어린 키리토와 유지오에게는 강철같이 튼튼하고 거대한 나무인 기가스시더를 베는 것이 평생에 걸쳐 해야할 일이었다. 오늘도 거목을 베어 넘어뜨리기 위해 도끼질을 하던 중, 앨리스가 두 사람의 점심으로 파이를 들고 온다. 그리고 파이를 먹던 세 사람의 화제로 떠오른 것이 '한끝산맥'이었는데.

절체절명의 위기를 맞았던 키리토. 하지만 눈을 떠보니 판타지 게임 속이라고 생각되는, 본 적 없는 세상이 펼쳐져 있었다. 기억이 모호해 일단 로그아웃을 시도해보지만 현실 세계로 돌아가지지는 않았다. 일단 길을 걷던 키리토의 앞에 거대한 나무가 나타났고, 나무 옆에는 한 소년이 서있었다. 그리고 그 소년은 유지오라고 자신을 소개했는데.

중앙도시로 떠나기로 결심한 키리토. 그러기 위해서는 유지오의 도움이 필요했고, 천직에서 해방시키기 위해 기가스시더를 베어내기로 결정한다. 교대로 도끼를 휘두르던 중, 도끼보다 더 강한 것을 찾는 키리토를 본 유지오는 북쪽 동굴에서 가져온 청장미검을 가져오는데.

세르카가 혼자서 한끝산맥으로 향한 걸 알고 서둘러 뒤쫓는 키리토와 유지오. 하지만 동굴 안에는 다크 테리토리에서 넘어온 고블린들이 잔뜩 있었고, 곧바로 검을 쥔 키리토와는 달리 살면서 처음 어둠의 나라의 생물을 본 유지오는 굳어버린다. 고블린과 맞서 싸우던 중 상처를 입은 키리토는 가상세계임에도 현실과 같은 고통에 의문을 품는데.

언더월드에서 중앙도시로 향한 키리토. 하지만 현실세계의 키리토는 의식불명 상태였고, 키쿠오카의 제안으로 설비가 좋은 병원으로 옮겨졌다. 이에 아스나와 스구하가 키리토의 병문안을 갔지만 회복할 때까지 면회가 허용되지 않는다는 말만 듣게 된다. 의구심을 품은 아스나는 키리토가 아르바이트를 하는 곳, 즉 소울 트랜스레이터의 연구를 하는 라스에 있는 것이 아닌가 하는 추측을 하는데.

라스의 연구시설인 오션 터틀에 잠입해 들어간 아스나. 키리토의 안위가 걱정된 아스나는 키쿠오카에게 세세하게 쏘아붙인다. 이에 키쿠오카는 키리토는 오션 터틀 안에 있는 소울 트랜스레이터로 치료를 받고 있다고 밝히는데.

키리토와 유지오가 루리드 마을을 나오고 2년. 두 사람은 그들의 목표였던 북 센트리아 수검학원에 들어갔고, 키리토는 솔티리나의 보좌를 맡고 있었다. 수련에 수련을 거듭하며 훈련에 매진하고 있었지만, 수련이 금지된 안식일마저 어떻게든 검을 잡으려 하는 키리토였는데.

수검학원의 수석인 월로와 진검으로 승부하게 된 키리토. 관중들의 호기심, 솔티리나의 걱정 속에서 승부는 시작되었다. 처음부터 비기를 사용하는 월로를 상대로 연속 기술 세로 베기 4연격 버티컬 스퀘어로 승부를 보려 하는 키리토였는데.

키리토와 함께 상급수검사가 된 유지오는 자신의 검에는 무엇을 담을지 고민에 빠진다. 그때, 학원 수석 라이오스와 차석 운벨이 유지오를 도발하고 이에 유지오는 그들의 힘을 한번 파악해보려 그 도발에 응하는데.

키리토와 유지오의 보좌인 로니에와 티제가 와야 할 시간에 오지 않고 모습을 보이지 않는다. 이에 걱정된 키리토는 창가로 나가 초등연사동으로 향했고, 유지오는 계속 방에서 기다리기로 한다. 시간이 얼마 지나지 않아 노크 소리가 들렸고 안도한 유지오가 문을 열자 그곳엔 두 사람이 아닌 프레니카가 있었는데.

금기목록을 위반한 죄인이 된 키리토와 유지오의 앞에 나타난 것은 바로 정합기사가 된 앨리스 신서시스 서티였다. 분명 어린 시절 친구인 앨리스가 맞는데 앨리스에겐 둘과 함께 지낸 기억이 없고 냉정한 태도를 취해, 전혀 다른 사람 같았다. 그리고 유지오와 키리토는 센트럴 커시드럴에 있는 지하 감옥에 수감되는데.

