C'est le début du second semestre et, sur le chemin de l'école, Tsubasa rencontre Mayoi. Elle lui dit revenir de chez Koyomi, où elle a oublié son sac mais ne pouvait pas le récupérer puisqu'il n'était pas chez lui. Plus tard, Tsubasa voit un énorme tigre blanc qui passe à côté d'elle, elle décide d'en parler à Hitagi une fois arrivée à l'école. Elle lui conseille d'en parler à Koyomi, qui est sans doute le plus apte à les aider. C'est alors que toutes deux remarquent de la fumée au loin, il s'agit de la maison de Tsubasa qui a pris feu...

Puisque ses parents n'ont toujours pas d'endroit où vivre, Tsubasa reste chez Hitagi. Cependant, les récents évènements ont eu un tel impact sur Tsubasa que le Chat Nuisible la possède à nouveau. D'après lui, celui qui a causé l'incendie serait le tigre blanc, qu'il décide de confronter.

Hitagi démontre à Tsubasa que malgré leur ressemblance sur leur volonté d'aider, elle est différente de Koyomi en tout point, notamment sur le fait qu'elle est naïve au point de penser que personne ne peut l'approcher avec de mauvaises intentions. Le jour même, Suruga reçoit un message de Koyomi lui demandant de la voir le soir même, dans une école abandonnée. Plus tard, Tsubasa redevient possédée par le Chat, qui se retrouve face à face à Shinobu.

Tsubasa Hanekawa a été invitée par Hitagi à séjourner chez Koyomi. Après y avoir passé la nuit, elle comprend qu'elle était à nouveau possédée. Elle va essayer de confronter le tigre d'elle même car elle seule est capable régler ses problèmes, d'après Gaen et Episode.

Tsubasa écrit une lettre à son autre personnalité : Black Hanekawa. Elle découvre ensuite la véritable identité du "Tigre Tyran".

Le 20 Août, Koyomi Araragi part de chez lui afin de rendre à Mayoi Hachikuji quelque chose qu'elle a oublié, il heurte la jeune shikigami Yotsugi Ononoki. Il finit par lui acheter une sucette mais ne retrouve toujours pas Mayoi. Une fois rentré, il se rend compte qu'il a oublié de faire ses devoirs dus au lendemain, le jour d'ouverture du trimestre.

En retournant au présent, Koyomi et Shinobu retrouvent une ville déserte, ils comprennent vite qu'il s'agit d'une conséquence directe du sauvetage de Mayoi dans le passé. En regardant la date du journal le plus récent, ils arrivent à la conclusion que quelque chose de grave est arrivé lors des évènements de "Tsubasa Cat", ils retournent donc au sanctuaire pour trouver un moyen de revenir dans le passé.

Une femme semble chasser les morts-vivants en leur jetant du riz. Admiratif et content, Koyomi apprend qu'il s'agit ni plus ni moins d'une Mayoi qui a pu grandir. Il prétend ne pas la connaître et se présentent à leur tour. Mayoi reconnaît son nom et lui donne une lettre venant de l'homme lui ayant appris la technique du riz. L'homme n'était autre que Oshino, qui a compris ce qu'a fait Koyomi. En lisant la lettre, Koyomi et Shinobu apprennent qu'en voyageant dans le temps, ils ont voyagé dans une chronologie totalement différente.

Complètement transformée en singularité, Nadeko confronte Shinobu ainsi que Koyomi qui l'attaque avec l'intention de la tuer, jalouse de leur relation, elle poignarde le cœur de Koyomi.

Après avoir menti à Koyomi en lui disant qu'elle imaginait juste des choses, Nadeko décide d'aider Kuchinawa à retrouver son corps perdu, il est d'accord qu'elle aille à l'école comme d'habitude en recherchant son corps durant la nuit. Plus tard dans la nuit, elle est retrouvée par Koyomi qui la ramène chez lui, les parents de Nadeko ne la retrouvaient pas, ils ont alors appelé Tsukihi, qui a menti en disant qu'elle dormait bien chez les Araragi.

