‎נארוטו, קיבה והינאטה נשלחים למשימה בארץ האבן. המשימה שלהם היא ללכוד גנב מבוקש ששמו גוסונקוגי. כשהם מגיעים, הם פוגשים צייד ראשים שגם רודף אחריו.

‎החבורה מגלה שסזנאמי הוא בעצמו פושע מבוקש בעל פרס כספי על ראשו. סזנאמי טוען שהוא חף מפשע. החבורה מתחרה נגד סזנאמי על לכידת גוסונקוגי.

‎גאי ולי עוזבים למשימה. שני זרים מנצלים את ההזדמנות כדי להתחזות אליהם ולהתגנב אל כפר העלים. אולם, לטסונאדה יש תוכנית כיצד לגרום לפולשים לברוח על דעת עצמם.

נארוטו, טנטן ונג'י נוסעים לארץ הציפורים כדי להשמיד רוח רפאים בשם נורוימושה.

‎הצוות של נג'י מנסה להוכיח שקומיי הוא האחד ששולט ברוח הרפאים. עם זאת, הם מגיעים לגילויים שרק משאירים אותם עם עוד יותר סימני שאלה ממקודם.

נארוטו מחליט לחקור בעצמו את נושא רוח הרפאים, לאחר שהמענה שהם הגיעו אליו לא מספק אותו. במקביל, נג'י וטנטן חוקרים בחזית אחרת. נארוטו מצליח לגלות נדבך גדול מהאמת.

קאקאשי פוקד על נג'י ועל טנטן לחזור לכפר איתו. קומיי עומד למשפט שדה ונמצא לקראת הוצאה להורג. אביר מקולל חדש מופיע.

סאגי מתכנן לבצע את נקמתו הוא לא ייתן לאף אחד לעצור אותו. הוא מתעמת עם מוסו בעודו מחופש לאביר המקולל. אמת מפתיעה מתגלה לאחר ששניהם חושפים את כוונותיהם האמיתיות.

צ'ישימה מציל את נארוטו מממלכודת הגנג'וטסו של הוקי. נארוטו מתקשה בקרב נגדו, אך הגעה מפתיעה של רוח רפאים עוזרת לו.

נארוטו וצ'וג'י מגלים שראמן איצ'ירקו סגור זמנית בשל פיתוח תפריט חדש. לאחר שהם מתגנבים לתוך הדוכן הסגור, מתברר להם שטאוצ'י מנסה להשיב את ביתו שנחטפה על ידי נינג'ות שפים.

נארוטו, אינו ושינו יוצאים יחד למשימה בארץ הים בהנהגתה של אנקו. משימתם היא להיפטר מהקאימה, מפלצת ימית שמפריעה לספינות של אנשי ארץ הים. כשאנקו מגיעה לשם, עולים לה זיכרונות מעברה עם אורוצ'ימארו.

נארוטו מצליח להתאושש בזכות הנערה שהצילה אותו. אנקו, שינו ואינו מחפשים את נארוטו ופוגשים באדם שאחראי על על ספינות התשלום. הצוות מחליט לעקוב אחרי הנערה.

הצוות של אנקו מחליט ללכת בעקבות איסריבי, שברחה, אל אי השד. הם מגלים שהפעם אורוצ'ימארו הוא לא האחד שמושך בחוטים, אלא אדם אחר שאנקו כבר מכירה.

נארוטו, אינו, שינו ואנקו מצליחים בקושי לברוח מהמעבדה המתמוטטת. הם מתעמתים עם אמאצ'י וכפופיו כדי להגן על ספינות האיסוף. נארוטו מנסה לגרום לאיסריבי להבין שגם הוא חווה חוויה דומה לשלה.

הקרב בין נארוטו לאמאצ'י מגיע לשיאו. אנקו מגלה פרטים נוספים על עברה.

נארוטו מקבל משימה לשמור על קוניהיסה, ילד עשיר. במסגרת משימתו, עליו להראות לקוניהיסה איך הולך יום בחייו של נינג'ה.

