המציצן מביס בקלות את אביסו ונארוטו מתרשם מיכולותיו. עקב כך שהמציצן הביס את מורו, נארוטו דורש ממנו שיאמן אותו במקום.

ג'יראייה מנסה ללמד את נארוטו את ג'וטסו הזימון תוך כדי שהוא עסוק במחקר שלו. דוסו לומד בדרך הקשה מדוע גארה כל כך מסוכן. באקי וקאבוטו נפגשים בסודיות. האיאטה מגלה פרט חשוב על המזימה של אורוצ'ימארו.

נארוטו ממשיך להתאמן על ג'וטסו הזימון בזמן שג'יראייה מעדיף להתמקד במחקר שלו. ההוקאגה מיידע את כל הג'ונינים על הירצחו של האיאטה. סאקורה מחליטה ללכת לבקר את סאסקה ואת לי בבית החולים.

ג'יראייה רואה שנארוטו לא מצליח להתקדם באימונים ומנסה גישה אחרת. נארוטו מנסה בכל כוחו לשחרר את הצ'אקרה של שד השועל בעל תשעת הזנבות כדי שיוכל לזמן יותר מראשן.

נארוטו מנסה להוכיח לגאמבונטה, בוס הקרפדות, שהוא האחד שזימן אותו. המניעים של הכפר הנסתר בחול מתבהרים.

נארוטו מתעורר בבית החולים לאחר שלושה ימים של שינה רצופה. שיקמארו מחכה לו ליד מיטתו. סאקורה הולכת לבקר שוב את רוק לי, אך היא לא יודעת שהוא בסכנת חיים.

הסיבוב האחרון של בחינות הצ'ונין עומד להתחיל. נארוטו מרגיש לחוץ מאוד ופוגש בדרכו לזירה את הינאטה שנותנת לו מילות חיזוק.

הסיבוב האחרון של בחינות הצ'ונין מתחיל וסאסקה עדיין לא הגיע. המתמודדים מגלים שיש שינוי קל בשיבוצים של הקרבות. הקרב של נארוטו ונג'י מתחיל.

נארוטו פוצח במתקפה על נג'י, שאיננו מבין מדוע נארוטו לא מודע בתבוסה. נג'י מוריד את מגן המצח שלו ומספר לנארוטו על שבט ההיוגה, על המשפחה הראשית ועל המשפחה המשנית.

נג'י מקבל ביקור מפתיע מדוד שלו במרפאה. היאשי מגיע עם מגילה בידו, והיא מכילה את האמת על היום שבו אביו של נג'י נרצח. במקביל, הסיבוב האחרון של בחינות הצ'ונין לא הולך כמתוכנן.

לאחר קרב שנדחה וקרב שהסתיים באופן טכני, הגיע תורו של שיקמארו להילחם בטמארי.

הקרב של סאסקה ושל גארה צריך להתחיל, וסאסקה עדיין לא הגיע. ההוקאגה מחליט לתת לסאסקה הזדמנות אחרונה לבקשתו של הקאזקאגה.

סאסקה וקאקאשי הגיעו ברגע האחרון. הקרב בין סאסקה לגארה מתחיל, וסאסקה חושף כישורים חדשים שרכש במהלך האימונים.

המהירות הגבוהה של סאסקה ויכולות הטאיג'וטסו שרכש במהלך חודש האימונים המפרך עם קאקאשי אפשרו לו לחדור את הגנותיו של גארה. גארה נחוש לחסל את סאסקה אך נדחק אל הקצה.

המבצע של הכפר הנסתר בחול ושל הכפר הנסתר בצלילים מתחיל. הקאזקאגה לוקח את ההוקאגה כבן ערובה, והוא דואג שלא יפריעו להם בעזרת ארבע נינג'ות מכפר הצלילים. קאנקורו וטמארי אובדים עצות לאחר שגארה לא פעל לפי התוכנית.

קאקאשי מורה על סאקורה להעיר את נארוטו ואת שיקמארו. המשימה שלהם היא לרדוף אחרי סאסקה ולעזור לו בקרב נגד אחי החול. במקביל, הקרב של אורוצ'ימארו נגד מורו לשעבר, ההוקאגה השלישי, מתחיל.

