5月末、暦は一学年下の女子生徒である神原駿河からストーキングされていた。弱小バスケ部を全国大会に導いた校内一のスターである彼女が何故、暦につきまとうのか。

駿河が暦につきまとう理由は、ヴァルハラコンビを組んでいた中学時代の先輩であるひたぎへの想いにあった。そしてそれは同時に、怪異を呼び込む原因ともなっていた。

駿河の想いを聞いた暦は、彼女に取り憑いた怪異を払うため、メメの元を訪ねる。しかし、駿河を助けたいという暦に対して、メメは残酷な事実を話し始める。

暦は、メメから町はずれの神社にお札を貼ってくるよう依頼された。駿河とともに神社へ向かう暦だが、境内で見たものは、五等分に切断された何匹もの蛇の死体だった。

神社で暦とすれ違った不審な少女、千石撫子。妹の同級生で、暦とも面識があった。蛇の呪いをかけられた彼女を救うため、メメの力を借りる暦だった。

神原駿河の家へ向かう阿良々木暦と火憐。その道中、京都弁で喋る女性に呼び止められる。

神原駿河の家へ向かう阿良々木暦と火憐。

その道中、関西弁の女陰陽師、影縫余弦に呼び止められる。

いつもジャージ姿の阿良々木火憐が女の子ぽい姿で阿良々木暦の前に現れ、頼み事を相談する。

ゴールデンウィーク初日の朝。阿良々木暦は、頬に怪我をしている羽川翼と出会う。羽川家の事情について知ることになったが、このことは誰にも言わないでほしい、と翼に懇願されてしまう。

忍野メメを訪ねた暦。今日翼と一緒に、車に轢かれた「猫」を埋葬してやったことを話すと、メメから今すぐ羽川の無事を確認してくるよう言われる。不思議に思いながら羽川の家を訪ねようとすると、その途中にいたのは……。

羽川家を訪れ、その異様な光景に逃げるように後を去る暦。その後、障り猫が次々に人を襲っているという噂が世に広まる中、再び障り猫に対峙した暦はついにその目的を知る。

障り猫に「邪魔をするな」と忠告を受けた暦だが、羽川翼を助けるためある行動に出る。そして、妖刀『心渡』と秘策を携え、障り猫との直接対決に向かった。

２学期初日、羽川翼は通学路で八九寺真宵に出会った。その直後に巨大な虎の怪異を目撃すると自宅が火事で全焼してしまう。

戦場ヶ原ひたぎは帰る家を失った羽川翼を自宅に泊めてくれた。翼はひたぎの作った食事を摂り、ひたぎと共に目を覚ます。

羽川翼を神原駿河が訪ねてきて今晩、阿良々木暦に呼び出されていることを告げる。ひたぎの家へ帰宅した翼を意外な人物が迎えに来る。

戦場ヶ原ひたぎの便宜で阿良々木暦の家に身を寄せる羽川翼。暦の家で自分が昨晩「ブラック羽川」になっていた事に気付く。

虎の怪異「苛虎」の正体をつきとめた翼は、もう一人の自分である「ブラック羽川」に一通の長い手紙をしたためる。

11年前の5月13日にタイムスリップした阿良々木暦と忍野忍。暦は母の日に母親に会いに行こうとして交通事故に遭った八九寺真宵の運命を変えようと思い付く。

高校３年生の少年・阿良々木暦はある朝、階段を踏み外して落下してきた同級生・戦場ヶ原ひたぎの身体を、危険を承知で受け止めた。だが、抱きかかえた彼女は驚くほど軽く、まるで体重というものが存在しないかのようだった。

5人の少女の怪異にまつわる事件が解決した夏休み。正義の味方を自称する、阿良々木暦の危なっかしい二人の妹・火憐（かれん）と月火（つきひ）がトラブルに巻き込まれる。火憐が対峙する、「化物」ならぬ「偽物」とは？ 月火がその身に取り込んだ、吸血鬼をも凌駕する怪異とは？