Nadeko se réveille en compagnie de Tsukihi, qui s'est incrustée dans le lit de son frère afin de dormir avec elle. À cette occasion, Nadeko se confesse en lui disant qu'elle a toujours été amoureuse de Koyomi mais elle réalise que ses sentiments ne sont qu'un prétexte pour rejeter les garçons lui demandant de sortir avec. Tsukihi lui coupe alors sa frange, lui affirmant qu'elle lui fait une faveur.

Malgré les avertissements que Koyomi lui a fait, Nadeko avale le talisman et ressuscite Kuchinawa après que Shinobu l'ait réprimandée d'avoir joué la victime encore une fois. L'histoire prend un autre tournant lorsque Nadeko confronte Koyomi et Shinobu au temple abandonné, il est alors révélé qu'elle les a tous deux battus.

Après être revenu de son voyage dans le temps, Koyomi rentre chez lui et rencontre Mayoi qui retourne enfin son sac. Ils croisent soudainement un être mystérieux qui commence à les pourchasser.

Shinobu révèle que durant sa première visite du Japon il y a 400 ans, elle a sauvé le peuple local d'une sévère sécheresse par accident, elle fut ainsi vénérée comme une déesse par celui-ci. Elle a donc passé ses prochaines années à vivre telle une déesse au Japon jusqu'à ce que tous les villageois disparaissent mystérieusement, jusqu'à ce qu'il ne reste que Shinobu et un chasseur de démons qu'elle s'est faite comme ami.

Après que Shinobu a raconté son histoire à Koyomi, ils se rendent compte que Yotsugi écoutait toute leur conversation et, après que Mayoi se réveille, ils commencent à discuter de comment s'occuper d'un être sombre avant qu'il n'apparaisse devant eux. Koyomi, Mayoi et Yotsugi réussissent à s'échapper de nouveau, mais Koyomi est inconscient après avoir subi le choc du saut que Yotsugi.

En échange de son aide, Gaen demande trois requêtes à Koyomi, toutes connectées à Suruga Kanbaru, anciennement connue sous le nom de Suruga Gaen. Izuko révèle être sa tante mais ne veut pas être présentée comme telle auprès d'elle afin de ne pas bouleverser ses sentiments. Quand Koyomi accepte, elle démontre les véritables motivations des ténèbres, une manifestation d'un ordre naturel, des moyens de détruire les singularités qui ne se comportent pas comme elles le devraient, dans ce cas précis, il ne s'agit pas de Shinobu, mais de Mayoi.

Au Nouvel An, Kaiki reçoit un appel d'Hitagi lui demandant ses services. Après lui avoir affirmé être à Okinawa dans le but de la secouer, Hitagi lui dit prendre un vol pour l'y rejoindre, le forçant à faire de même afin d'éviter à son mensonge d'être révélé, évitant ainsi de se faire tuer par Hitagi.

À la grande surprise d'Hitagi, Kaiki décide de l'aider pour la modique somme de 100 000 yens. Ils quittent tous deux Okinawa par vols séparés afin de ne pas éveiller les soupçons. Se présentant comme le père d'une des camarades de classe de Nadeko, Kaiki s'infiltre chez cette dernière afin d'y trouver des indices.

De retour du sanctuaire du serpent, Kaiki demande à Hitagi de le revoir, ils finissent au restaurant de Mister Donut. Il affirme qu'il lui sera facile de tromper Nadeko dans son état actuel puisqu'elle ne peut douter de personne, elle est encore plus enfantine que dans son ancien état d'humaine, elle est donc incapable de déceler une mauvaise intention.

Kaiki retourne dans sa chambre d'hôtel et retrouve une enveloppe avec un message anonyme lui disant de se retirer. Après l'avoir déchirée et jetée aux toilettes, il contacte Hitagi pour lui raconter l'incident qu'il s'est passé entre Gaen et Yotsugi.

Kaiki apprend de Tsubasa que des étranges phénomènes se passent en ville et ce, avant même que Shinobu n'arrive. À cause de cela, Gaen prévoyait de la faire devenir la nouvelle déesse du Sanctuaire.

Kaiki se rend compte qu'il n'a pas réussi à tromper Nadeko car elle ne lui a jamais fait confiance puisqu'elle a déjà été trompée par Ougi qui, en prenant le charme, est devenu un dieu.