נארוטו, קיבה והינאטה מקבלים משימה מיוחדת - משימת ציד אוצר. אולם, אם הם ייכשלו במשימה הזאת, עליהם יהיה לחזור לאקדמיה. המשימה נראת פשוטה בהתחלה, אבל המכשולים לא מאחרים להגיע.

נארוטו, הינאטה וקיבה ממהרים לחזור אל כפר העלים כדי למנוע מכפיליהם המרושעים לזרוע הרס. הם מצליחים לגלות את החולשה של הכפילים.

נארוטו פוגש את ג'יראייה במקרה ודורש שיאמן אותו. ג'יראייה מתרץ לנארוטו שעליו לכתוב את הכרך הבא בסדרה שלו עד לשבוע הבא, ולכן איננו יכול לאמן אותו. העניינים משתבשים לאחר שנארוטו מנסה לעזור לו בכתיבה.

‎הכפר הנסתר בכוכבים, שהוקם סביב כוכב שנפל לפני כ-200 שנים, זקוק לעזרה של כפר העלה. נארוטו, לי, נג'י וטנטן יוצאים כדי לסייע להם להגן על הכוכב.

‎התוקף המסתורי בורח עם הכוכב. הצוות מכפר העלים מתחיל להטיל ספק גם באנשי כפר הכוכבים עצמם. במקביל, נארוטו מגלה על עברו של סובארו ונאטסוהיבושי.

‎הצוות מכפר העלה ממשיך בחקירת בעקבות גניבת הכוכב ומתחילים להבין שרב הנסתר על הגלוי. כל הרמזים מובילים לממצא אחד, והגנב מתגלה.

‎האישה המסתורית הצילה את נארוטו והוא מגלה מי היא. היא מספרת לו על משמיתה שהחלה לפני זמן רב, ומדוע היא תעשה הכול כדי להשלים אותה.

‎סובארו סוף סוף פוגש את אימו, אך רק לזמן קצר. נארוטו נלחם נגד אקהושי ומנסה למנוע מהכוכב ליפול שוב לידיו. אנשי הכפר לא יודעים איזה צד לקחת.

לאחר שאקהושי מנסה להוציא להורג את סומארו, האקאטו ושאר הילדים קמים כדי להגן על הכפר שלהם. אקהושי, שמוצא את הכפר פונה נגדו, נוקט בצעדים דרסטיים כדי להבטיח את הצלחתו.

כאשר אקאמארו חולה ומתחיל לעבור מהפך מסתורי, האם קיבה יכול לעשות משהו כדי להציל את חברו? כשנראה שכל הכפר נגדו, כמו רחוק הוא ילך, כדי להגן על חברו?

במהלך אימוניו, נארוטו גורם בטעות לנשר להפיל עליו יצור משונה, ששמו אונבה. לפי האגדה, היצור לא יעזוב את גבו עד שהוא יגדל להיות מבוגר.

נארוטו ושינו מקבלים משימה לאבטח את הלוויתו של ראש משפחת קאגצו. כשהם מגיעים לשם, הם מבינים שעליהם לקחת חלק חשוב מאוד בהוצאה לפועל של הצוואה.

נארוטו, הינאטה וצ'וג'י יוצאים יחד למשימה שבמסגרתה עליהם להגן על סוחרים נודדים ולעזור להם בהובלה. הצוות מגלה במהרה שמישהו רודף אחרי הסוחרים.

הקבוצה מתחלקת לשניים במטרה להרתיע את הרודפים. לאחר שנארוטו וצ'וג'י מגלים שהתוכנית שלהם לא עובדת, הם מבינים שמישהו מהסוחרים מסתיר פרט חשוב.

נארוטו, צ'וג'י ויורינוג'ו נלחמים ברויגה, המשתמש במים בתור נשקו. הם מגלים שרויגה מסוגל לשאוב מים מהאדמה ולהשתמש בהם כרצונו. אדם נוסף רודף אחרי הנסיכה.

