Quando Max tem visões de seu filho, ele e Liz começam uma busca desesperada pela criança. Eles suspeitam que em uma loja de conveniência está uma nave escondida. Então eles assaltam uma loja em Utah como distração para encontrar a ‘chave’ da nave original de 1947 que poderá ajudar Max a encontrar seu filho. Mas são traídos por um misterioso informante, e acabam sendo presos e proibídos pelas suas famílias de se encontrarem. Enquanto isso, Isabel está tendo um caso com Jesse, um jovem advogado e Michael começa a endireitar sua vida.

Michael consegue um emprego de vigia noturno e usa seus poderes para descobrir se seu chefe está roubando a empresa. Mas, ao fazer com que ele e seus colegas de trabalho sejam demitidos, Michael precisa ter a maturidade que ele desconhece ter para consertar a situação. Enquanto isso, Kyle se espanta ao ser o novo chefe da casa depois que Jim escolhe uma carreira não muito lucrativa como líder de uma banda. E o pai de Liz descobre que ela e Max têm se encontrado em segredo e ameaça mandar Liz para um colégio interno.

Isabel encontra um anel no paletó de Jesse e acha que ele está pronto para pedí-la em casamento. Tendo o fantasma de Alex como seu guia, Isabel precisa confrontar seus medos sobre o amor e seus sentimentos conflitantes por Jesse. Mas Isabel descobre que o anel é da mãe de Jesse, e que ele não ia pedí-la em casamento, e ela fica aliviada. Enquanto isso, Liz descobre um segredo do passado de seu pai, o que leva seu relacionamento com Max ser visto de outra maneira. E Maria está zangada porque Michael está passando muito tempo com seus amigos.

Max viaja para Hollywood enquanto investiga um assassinato que acredita ter sido cometido por um alien. Liz e Kyle descobrem uma ligação com um filme de 1959 chamado “They Are Among Us” e quando Max vai até a Paramount Estúdios para investigar, ele acaba fazendo um teste para um papel de um alien no seriado “Enterprise” dirigido por Jonathan Frakes. Max acaba descobrindo que um alien que pode mudar de forma está vivendo na Terra, e é um famoso produtor chamado Kal Langley. Enquanto isso em Roswell, Isabel e Jesse resolvem como vão contar a suas famílias que estão noivos. E Kyle descobre mais sobre o relacionamento conturbado entre seu pai e seu avô.

Usando os seus poderes de rei, Max ordena Kal Langley, um shape-shifter, a usar suas influências militares para localizar a nave que os trouxe a Terra. Em Roswell, Isabel e Jesse lidam com os preparativos do casamento e Isabel sente as reações negativas dos amigos e família sobre o noivado. Enquanto isso, Liz fica preocupada com a falta de notícias de Max.

Com o dia do seu casamento chegando, Isabel tem sonhos com seu antigo amor, Kivar, e começa a duvidar sobre sua herança alienígena. Enquanto isso, Max volta de Los Angeles e concorda em ser o padrinho de Jesse. Isabel está planejando todos os preparativos para o casamento sozinha, mas seus sonhos a deixa confusa e ela pede a Maria para cuidar do resto dos preparativos que com a ajuda de Liz, conseguem arrumar tudo a tempo. Como os seus pais não irão ao casamento, Isabel pede para que Valenti a conduza na igreja. Na festa de despedida de solteiro, Max interroga todos os amigos de Jesse para tentar descobrir algo. Maria consegue que a banda Ivy cante no casamento de Isabel. E quando o casamento finalmente parece ter dado certo o maior medo de Isabel se torna realidade.

Isabel e Jesse vão passar a lua de mel em um hotel e são seguidos por Kivar que quer levar Isabel de volta para o seu planeta natal. Antes de irem, Isabel diz a Kyle que não contou nada sobre Kivar para Max e pede para ele contar. Então Max e Michael vão até o hotel onde eles estão para destruir Kivar. Enquanto isso, Liz e Maria descobrem que Phillip está investigando Max e o desaparecimento de Tess.

O relacionamento de Michael e Maria fica ameaçado quando Billy, uma antiga paixão de Maria volta a Roswell por alguns dias. Billy fica hospedado na casa de Maria, e ela começa a perceber o que está faltando em sua relação com Michael e acaba terminando o namoro. Enquanto isso, o pai de Max ainda está tentando juntar todas as peças de sua investigação levando Max e Isabel a tentarem acabar com isso.

