Kirito, junto com seu amigo de infância, Eugeo, foi incumbido de cortar uma árvore colossal chamada Gigas Cedar. Eles estão balançando o machado quando sua amiga Alice chega com o almoço. Enquanto comem, os três amigos decidem ir para uma caverna lendária.

Kirito acorda e percebe que está num mundo misterioso ambientado como num jogo de fantasia. Suas memórias estão embaralhadas e ele não consegue deslogar para voltar para o mundo real. Depois de andar sem rumo, ele se encontra debaixo de uma árvore colossal.

Kirito também decide partir na viagem para Centoria. Como ele precisará da ajuda de Eugeo, ele resolve ajudá-lo a derrubar o Cedro Gigas. Enquanto isso, a irmã mais nova de Alice, Selka, se preocupa com Eugeo e se abre com Kirito sobre o que a aflige.

Kirito e Eugeo percebem que Selka partiu para as Montanhas do Fim sozinha e decidem ir atrás dela. Ao entrar na caverna, eles encontram goblins, possivelmente do Território Negro, e entram em combate.

No mundo real, Kazuto Kirigaya permanece inconsciente. A pedido de Kikuoka, Kazuto é levado para um hospital melhor equipado, mas quando Asuna e Suguha tentam visitá-lo, elas são recusadas. Em dúvidas, Asuna e as outras tentam descobrir mais sobre a Rath.

Asuna se infiltra na Rath, o laboratório de pesquisa na Ocean Turtle, onde ela faz Kikuoka se explicar sobre o paradeiro de Kazuto. Kikuoka revela o objetivo grandioso por trás do desenvolvimento do Soul Translator.

Dois anos se passaram desde que Kirito e Eugeo deixaram o vilarejo de Rulid. Na capital, Centoria, ambos conseguiram seu objetivo de entrar para a Academia de Espada Imperial do Norte de Centoria.

Kirito se vê num duelo com espadas reais contra o Discípulo de Elite Volo Levantein. Com a multidão observando os dois e Sortiliena encorajando Kirito, o duelo começa.

Após se tornar um Discípulo de Elite com Kirito, Eugeo se vê na dúvida sobre o que infundir na sua espada para ficar mais forte. Após sofrer uma provocação vinda de Raios e Humbert, ele resolve aceitar um pedido de Humbert para eles duelarem.

Ronie e Tiese demoram para chegar no dormitório. Kirito sai para procurá-las, mas assim que ele sai, Frenica chega. Ela diz para Eugeo o quanto vem sofrendo nas mãos de Humbert e que Tiese e Ronie foram confrontá-lo a respeito disso.

Kirito e Eugeo são agora considerados criminosos por violarem o código de tabus e são presos na prisão subterrânea da Catedral Central. Enquanto isso, na Ocean Turtle, Asuna vê Kazuto continuar o seu tratamento.

Kirito e Eugeo escapam de sua cela, mas acabam encontrando Eldrie Synthesis Thirty-One, que foi ordenado por Alice para aguardar por eles. Os dois sofrem enfrentando ele, até que Eugeo se lembrar de onde conhecia Eldrie...

Kirito e Eugeo foram resgatados por Cardinal, uma jovem garota que se isolou dentro da biblioteca da Catedral Central. Cardinal explica para Kirito como a Igreja do Axioma e o Código de Tabus passaram a existir, começando pelo passado da Administrator.

Depois de Cardinal confiar o destino do mundo nas mãos de Kirito e Eugeo, eles seguem para o andar superior da Catedral Central. Eles encontram as espadas que haviam sido tomadas deles, mas acabam sendo atacados pelo Cavaleiro da Integridade Deusolbert Synthesis Seven.

Kirito e Eugeo seguem subindo as escadas da Catedral Central, quando encontram duas garotas chamadas Linel e Fizel. Ao tentarem descobrir o que as duas garotas estão fazendo ali, eles abaixam a guarda e...

Apesar de bastante ferido, Kirito consegue terminar sua luta. Seguindo no caminho até o andar superior da Catedral Central, Kirito e Eugeo se veem numa estranha plataforma flutuante...

Kirito e Alice estão pendurados fora da torre. Após uma conversa, conseguem se entender e estabelecer uma trégua temporária. É nesse momento que eles descobrem coisas inesperadas.

Eugeo chega ao nonagésimo andar da Catedral Central, que por acaso é uma grande banheira. Ele fica perplexo ao ver Bercouli Synthesis One tomando banho. Enquanto isso, Kirito e Alice seguem subindo as paredes da Catedral Central.

Vendo a reação de Alice ao mencionar o nome Selka, Kirito decide contar a verdade sobre os Cavaleiros da Integridade. Enquanto isso, depois de ficar inconsciente durante sua luta com Bercouli, Eugeo acorda no andar superior da Catedral Central.

Kirito e Alice chegam até o banheiro aberto no 90º andar. Lá eles encontram Bercouli, que foi transformado em pedra por Chudelkin. Alice cai em lágrimas ao ver seu mentor daquela forma, mas então...

No caminho de Kirito e Alice está Eugeo, que passou pelo Ritual de Síntese e se transformou num Cavaleiro da Integridade. Kirito fica chocado, até que Alice o motiva a lutar contra Eugeo com todas as suas forças.

No andar superior da Catedral Central, Kirito, Eugeo e Alice finalmente enfrentam Administrator. Mas Chudelkin usa suas artes sagradas para se transformar num palhaço gigante e atacar.

