A vida dos membros de NCIS estão em perigo quando elas ficam cara-a-cara com o assassino de Port-to-Port, o P2P. Consequências recai sobre NCIS e mudanças significativas são feitas.

Depois que novas provas revelam que o Port-to-Port killer se infiltrou na agência, as equipes de NCIS perseguem todas as pistas para rastreá-lo o mais rápido possível. NCIS está em alerta máximo quando alguém com laços pessoais com a equipe é a última vítima do P2P.

Quando o ex-parceiro de Tony, Danny Price, é encontrado morto e provavelmente ligado ao Port-to-Port killer, o P2P, Tony volta para seus dias como um detetive e Baltimore, e narra seu primeiro encontro com Gibbs, ocorrido 10 anos antes.

A equipe investiga um assassinato de uma tenente no Pentágono, que foi gravado por uma câmera de segurança. As complicações surgem quando o próprio assassino é encontrado morto em um acidente de carro dois dias antes. Além disso, Agente EJ Barrett tenta resolver o mistério dos olhos do episódio anterior com ajuda de Palmer quando descobre que o olho azul é capaz de abrir o MTAC quando digitalizado.

O corpo de um marinheiro é encontrado embrulhado em plástico e totalmente limpo, características de um serial killer conhecido como "Port-to-port". Vance cria uma força-tarefa para capturar o assassino, a nomeando de Barrett como o investigador principal. Ziva fica abalada qundo descobre que seu namorado Ray é uma ligação secreta da CIA com NCIS. Depois de vários impasses e da descoberta de uma outra vítima, o episódio termina com Ziva e DiNozzo em um bar, descobrindo um olho humano em um copo.

Um comandante da Marinha morre e deixa uma mensagem escrita com sangue para trás. Por isso, a equipe de NCIS liga a evidência a um manuscrito que contém informações que podem ser uma ameaça à segurança nacional.

Gibbs está confuso em relação à ordem de Vance para reexaminar um garoto acusado de matar seu pai, um fuzileiro aposentado.

O NCIS descobre que um de seus ex-assistentes, encontrado brutalmente esfaqueado, vendia informações sobre como roubar um depósito cheio de bens valiosos.

As pontas dos dedos e os dentes de um oficial assassinado são descobertos na bolsa de um ladrão, lançando o NCIS em uma missão para encontrar um criminoso com sangue frio.

Quando um fuzileiro morre para salvar o primeiro-ministro da Belgrávia de uma tentativa de assassinato, a equipe do NCIS recebe a missão de proteger a filha do ministro, que está estudando nos Estados Unidos, ao mesmo tempo em que investiga a morte do fuzileiro.

A equipe deve investigar a morte de um comandante da marinha encontrado baleado e morto em um navio. A equipe terá que passar por uma avaliação psicológica obrigatória, relembrando grandes momentos, alegres e tristes, e uma surpresa será revelada.

A equipe do NCIS devem localizar a família da vítima e seu assassino quando um fuzileiro é encontrado morto em seu quintal após ter sido agredido até a morte. McGee tem problemas com o roubo de identidade.

Uma sessão de recrutamento numa faculdade tem um final trágico, levando a equipe de NCIS a investigar o crime. Conhecemos o legista antecessor a Ducky, Dr. Magnus (Bob Newhart) que veio ao NCIS na esperança de reaver sua memória.

O assassinato de um oficial em um navio turístico coloca a equipe de NCIS numa caçada por seu assassino — Gibbs e o NCIS se juntam ao Serviço de Investigação da Costa para solucionar o assassinato de um marinheiro baleado em um navio turístico.

Quando um funcionário da Marinha que deveria testemunhar no julgamento de um assassinato desaparece de repente, a equipe de NCIS recebe e ajuda da polícia para encontrar a testemunha desaparecida. Tony enfrenta seus problemas.

Parte 2: Depois de ser atacado a “casa segura”, a equipe procura respostas e o Diretor Vance, com risco de morte, tem um flashback de sua primeira missão em Amsterdã.

Parte 1: O pai de Ziva participa de uma conferência do NCIS e a equipe recebe a missão de protegê-lo. Porém, a visita ainda reserva algumas surpresas.

A equipe fica surpresa quando Gibbs pede que o pai de Tony se junte a eles durante a investigação de um assassinato.

Abby fica obcecada com a investigação do assassinato de um cientista da marinha e o resto da equipe se preocupa com ela. O novo amor de Tony traz dores de cabeças a ele.

A equipe investiga a morte de um DJ de rádio e um oficial da marinha que foram mortos durante uma transmissão. O trabalho é dificultado pela descoberta de diversos suspeitos.

A equipe se envolve em um incidente internacional quando investigam o assassinato de um oficial americano cujo corpo foi encontrado em um navio britânico.

A equipe do NCIS trabalha com o FBI quando descobre que uma especialista em bombas está envolvida em um assassinato.

A equipe do NCIS deve encontrar uma garota que foi sequestrada, mas a investigação revela algo a mais quando o avô dela se envolve demais.

Os membros da equipe do NCIS são o alvo de Paloma Reynosa, que está tentando se vingar de Gibbs.