Lors du mois d'octobre, au cours de troisième année au lycée, Koyomi Araragi est présenté à une nouvelle étudiante transférée, du nom d'Ougi Oshino. Elle lui raconte qu'elle doit voir quelque chose avec lui. Cela révèle un conte qui met la lumière sur ce qui "constitue" Koyomi Araragi.

En conséquence de la veille, Araragi, sur le point de rentrer dans sa salle de classe, croise Hanekawa qui l'informe qu'un étudiant absent toute l'année est enfin revenu. L'histoire retourne davantage dans le passé et dévoile ce que fait Koyomi.

En redécouvrant la salle du second étage de la maison en ruine, Koyomi raconte à Ougi ce qui s'est passé ici, il y a cinq ans.

Hanekawa révèle ses inquiétudes au sujet d'Ougi pendant qu'elle se rend chez Oikura avec Araragi.

Araragi et Hanekawa se rendent chez Oikura et apprennent la douloureuse histoire entourant le passé de sa famille.

Ougi affirme avoir trouvé où se trouve la mère d'Oikura et, à sa manière, aide Koyomi et Hanekawa à résoudre le mystère.

Koyomi attend dans les ruines de la classe préparatoire pour demander à Suruga son aide, une demande qu'il espère être refusée.

Après un départ en vitesse de la classe préparatoire en ruine, Koyomi et Suruga se rendent vers le lieu de rendez-vous tout en rencontrant des difficultés sur le chemin.

Enfin arrivés au lieu du rendez-vous, Koyomi et Suruga retrouvent une personne inattendue les attendant. Avant que la réunion puisse commencer, ils doivent faire face à un ennemi inattendu.

Le groupe finit au Sanctuaire du Serpent où se trouve Izuko Gaen. Elle va leur raconter l'histoire de ce lieu et l'effet qu'a causé le premier sous-fifre de Shinobu.

Koyomi se retrouve face au premier sous-fifre de Shinobu, le premier tueur de singularité. Cependant, au lieu de commencer un combat face à Araragi, le samouraï lui fait une simple demande.

Alors que Koyomi se prépare pour son duel, il apprend la crise dans laquelle se trouve Hanekawa. Il doit donc décider dans quel combat il devrait participer.