Der Kampf gegen Caster am Mion dauert weiter an und die Lage für die übrigen Heldengeister wird immer aussichtsloser, da sich Casters Dämonenform immer wieder regenerieren kann.

Archer und Berserker liefern sich eine intensive Schlacht in den Wolken, während am Boden Rider und Saber sich aus dem Kampf gegen Caster zurückziehen um ihre Strategie zu überdenken...

Alle Magier sollen mit einem weiteren Befehlszauber für ihren Kampf gegen Caster belohnt werden. Kayneth wird als erster belohnt, sieht aber überhaupt nicht ein, warum die anderen Magier ebenfalls eine Belohnung erhalten sollen und greift hart durch.

Flashback ... Vor vielen Jahren lebte der junge Kiritsugu mit seinem Vater Noritaka auf einer Insel auf den Philippinen. Dieser erforscht das Thema anhand von Pflanzen. Eines Tages läuft ein Experiment aus dem Ruder...

Seit dem Zwischenfall auf den Philippinen lebt Kiritsugu bei Natalia, welche ihn als Söldner ausbildet. Eines Tages bekommen die beiden einen Auftrag der ihr Leben verändern wird...

Saber sucht die Auseinandersetzung mit Rider und Kiritsugu macht sich auf, um Tokiomi auszuschalten.

Rider verliert im Kampf mit Saber seinen Streitwagen. Kiritsugu foltert Kariyas Bruder und erfährt so, wer wirklich hinter dem verschwinden seiner Frau steckt.

Waver entdeckt, dass die Mackenzies, bei denen er untergekommen ist, begriffen haben, dass er nicht ihr echter Enkel ist. In Casters Versteck verhöhrt Kirei in der Zwischenzeit Irisviel.

Der finale Showdown rückt unaufhaltsam näher ... Saber wird von Berserker angegriffen und Rider bekommt es mit Archer zu tun.

Der Kampf um den Gral findet seinen Höhepunkt. Wer wird triumphieren und welches Schicksal wird sich für den Sieger und die Menschheit ergeben?

Der Gralskrieg ist beendet, weite Teile der Stadt sind zerstört und die Überlebenden lecken ihre Wunden ... Doch ist diese Ende nicht nur der Anfang von etwas Neuem?