Quando uma criança autista aborda Max e fala com ele, e depois o presenteia com um desenho de um disco voador, Max é forçado a considerar se, de algum modo, seu filho perdido está tentando se comunicar com ele. Enquanto isso, na tentativa de se aproximar de Maria, Michael se fantasia de Papai Noel no evento de caridade onde Maria e Liz são duendes. E Isabel e Jesse passam o primeiro Natal juntos como marido e mulher.

Quando um jornalista amigo do Jesse visita Roswell, Isabel descobre que ele está investigando ela, Max e Michael depois de ele ter testemunhado Michael usando seus poderes e ouvir história suspeitas através de Jesse. Enquanto isso, Isabel fantasia sobre como sua vida seria se Jesse soubesse seu segredo através de uma paródia do seriado de 1960, a Feiticeira.

Liz começa a sofrer estranhas mudanças alienígenas em seu corpo, que pioram quando ela está perto de Max. Com frustações retidas e as emoções a flor da pele, ela decide que precisa se afastar de Max de vez e deixar Roswell para entrar em um colégio interno em Vermont. Enquanto isso, Maria recebe um convite para assinar um contrato com uma gravadora em Nova York, mas ela não tem certeza se gosta do que o pessoal da gravadora está fazendo em sua música para torná-la popular.

Um guarda é morto enquanto estava trabalhando, e Valenti e Michael investigam o que há por trás da misteriosa morte. Eles descobrem que a Meta-Chem vem estudando Michael por algum tempo e que sua identidade alienígena não é um segredo para seu chefe. Na tentativa de conseguir uma evidência, Valenti é capturado e Michael pede a ajuda de Max e Isabel para resgatá-lo. Durante o resgate, Valenti é baleado e Max o cura e acaba descobrindo que na verdade eles estão atrás dele, o ‘curador’. Ele é forçado a usar seus poderes em um velho doente e poderoso e acaba pagando por isso com a diminuição da sua força de vida. Enquanto isso, Liz entra para o colégio interno e tenta começar um vida nova. E Maria desiludida em Nova York, vai visitar Liz em Vermont.

O corpo envelhecido de Clayton Wheele passa por uma transformação surpreendente quando absorve a alma de Max e acaba rejuvenescendo. O espírito de Max precisa lutar para impedir que Clayton mate Liz, que é a sua única opção para destruir Max. Enquanto isso, quando Isabel se fere, Michael, Jesse e Valenti chamam um médico desacreditado para ajudar e Jesse pergunta a Michael sobre as raízes alienígenas de Isabel.

Todos voltam para Roswell, mas nem tudo está bem. Jesse está tendo dificuldades em lidar com a identidade alien de Isabel. Ele começa a ver um terapeuta e decide que precisa ficar um tempo longe dela. Max e Liz voltam a namorar e Max diz que não quer mais as responsabilidades alienígenas que o esperam, ele só quer ficar com Liz. Enquanto isso, como resultado da morte de Max, Michael foi programado para ser o líder do trio e começa a tentar controlar todos, inclusive Max. Quando ele descobre que Jesse está indo ao terapeuta, ele decide acabar com o problema sozinho e tenta matar Jesse, o que causará uma grande briga pois Max está tentando salvar a todos.

Michael é testemunha de uma colisão de uma nave alienígena no deserto e apesar da Força Aérea e o Governo estarem ocupados tentando esconder o fato, Michael convence o resto da turma que algo misterioso está acontecendo. Enquanto tenta investigar o que aconteceu, ele acaba encontrando e ajudando a filha do piloto da Força Aérea que o Governo diz que morreu na colisão. Enquanto isso, Jesse viajou a trabalho e deixou Isabel lidar com o seu casamento conturbado.

Tess é quem estava pilotando o nave espacial que colidiu em Roswell, ela escapa do local onde o Governo escondeu a nave e procura Max com seu bebê. Com o poder militar atrás de Tess e o bebê, Max busca a ajuda de seus amigos, mas ninguém quer ajudar Tess. Enquanto isso, Max e Isabel são forçados a dizer toda a verdade a seus pais. Max percebe que para que seu filho tenha uma vida normal, ele terá que dar o bebê para adoção.

A turma está pronta para a formatura do colegial e Liz começa a ter premonições, onde cada um da turma é morto. Sabendo que os agentes do governo estão chegando perto da verdade, os alienígenas decidem que será melhor deixar Roswell. Max pede Liz em casamento, Maria está confusa entre ficar e ir com Michael, e Isabel e Jesse estão sofrendo com a iminente separação. Com agentes na cerimônia, os alienígenas escapam do auditório. Quando todos se encontram, Maria e Jesse vão até lá se recusando a serem deixados para trás, mas Jesse não vai, pois Isabel não deixa, então os outros deixam Roswell.