Cardinal aparece no andar superior da Catedral Central para enfrentar sua rival de 200 anos. Ela vai com intenção de deletar a Administrator, apenas para ver o golem de espadas se levantar novamente.

Levando as esperanças de Cardinal, Eugeo e Alice em seu coração, Kirito se levanta novamente e visualiza o Espadachim Negro, o melhor jogador a vencer o SAO. Pelo bem de todos que ele encontrou nesse mundo, Kirito enfrenta Administrator.

Seis meses se passaram desde a feroz batalha contra o Administrador. Alice trouxe Kirito para sua casa de infância, Rulid Village, onde eles vivem em paz. Olhando para o mundo que ela salvou com Kirito, Alice reflete sobre tudo o que aconteceu.

Uma força do Território Sombrio está atacando Rulid Village. Embora ela tenha perdido o objetivo em batalha, para lutar por sua família e pelas pessoas que Kirito e Eugeo tentaram proteger, Alice pega a Lâmina de Osmanthus mais uma vez!

O misterioso grupo que atacou a tartaruga oceânica acaba sendo uma unidade secreta sob ordens da Agência de Segurança Nacional dos EUA. E seu líder, Gabriel, já enfrentou Kirito e Sinon.

Shasta, comandante dos cavaleiros das trevas do Território das Trevas, pretendia usar a morte do administrador como uma chance de paz com o Império Humano. Mas seus planos são frustrados pelo retorno do imperador Vecta à terra das trevas.

Resolvida a lutar pela humanidade, Alice une as forças do Império Humano, trazendo Kirito com ela. Mas enquanto as forças das trevas ostentam números impressionantes, apenas treze Cavaleiros da Integridade estão disponíveis para lutar pelo Império Humano.

O Teste de Carga Final começou e o Portão Oriental entrou em colapso. Instigado por Gabriel, agora imperador Vecta, o enorme exército da terra das trevas segue em direção ao Império Humano.

O Cavaleiro da Integridade Renly Synthesis Twenty-Seven, em batalha pela primeira vez, foge de sua posição, permitindo que duendes das forças das trevas se infiltrem na tenda onde Kirito está.

A poderosa arte formal desencadeada pelo Cavaleiro da Integridade, Alice, inflige severas baixas às forças das trevas. Alice encontra um sobrevivente inimigo e descobre que o objetivo do Imperador Vecta é encontrar a "Sacerdotisa da Luz".

Ao ver Alice, Gabriel ordena que todo o seu exército a capture. A guilda dos pugilistas corre à frente da força principal. Enquanto Alice e Bercouli tentam propor uma estratégia para combatê-los, o silencioso Cavaleiro da Integridade Sheyta Synthesis Twelve dá um passo à frente.

Asuna entrou no Underworld usando a conta admin de Stacia, a Deusa da Criação. Depois que ela desce, ela se reúne com Kirito, graças a Ronie e Tiese. Mas logo Alice chega, levando a uma situação precária!

Asuna criou um abismo sem fundo. Os cavaleiros das trevas e os pugilistas tentam atravessar para o outro lado, onde o Exército do Império Humano espera. Enquanto isso, Critter lança um anúncio sobre um teste beta por tempo limitado para um novo VRMMO bizarro.

Devido ao esquema de Gabriel, os jogadores dos EUA receberam contas de cavaleiros negros e agora estão continuamente entrando no submundo. Eles começam a matar impiedosamente soldados do Exército do Império Humano e do Exército do Território das Trevas.

Sinon loga com a super conta de Solus, a Deusa do Sol, e salva Asuna e os outros na última hora. Enquanto isso, Leafa loga com a super conta de Terraria, a Deusa da Terra, e visitar o Underworld.

Dentro do Underworld, o exército humano continua tendo baixas, uma atrás da outra. Enquanto isso, no mundo real, um plano começa a ser criado para despertar a consciência de Kirito.

A maré guerra finalmente parece estar se virando a favor do império dos humanos, mas uma nova complicação surge, deixando Asuna e seus companheiros em desespero.

Os jogadores japoneses continuam sob o ataque impiedoso dos americanos e coreanos, sem sinal de que a situação vai melhorar - e no mundo real, o destino de Kirito parece que também está sendo selado.

O responsável pela invasão ao Underworld é o ex-líder da guilda Laughing Coffing de SAO, e ele parece ter total controle da situação. Ele também tem um motivo pessoal para odiar os jogadores japoneses.

O massacre no Underworld continua. Asuna fica como a última linha de defesa enquanto, no mundo real, tentam desesperadamente despertar Kirito.

Kirito finalmente acorda de seu sono profundo para salvar tanto os habitantes de Underworld quanto os visitantes do mundo real. Mas do lado de fora do jogo, as coisas não parecem estar melhorando.

Alice e Asuna vão para o Altar do Fim do Mundo enquanto Kirito enfrenta Gabriel. A menos que ele possa derrotar Gabriel e retornar ao mundo real antes que a fase de aceleração máxima comece, Kirito terá que passar os próximos 200 anos no Submundo.

Alice consegue escapar do Underworld antes que comece a fase de aceleração máximas, mas Kirito e Asuna ficam para trás. Na Ocean Turtle, as forças terroristas tentam uma última medida desesperada antes de se retirarem.

A guerra do Underworld acaba, e Alice é apresentada como uma nova espécie dentro da sociedade humana. Mas Higa comete um erro que pode comprometer a paz para sempre.

Alice se esforça para se encaixar dentro de sua nova vida, mas uma mensagem misteriosa chega pela internet e deixa tudo mais complicado para ela e Kirito.