Apesar da derrota de Quinella - o pontifex da Igreja Axiom - as coisas ainda não pareciam se acalmar. Ao entrar em contato com o mundo real, Kazuto "Kirito" Kirigaya descobre que a Tartaruga Oceânica - um mega flutuador controlado por Rath - foi invadida. Devido a um repentino curto-circuito causado pelos invasores, a luz de flutuação de Kirito é danificada, deixando-o em coma. Sentindo-se insegura com as pessoas na Igreja Axioma, Alice leva o Kirito inconsciente de volta à sua cidade natal - Rulid Village, desconsiderando seu banimento devido a um crime não resolvido. Agora, Alice está vivendo uma vida comum e pacífica perto da vila, desejando que Kirito acorde. No entanto, a tragédia ocorre quando Alice percebe que o Território das Trevas já começou a invadir o Império Humano. Reassumindo seu apelido anterior, Alice Synthesis Thirty, ela promete derrotar o Território das Trevas, a fim de defender o mundo que Kirito e Eugeo trabalharam tanto para proteger.