובות אגרוף. יאגורה מופיע בפני גאי. נארוטו, נג'י וטנטן מנסים לחלץ את גאי. סאקורה מנסה להסתיר את מה שקרה לגאי מלי.

נארוטו מיודד כבר במשך זמן מה עם בנאי זקן ששמו גנו. כשמתגלה שגנו גנב תוכניות בנייה רבות מכפר העלים, נארוטו מוצא את עצמו בחקירת אנבו.

האנבו מכניסים את נארוטו לתרדמת על מנת להוציא ממנו את המידע שהם זקוקים לו. צוות הגנינים ממשיך בחיפוש רמזים כדי להבין מה גנו תכנן.

נארוטו וחבריו ממשיכים לחפש מידע על התוכנית של גנו. הם מגיעים לאקדמיה, ומגלים שם אולם אימונים חשוד שמוביל אותם לתגלית מדאיגה ביותר.

כפר העלים כולו נמצא על רשת של קלפים מתפוצצים. טסונאדה מנסה להחליט האם לפנות את התושבים או לנסות להסיר את הקלפים. שני יועצי ההוקאגה מגלים פרט מידע משונה על הקלפים המתפוצצים.

שיקמארו מנסה להבין מה הצעד הבא של גנו. נארוטו מתעמת עם גנו בתוך פרצופי האבן הגדולים.

נארוטו וסאקורה מנחים תוכנית סיכום מיוחדת שמציגה את חמשת הקרבות האהובים ביותר עד כה. בנוסף, הם אורחים גם ראיונות עם חלק מהצוות ואפילו עם חלק מהאויבים.

נארוטו נתקל ביאקומו, נערה עם כישרון מפתיע להרס. במקביל, קורנאי יוהי, הג'ונינית של צוות 8, מחליטה לעזוב אותם. נארוטו נחוש להיעזר ביאקומו על מנת להבין מדוע קורנאי עזבה.

נארוטו מתגנב אל האחוזה של יאקומו בלילה, וחולם על כך שקורנאי מאיימת לחתום את יכולותיה של יאקומו. קורנאי מסרבת לתת לו הרבה מידע. קורנאי הולכת לבקר את יאקומו, ובינתיים אנשי שבט קוראמה מתקיפים.

קורנאי מצליחה לברוח עם יאקומו בזכות העזרה של נארוטו, סאקורה, צוות 8 וגיא מייט. פיסות נוספות מההיסטוריה של קורנאי ויאקומו נחשפות.

נארוטו, קורנאי, יאקומו וצוות 8 חוזרים לכפר העלים, אך למרבה תדהמתם, הכל השתנה. החבורה מנסה להתרגל למצב החדש.

נארוטו וחברי צוות 8 רצים אל ביתה של יאקומו ומוצאים אותה יחד עם קורנאי. היישות המסתורית שעומדת מאחורי כל התקרית נחשפת.

נארוטו וקיבה מצווים ללוות אדם בשם שינמון המוביל חפץ נדיר ויקר ערך. עם זאת, כאשר השודדים גונבים את החפץ, האם השניים יוכלו להחזיר אותו ולהגן על חייו של שינמון?

נארוטו, סאקורה ולי נשלחים ללוות אסיר בשם גנטסו לבירת ארץ היער. המשימה שלהם היא אך ורק לגבות את קבוצת הליווי, למקרה שמשהו ישתבש, אך משהו אכן משתבש.

כשהספינה מחולקת לשניים, נארוטו, טודורוקי וגנטטסו מופרדים מהאחרים. כעת נארוטו חייב להתמודד עם שלושת השינובאזו האחרים ש-גנטטסו היה איתו.

טודורוקי רוצה לנקום במשפחתו ולהרוג את גנטטסו. הבעיה היחידה היא נארוטו. בינתיים, לי וסאקורה מוקפים בילדים שדורשים לתת להם גנטטסו.

נארוטו מגיע להציל את גנטסו והילדים אבל נתקל בבעיות כשאקיו נחטף וטודורוקי מבין שאחיו בחיים. האם נארוטו וטודורוקי יצליחו להציל את אקיו?

נארוטו מציל ילד שנפצע אבל הוא אאוטסיידר לקונוהא. טסונאדה מורה לנארוטו לטפל בילד עד שישיב את הזיכרון שלו. מה הילד הזה עשה מחוץ לקונוהא ולמה הוא אינו זוכר דבר?

נארוטו ומנמה מצליחים לגרום לטסונאדה לשחרר אותם כדי להשיב למנמה את זכרונו. עם זאת, הם נאלצים ללכת עם נג'י וטן-טן ששומרים עליהם. בדרכם הם נתקלים בכפר שרוף שתושביו לא שמחים לראותם.

לאחר שהוא רואה את הסימן על זרועו של מנמה, רן רוצה להרוג אותו, אבל נג'י עומד בדרכו. רן מסכים ומבצע ניתוח במנמה, שמציל את חייו, אבל תושבי הכפר לא כל כך מרוצים.

שינובי חול, מאטסורי, נחטף על ידי נינג'ה מסתורי. כדי להחזיר אותם, גארה חייב לקבל את האתגר של הנינג'ה המסתורית. האם נארוטו יכול למנוע מהאתגר הזה לסתיים בקטסטרופה?

הנינג'ות העריקות ממשיכות לרוץ בזמן שגארה, טמרי וקנקורו רודפים אחריהן. במקביל, שינו, הינאטה ונג'י משתמשים ביכולות שלהם כדי לנסות למצוא את השיטנשונין. מי ילחם ראשון ומי ינצח בסופו של דבר?

שיקאמארו ואינו מגיעים לעזור לטמארי נגד קיאקו, בעוד שקיבה וצ'וג'י הולכים לעזור לקונקורו. נראה שהכל הולך כשורה עד שנג'י מבחין במשהו מוזר...