지하 감옥 탈출에 성공한 키리토와 유지오의 앞에 앨리스의 명령으로 대기하던 엘드리에 신서시스 서티원이 나타났다. 이에 키리토가 엘드리에의 공격을 어떻게든 막는 동안, 그 틈을 타서 유지오가 공격하는 작전을 짠 두 사람이었는데.

센트럴 커시드럴 속 도서실에서 숨어사는 소녀인 카디널에게 도움 받은 키리토와 유지오. 카디널의 정체는 가상 세계 언더월드의 질서 유지가 존재 목적인 자율형 프로그램이었다. 카디널은 어드미니스트레이터의 과거를 시작으로 공리교회와 금기목록이 생긴 계기에 대해 키리토에게 얘기하는데.

센트럴 커시드럴의 꼭대기로 향하던 키리토와 유지오는 중간에 무기보관소에 들려 본인들의 무기를 되찾는다. 하지만 그런 그들의 앞에 정합기사 듀솔버트 신서시스 세븐이 나타났는데.

센트럴 커시드럴을 올라가던 키리토와 유지오의 앞에 리넬과 피젤이 나타났다. 왜 아이들이 있는 건지 의문을 품은 두 사람은 그만 정합기사인 걸 숨기고 있던 리넬과 피젤의 칼에 찔리고 마는데.

만신창이가 된 몸으로 어떻게든 완전 지배술을 영창해 정합기사 파나티오에게서 승리를 거머쥔 키리토. 다시금 센트럴 커시드럴의 꼭대기를 향해 걸어 올라가던 키리토와 유지오의 앞에 승강기가 나타났다. 그 승강기를 타고 80층 구름 정원에 도착했고, 그곳에서 두 사람을 기다리던 사람은 바로 정합기사 앨리스 신서시스 서티였는데.

구름 정원에서 대결을 하던 키리토와 앨리스. 하지만 두 사람의 완전 지배술이 서로 부딪히자 벽이 부서져 그대로 바깥으로 빨려 나가버린다. 키리토는 재빨리 벽의 틈 사이에 검을 꽂아 추락을 면했고, 앨리스도 붙들었다. 그 와중에도 두 사람은 서로의 신념을 굽히지 않고 의견을 부딪는데.

센트럴 커시드럴의 90층에 도착한 유지오. 90층은 뜨거운 증기로 가득찬 욕탕이었고, 곧이어 유지오는 뜨거운 물에 몸을 담그고 있는 정합기사장을 발견한다. 그 정합기사장의 이름은 바로 베르쿨리 신서시스 원. 한편, 키리토는 앨리스와 함께 다시 벽을 오를 준비를 하고 있었는데.

앨리스는 모르는 그녀의 과거를 말하자 태도가 바뀐 앨리스를 본 키리토. 그것을 본 키리토는 마음을 다잡고 앨리스에게 정합기사의 진실을 밝히고, 앨리스의 과거에 대해 말한다. 크게 동요한 앨리스였지만 키리토의 이야기를 진실이라 납득하고 인정한 순간, 앨리스의 눈에 변화가 생겼는데.

오른쪽 눈의 봉인을 푼 앨리스와 함께 90층 대욕탕으로 향한 키리토. 그곳에는 유지오의 무장 완전 지배술의 흔적이 남아있었고, 듀델킨의 술식으로 돌이 되어버린 기사장 베르쿨리가 있었다. 돌이 되어버린 스승의 모습에 눈물을 흘리던 앨리스는 베르쿨리가 미약하게나마 의식을 되찾는 것을 발견하는데.

키리토와 앨리스의 앞에 나타난 것은 정합기사가 되어버린 유지오였다. 동요하는 것도 잠깐, 전력으로 유지오와 싸우기로 결심한 키리토였는데.

술법을 써 화염의 거인을 만들어 낸 듀델킨. 화염의 거인은 실체가 없어 공격해도 파괴할 수가 없었다. 이에 앨리스가 화염의 거인을 상대로 방어하는 사이 키리토와 유지오가 듀델킨의 본체를 공격하기로 하는데.

수백 년간 이어져 온 악연을 끊기 위해 어드미니스트레이터의 앞에 나타난 카디널. 하지만 쓰러트렸을 터인 어드미니스트레이터의 소드 골렘이 다시 일어났고, 카디널은 어드미니스트레이터에게 어느 제안을 하는데.

단 둘만 남게 된 키리토와 어드미니스트레이터. 정면승부에 나선 키리토였지만 모든 정합기사의 기억을 빼앗은 어드미니스트레이터는 키리토의 공격을 전부 막아내는데.