פקון מיידע את נארוטו, סאקורה ושיקמארו שתשעה אנשים עוקבים אחריהם. שיקמארו מציע את עצמו בתור פתיון כדי לעכב אותם.

אורוצ'ימארו השתמש בג'וטסו 'תחיית המתים' והקרב בין ההוקאגה השלישי להוקאגה הראשון וההוקאגה השני מתחיל. אורוצ'ימארו חושף חלק מכוונותיו האמיתיות.

סאסקה מצליח להשיג את אחי החול וטמארי נשארת מאחור כדי להילחם בו. במקביל, סארוטובי, ההוקאגה השלישי, נזכר בעברו יחד עם אורוצ'ימארו ומתכונן נפשית כדי לחסל אותו אחת ולתמיד.

ההוקאגה השלישי מחליט להשתמש בקלף האחרון שנותר לו, טכניקה שכבר הצליחה להציל בעבר את הכפר בשעת משבר קשה. סאסקה מגיע אל קאנקורו ואל גארה וקרב חדש מתחיל.

הקרב בין שינו לקאנקורו מתחיל. נארוטו, סאקורה ופקון ממשיכים בדרכם לסאסקה, אך עכשיו עליהם לבצע עיקוף. סאסקה מגיע אל טמארי ואל גארה, שמתחיל להשתגע.

הקרב של גארה ושל סאסקה בעיצומו ונראה שהמפלצת ששוכנת בגארה ניזונה מעברו הכואב. סאסקה נאלץ לבצע מעשים בעלי השלכות הרסניות כדי לנטרל את היריב העוצמתי שלו.

כשסאסקה עומד בפני תבוסה, נארוטו וסאקורה מופיעים כדי להציל אותו. עם זה גארה מתחיל לקבל פלאשבקים של ילדותו. מה קרה בעברו של גארה שגרם לו לחוות כל כך הרבה סבל?

יאשמארו מספר לגארה את האמת על הקיום שלו. נארוטו נחוש בדעתו להגן על חבריו אך לא יכול שלא לראות את קווי הדמיון שבינו לבין גארה.

הקרב של נארוטו ושל גארה ממשיך. נארוטו שולף את הקלף המנצח שלו וגארה חושף את צורתו האמיתית.

לאחר שהוא הופך לקיובי, נארוטו וגמבונטה מתכוננים לעצור את שוקאקו על ידי הערת גארה. למרות שהם מצליחים, הקרב רחוק מלהסתיים מכיוון שגארה לא יפסיק עד שנארוטו ימות.

כשהמלחמה מתקרבת לסיומה, גארה מודה בתבוסתו בפני נארוטו, ואורוצ'ימארו ​​נאלץ לסגת לאחר שסרוטובי לקח את ידיו. כעת, כל השינובים של קונוהא מתאספים יחד כדי לחלוק כבוד אחרון.

אנשי כפר העלים מנסים לשקם את הכפר ולחזור לחייהם. הצמד המשונה שהגיע אל הכפר מאיים על השלווה שזה עתה הושגה.

נארוטו מתכונן למסע עם ג'יראייה. קאקאשי מתקשה בקרב נגד איטאצ'י, שגם הוא בעל שארינגאן.

נארוטו וג'יראייה יוצאים למסע שלהם בחיפוש אחר הסנינית השלישית. סאסקה מתאמן ומרגיש חלש ומתוסכל לאחר שראה כמה נארוטו התקדם לעומתו.

איטאצ'י וקיסאמה מגיעים למפתן דלת חדרם של נארוטו וג'יראייה. סאסקה נזכר ביום שבו הוא ראה את אחיו בפעם האחרונה.

ג'יראייה מגיע ומציל את נארוטו ממתקפתו של קיסאמה. למרות הפער הברור בין הכוחות, סאסקה מתעקש להילחם לבדו באיטאצ'י.

איטאצ'י וקיסאמה מגיעים למפתן דלת חדרם של נארוטו וג'יראייה. סאסקה נזכר ביום שבו הוא ראה את אחיו בפעם האחרונה.

ג'יראייה מגיע ומציל את נארוטו ממתקפתו של קיסאמה. למרות הפער הברור בין הכוחות, סאסקה מתעקש להילחם לבדו באיטאצ'י.

