많은 희생자를 냈던 소드 아트 온라인 사건으로부터 1년이 지난 지금. 또다시 가상 세계와 관련된 살인 사건이 발생한다. 키쿠오카는 키리토를 불러 게임 내에서의 죽음이 현실의 죽음으로 이어지는 “데스건 사건”에 대해 조사해 달라고 의뢰하는데...

팀의 작전에 따라 오늘도 몬스터만 잡는 스쿼드론을 노리게 된 시논.

그러나 상대방 일행 중에는 수수께끼의 망토남이 포함되어있었으니…

시노가 총에 관한 트라우마를 가지고 있다는 걸 알고, 친구들은 그 사실을 이용해 시노를 편리하게 써먹기 시작한다. 그리고 그날도 어김없이 시노에게 돈을 요구하고 있었는데...

처음 GGO에 접속한 키리토의 눈앞에 펼쳐진 것은 잿빛 도시였다. 그리고 컨버트한 아바타는 왠지 여자 같아서 가는 곳마다 주목을 받게 되는데... 일단 키리토는 BoB에 참여하고자 지나가던 한 플레이어에게 말을 건다.

키리토의 기지로 시논과 키리토는 아슬아슬하게 BoB 참가 신청을 마친다. 그러나 긴장을 풀 찰나도 없이 시논은 키리토의 진짜 성별을 알게 되고 깜짝 놀라게 되는데...

키리토는 되살아난 옛 악몽 때문에 공황상태에 빠진다. 하지만 속사정을 모르는 시논은 그런 키리토가 이상해 보이기만 했다. 이윽고 결승에서 만난 둘. 그런데 키리토는 만반의 저격 태세를 갖춘 시논 앞에 무방비로 모습을 드러내고...

불릿 오브 불리츠 예선 토너먼트에서 조별 우승을 차지한 키리토는 GGO에서 나와 스구하와 잠시동안의 평화로운 현실의 일상을 보낸다. 한편 시노는 GGO에서 만났던 키리토가 여전히 못마땅 했는데...

시논은 키리토에게도 깊은 사연이 있다는 것을 어렴풋이 눈치채지만 그럼에도 승부욕을 불태운다. 드디어 시작된 BOB 본선, 시논은 가뿐히 한 명을 잡아내고 이번에는 어부지리를 노린다. 그런데 갑자기 키리토가 나타나서는 상대방의 싸움이 끝날 때까지 기다려 달라고 사정하는데...

데스 건은 시논의 저격을 가볍게 피한 후 다시 유유히 사라진다. 키리토와 시논은 데스 건을 쫓아 강을 따라 도시 폐허 지대로 이동하고... 데스 건으로 유력한 총사 X의 위치를 확인한 후 협공을 준비한다.

시논은 데스 건에게 예상치 못한 기습을 당하지만 키리토 덕분에 무사할 수 있었다. 가까스로 데스 건을 따돌린 둘은 동굴에 몸을 숨기는데... 하지만 죽음의 공포를 체험한 시논은 현실 이상으로 나약해지고 만다.

사막 동굴 안에 몸을 숨긴 키리토와 시논은 데스 건의 이해하기 힘든 행동들을 되짚는다. 이윽고 둘은 그 요소들이 가리키는 하나의 결론에 도달하게 되는데... 그 결론은 모든 의문을 해소해줌과 동시에 바로 옆에까지 다가와 있는 공포까지 깨닫게 만들었다.

키리토는 확인된 생존자 외에도 한 명이 더 남아있다는 점에서 무언가를 놓치고 있다는 느낌을 받는다. 하지만 일단은 근처까지 접근해 있는 야미카제와 데스 건에 집중하기로 하는데... 저 멀리 데스 건의 저격에 담긴 살기를 느끼면서 동시에 그날의 기억의 파편을 되찾게 된다.

키리토는 싸우면서도 데스 건의 정체를 떠올리기 위해 필사적으로 기억을 되짚는다. 그리고 어디에선가 보았던 붉은 눈에 대한 기억이 되살아나는 순간... 시논의 엄호사격 덕분에 데스 건의 맹공에 잠깐의 빈틈이 생긴다!

집으로 달려온 키리토 덕분에 시논은 죽음의 문턱에서 벗어날 수 있었다. 그로부터 며칠 후, 키리토와 시논은 키쿠오카를 만난 후 어떤 카페로 향하는데... 시논은 거기에서 의외의 인물과 만나게 된다.

한 해가 저물어가는 12월 말 어느 날, 키리토는 ALO에서 엑스칼리버가 발견되었다는 소식을 접한다. 하지만 사실 그 엑스칼리버는 몇 달 전에 이미 키리토와 리파가 점찍어 둔 상태였는데... 다른 플레이어들이 선수칠까 걱정된 키리토는 멤버들을 불러서 엑스칼리버가 숨겨져 있는 던전을 공략하기로 한다.

키리토 일행은 천신만고 끝에 라스트 보스 스림이 있는 4층 앞까지 다다른다. 그런데 4층 도착 직전, 얼음감옥에 갇힌 NPC를 구해주게 되는데... 그 NPC 프레이야에게서는 왠지 수상한 느낌이 들었다.

키리토의 파티는 라스트 보스 스림 앞에서 고전에 고전을 거듭했다. 이를 보다 못한 프레이야는 일족의 보물만이 유일한 희망이라고 말하는데... 보물 더미에서 가까스로 찾아낸 프레이야의 일족의 보물은 황금빛 망치였다.

신 아인크라드에서 되찾은 키리토와 아스나의 통나무집은 멤버들의 새로운 휴식처가 되었다. 거기에서 평온한 한때를 보내던 멤버들은 문득 소문 이야기를 꺼내는데... 그건 키리토마저도 이기지 못한 절검으로 불리는 강자에 대한 이야기였다.

아스나는 전학을 추진하는 엄마와 크게 다투고 자신의 무력함에 눈물짓는다. 그리고 다음날, 절검과 대전하기 위해 멤버들과 함께 24층으로 향하는데... 절검의 이미지는 아스나의 상상과는 완전히 딴판이었다.

키리토의 도움으로 보스방에 도착하게 된 아스나와 슬리핑 나이츠 멤버들. 아스나는 랜덤 패턴인 줄 알았던 보스 몬스터의 방어 행동을 보고 뭔가를 알아낸 듯한데…

아스나 앞에서 자취를 감춘 유우키, 그리고 자기들을 잊어달라는 시우네의 마지막 말. 아스나는 왜 이렇게 작별해야 하는지 도저히 이해할 수 없었는데... 갑작스러운 작별에 힘들어하는 아스나에게 키리토는 한 병원을 알려준다.

키리토의 도움으로 계속 가고 싶었던 학교에 가게 된 유우키. 그리고 이를 지켜보는 아스나 또한 뿌듯함을 느끼고 있었다. 그런데 아스나가 학교 안내를 마치자 유우키는 어딘가에 가고 싶다고 하는데...

행복했던 잠깐의 시간들. 하지만 예정된 작별은 기어이 찾아오고 만다. 유우키가 위독하다는 연락을 받은 아스나는 한달음에 병원으로 달려가고... 마지막 작별인사를 위해 둘은 다시 가상세계로 다이브한다.