בעקבות כף שג'יגה הביס את נארוטו, הינאטה מחליטה להצטרף לקרב. היא מנסה להבין מהי נקודת התורפה של היכולת המיוחדת שלו.

הקרב עם ג'אנין השלישי והאחרון בפתחו. נארוטו נלחם בו בכל כוחו כדי למנוע ממנו לחסל את הנסיכה. הקרב הגורלי על ארץ הירקות מגיע לשיאו.

הנסיכה עלתה במשקל בשל סערת הרגשות המתמשכת שחוותה. אינו מקבלת משימה להתחזות אליה כדי להתחיל עם הנסיך שהיא מאוהבת בו.

נארוטו חוזר ממשימה ומגלה שלי הקים דוג'ו משלו משום שהוא נואש ליריב שיקרא עליו תיגר בשביל להתאמן. גאי מגלה זאת ומחליט להתחזות ליריב הדוג'ו הראשון של לי.

הינאטה, קיבה ונארוטו נשלחים לארץ הדבש כדי לחפש את רעייתו של הלורד הפיאודלי אשר נעלמה. בדרכם, הם מגלים טירה מפחידה ונאלצים להיכנס לתוכה כדי לחפש רמזים למקום הימצאה.

לי לא מתייצב לבדיקות השגרתיות שלו וטסונאדה שולחת את נארוטו לחפש אותו. במקביל, גאי מאמן נער ששמו יאגורה, ומחליט שלי והוא יילחמו במסגרת האימונים.

גאי כלוא במבצר העשוי מבובות אגרוף. יאגורה מופיע בפני גאי. נארוטו, נג'י וטנטן מנסים לחלץ את גאי. סאקורה מנסה להסתיר את מה שקרה לגאי מלי.

נארוטו מיודד כבר במשך זמן מה עם בנאי זקן ששמו גנו. כשמתגלה שגנו גנב תוכניות בנייה רבות מכפר העלים, נארוטו מוצא את עצמו בחקירת אנבו.

האנבו מכניסים את נארוטו לתרדמת על מנת להוציא ממנו את המידע שהם זקוקים לו. צוות הגנינים ממשיך בחיפוש רמזים כדי להבין מה גנו תכנן.

נארוטו וחבריו ממשיכים לחפש מידע על התוכנית של גנו. הם מגיעים לאקדמיה, ומגלים שם אולם אימונים חשוד שמוביל אותם לתגלית מדאיגה ביותר.

כפר העלים כולו נמצא על רשת של קלפים מתפוצצים. טסונאדה מנסה להחליט האם לפנות את התושבים או לנסות להסיר את הקלפים. שני יועצי ההוקאגה מגלים פרט מידע משונה על הקלפים המתפוצצים.

שיקמארו מנסה להבין מה הצעד הבא של גנו. נארוטו מתעמת עם גנו בתוך פרצופי האבן הגדולים.

נארוטו וסאקורה מנחים תוכנית סיכום מיוחדת שמציגה את חמשת הקרבות האהובים ביותר עד כה. בנוסף, הם אורחים גם ראיונות עם חלק מהצוות ואפילו עם חלק מהאויבים.

נארוטו נתקל ביאקומו, נערה עם כישרון מפתיע להרס. במקביל, קורנאי יוהי, הג'ונינית של צוות 8, מחליטה לעזוב אותם. נארוטו נחוש להיעזר ביאקומו על מנת להבין מדוע קורנאי עזבה.

נארוטו מתגנב אל האחוזה של יאקומו בלילה, וחולם על כך שקורנאי מאיימת לחתום את יכולותיה של יאקומו. קורנאי מסרבת לתת לו הרבה מידע. קורנאי הולכת לבקר את יאקומו, ובינתיים אנשי שבט קוראמה מתקיפים.