נארוטו וג'יראייה ממשיכים במסע החיפוש אחר טסונאדה ומחליטים לעצור בעיירה מסוימת כדי לנוח. בינתיים, סנין הקרפדות מתחיל ללמד את נארוטו טכניקה חדשה.

ג'יראייה מכריח את נארוטו ללמוד בעצמו את הג'וטסו בעזרת קווים מנחים בלבד. במקביל לאימוניו של נארוטו, ג'יראייה 'מחפש את טסונאדה'.

נארוטו מתקדם באימונים שלו וג'יראייה קרוב מתמיד לאיתור טסונאדה, אך איננו יודע שאדם נוסף בעקבותיה.

‎נארוטו וטסונאדה מסכימים על התערבות. שיזונה מספרת לנארוטו את הסיפור של טסונאדה. ג'יראייה מבהיר לטסונאדה שאם היא תבגוד בכפר, זה לא יעבור לה בשתיקה. נארוטו מתאמן קשה כדי לשלוט בראסנגאן.

‎נארוטו מנסה ככל שביכולתו לשלוט כמה שיותר מהר בראנסגאן. טסונאדה מתחבטת עם עצמה ומתקשה להגיע להחלטה.

‎טסונאדה כמהה לראות את נאוואקי ואת דן וכמעט מסכימה להצעה של אורוצ'ימארו. אורוצ'ימארו מתכנן לגרום לה לרפא את ידיו. נארוטו, ג'יראייה, שיזונה וטונטון ממהרים להגיע לטסונאדה כדי לעצור אותה.

עם עזרתו של קאבוטו, אורוצ'ימארו מזמן נחשים ענקיים. ג'יראייה מזמן את גאמיקיצ'י הקטן מאחר שהצ'אקרה עדיין לא חזרה לו במלואה. שיזונה נלחמת בקאבוטו. נארוטו מנסה להגן על טסונאדה.

‎נארוטו מצליח לפגוע בקאבוטו עם ראסנגאן אבל נפצע קשות בקרב נגדו. טסונאדה עושה כל שביכולתה לרפא את נארוטו ולהציל את חייו. אורוצ'ימארו מחליט לחסל את נארוטו, והיחידה שיכולה לעצור אותו זו טסונאדה, שמשותקת בגלל הפחד שלה מדם.

‎ג'יראייה, אורוצ'ימארו וטסונאדה משתמשים במקביל בג'וטסו הזימון. ג'יראייה וטסונאדה חוברים יחד כדי להביס את אורוצ'ימארו.

בדרך חזרה לקונוהא, החבורה עוצרת בעיירה עם מעיינות חמים כשחדרו של נארוטו עובר פשיטה והשרשרת שהוא קיבל נעדרת ללא שום דבר מלבד שטר כופר שנותר מאחור.

נארוטו מבקש מטסונאדה לרפא את סאסקה, את קאקאשי ואת לי לפני שהיא ניגשת לענייני ההוקאגה. קונוהאמארו מתקשה להשלים עם העובדה שהכפר צריך לעבור הלאה מסביו.

טסונאדה מתחילה בעבודתה כהוקאגה החמישית. קונוהאמארו מחליט לעשות בעיות כי מפחד שישכחו את סביו.

רוחו של לי נשברת. גיא מנסה לעודד אותו ומזכיר לו את דרך הנינג'ה שלו. לי מקבל החלטה; האם לוותר על להיות שינובי או לקחת את הסיכון ולעבור את הניתוח.

נארוטו, סאסקה וסאקורה תמיד רצו לדעת איך קאקאשי נראה מתחת למסכה שלו. שלושתם עושים ככל שביכולתם כדי לחשוף את פניו השלמות.

נארוטו, סאסקה וסאקורה מגלים שהמשימה החדשה שלהם תהיה בלעדי קאקאשי. טסונאדה שולחת אותם כדי להגן על מישהו בארץ התה. בדרכם, הם נתקלים בבחור בשם אידטה מורינו, שגורם להם ללא מעט צרות.

השלישייה ממשיכה לעקוב אחרי אידטה שרץ בכיוון ההפוך מהנמל. במקביל, אויבים כבר מתחילים לתקוף אותו. המקור של אידטה נחשף.

צוות 7 מצליח להגיע אל אידטה. הם נתקלים באאוי ומגלים שאידטה מחוסר הכרה. נארוטו מתחיל להזדהות עם אידטה.