忍とタイムスリップから戻った暦は途中で出会った八九寺真宵とともに帰宅し彼女に忘れ物のリュックを返す。その直後、二人は謎の「くらやみ」に襲われる。

「くらやみ」に襲われた暦と真宵は、斧乃木余接に助けられ逃げ込んだ学習塾跡の廃墟で忍を呼び出すと自身の４００年前のことを話し始める。

学習塾跡の廃墟で忍から昔の話を聞いた暦。そこへ余接が合流し、真宵も目を覚ましたが、その場に再び「くらやみ」が現れる。

暦たちは「くらやみ」から逃れて潜んでいた山から山中の村に立ち寄ったところで臥煙伊豆湖に出会う。伊豆湖から「くらやみ」について説明を受けるが意外な事実が判明した。

3年生に進級した神原駿河は忍野扇から、「願いを叶えてくれる悪魔様」の噂を聞かされる。悪魔様の正体を知るべく、会いに向かった駿河の前に現れたのは―――。

朝起きると、駿河の左腕は猿の手から人間の腕に戻っていた。困惑しながらも、喜びを感じている駿河の前に、詐欺師・貝木泥舟が現れる。

貝木からの情報で、再び沼地と会うことを決意した駿河。しかし、逆に蠟花の方が駿河の前に再び現れる。その時、彼女の左腕はかつての駿河のように包帯に巻かれていた。

不幸の蒐集家となった経緯を話す蠟花。さらに彼女は『悪魔』の蒐集を始めた経緯も駿河に語り始める。話が終わり別れる二人だが、その後、火憐から駿河に蠟花の新たな情報がもたらされ……。

体育館で相見える駿河と蠟花。『不幸の蒐集』と『悪魔の蒐集』を止めるべく、ある条件のもと駿河は蠟花にバスケットボールの試合を挑む。

受験勉強に追い込みをかける阿良々木暦は、小さいほうの妹、阿良々木月火と入浴していた。その時、暦は自らの体に現れた“見過ごすことのできない”変化に気付いてしまう―――。

暦は、現れ始めた変化の原因を探るべく、忍野忍の助言で影縫余弦・斧乃木余接との接触を図る。そこで判明した、これまでの報いとも言える変化の原因とは―――。

肉体の吸血鬼化が進行していた暦。斧乃木余接からは、これ以上吸血鬼の力を使わないよう忠告を受ける。だが、そんな時、火憐と月火の身に危険が迫り―――。

不死身の怪異の専門家・手折正弦（ておりただつる）にさらわれた火憐、月火、駿河。正弦の指示通り、北白蛇神社に向かう暦と余接は途中、後輩の少女、忍野扇と出会う。

暦が目を覚ましたとき、彼の前に現れたのは成仏したはずの八九寺真宵だった。真宵は自分たちがいるのは地獄の最下層、阿鼻地獄だと暦に伝える。なぜ自分が死ぬタイミングと落ちる地獄を、真宵が知っていたのかいぶかしむ暦。すると真宵は、自分はある人物の依頼で暦を迎えに来たと言い出すのだった。

真宵に案内された先で待っていたのは、かつて暦と敵対し、余接によって殺されたはずの専門家、手折正弦だった。驚き警戒する暦に対し、今は暦をねらう意志はないことを告げる正弦。さらに彼は、暦たちと相対して殺されることこそがあのときの自分の役割で、それはすべて、ここで暦に遭うためだったと語る。

どうにか志望大学の試験を終えて家に戻ってきた暦を、恋人・戦場ヶ原ひたぎが待ち構えていた。彼女は、受験勉強の期間中はまるでできていなかったデートを、明日すると暦に告げる。こうして、入学試験の翌日にして卒業式の前日である３月14日のホワイトデーに、２人はおよそ半年ぶりのデートをすることになった。

ひたぎとのデートで、暦はプラネタリウムを観賞していた。しかし気がつくとひたぎの姿はなく、暦の前にはただ忍野扇の姿だけがある。どうやら自分は演目の途中で眠ってしまい、夢を見ているのだと悟る暦。夢の中の扇は、プラネタリウムに表示された星座の中から、特に蛇にまつわるものをとりあげて語りだす。

暦は余接とともに浪白公園を訪れる。そこでは臥煙伊豆湖、忍、真宵が既に集まっていて、暦が来るのを待っていた。５人がそろったところでブリーフィングが始まり、伊豆湖は自らが立てた計画を話し始める。そして５人それぞれの目的をすべて果たすための条件として、真宵に対してとある提案を持ちかける。

怪異の専門家の元締めである伊豆湖は、扇が人間ではなく化物であると断じた。そう言われても釈然としない暦に、扇とは何者なのかについて語って聞かせる伊豆湖。正体不明である扇を退治するためには、その正体を暴けばいい。そして伊豆湖が語った扇の正体とは、暦がよく知る、意外な人物だった。

扇と対峙していた暦は、彼女が何者なのか、その正体を突きつける。伊豆湖の思惑どおり、道を踏み外した怪異を制裁する存在「くらやみ」が現れた。自らの消滅を悟りながら、いつも通りの薄笑いで言葉を紡ぎ続ける忍野扇。彼女に、暦が最後にかける言葉とは……。