קורנאי מצליחה לברוח עם יאקומו בזכות העזרה של נארוטו, סאקורה, צוות 8 וגיא מייט. פיסות נוספות מההיסטוריה של קורנאי ויאקומו נחשפות.

נארוטו, קורנאי, יאקומו וצוות 8 חוזרים לכפר העלים, אך למרבה תדהמתם, הכל השתנה. החבורה מנסה להתרגל למצב החדש.

נארוטו וחברי צוות 8 רצים אל ביתה של יאקומו ומוצאים אותה יחד עם קורנאי. היישות המסתורית שעומדת מאחורי כל התקרית נחשפת.

נארוטו וקיבה מצווים ללוות אדם בשם שינמון המוביל חפץ נדיר ויקר ערך. עם זאת, כאשר השודדים גונבים את החפץ, האם השניים יוכלו להחזיר אותו ולהגן על חייו של שינמון?

נארוטו, סאקורה ולי נשלחים ללוות אסיר בשם גנטסו לבירת ארץ היער. המשימה שלהם היא אך ורק לגבות את קבוצת הליווי, למקרה שמשהו ישתבש, אך משהו אכן משתבש.

כשהספינה מחולקת לשניים, נארוטו, טודורוקי וגנטטסו מופרדים מהאחרים. כעת נארוטו חייב להתמודד עם שלושת השינובאזו האחרים ש-גנטטסו היה איתו.

טודורוקי רוצה לנקום במשפחתו ולהרוג את גנטטסו. הבעיה היחידה היא נארוטו. בינתיים, לי וסאקורה מוקפים בילדים שדורשים לתת להם גנטטסו.

נארוטו מציל ילד שנפצע אבל הוא אאוטסיידר לקונוהא. טסונאדה מורה לנארוטו לטפל בילד עד שישיב את הזיכרון שלו. מה הילד הזה עשה מחוץ לקונוהא ולמה הוא אינו זוכר דבר?

נארוטו ומנמה מצליחים לגרום לטסונאדה לשחרר אותם כדי להשיב למנמה את זכרונו. עם זאת, הם נאלצים ללכת עם נג'י וטן-טן ששומרים עליהם. בדרכם הם נתקלים בכפר שרוף שתושביו לא שמחים לראותם.

לאחר שהוא רואה את הסימן על זרועו של מנמה, רן רוצה להרוג אותו, אבל נג'י עומד בדרכו. רן מסכים ומבצע ניתוח במנמה, שמציל את חייו, אבל תושבי הכפר לא כל כך מרוצים.

שינובי חול, מאטסורי, נחטף על ידי נינג'ה מסתורי. כדי להחזיר אותם, גארה חייב לקבל את האתגר של הנינג'ה המסתורית. האם נארוטו יכול למנוע מהאתגר הזה לסתיים בקטסטרופה?

הנינג'ות העריקות ממשיכות לרוץ בזמן שגארה, טמרי וקנקורו רודפים אחריהן. במקביל, שינו, הינאטה ונג'י משתמשים ביכולות שלהם כדי לנסות למצוא את השיטנשונין. מי ילחם ראשון ומי ינצח בסופו של דבר?

שיקאמארו ואינו מגיעים לעזור לטמארי נגד קיאקו, בעוד שקיבה וצ'וג'י הולכים לעזור לקונקורו. נראה שהכל הולך כשורה עד שנג'י מבחין במשהו מוזר...

אפילו כשרמת הצ'אקרה שלו נמוכה, גארה נלחם במנהיג השיטנשוונין. כשהוא נכשל ונלכד, נארוטו מגיע להציל אותו. אבל האם נארוטו יכול להציל את גאארה לפני ששוקאקו ישתלט עליו?

בסוף המרגש של "נארוטו" נענות השאלות מה יעלה בגורלו של גארה? ועכשיו כשג'יראייה חזר, האם נארוטו יעזוב סוף סוף את קונוהא כדי להתחיל את האימונים שלו?