Bishop e Shard voltam no tempo na tentativa de impedir o surgimento de um futuro alternativo onde os X-Men jamais existiram.

Ao falhar na tentativa de impedir o assassinato de Xavier, Tempestade convence Wolverine que devem ajudar Shard e Bishop a garantir que o Professor Xavier viva.

A festa para comemorar a volta de Morfo aos X-Men é interrompida quando terrorista atacam uma fábrica de armas de alta tecnologia. Wolverine e Morfo descobrem que os sentinelas estavam de volta à ativa. O X-Man desgarrado terá que enfrentar seus próprios medos para vencer os robôs caçadores de mutantes.

Quando o mutante Proteus descobre que seu próprio pai, que havia o abandonado no passado, é um importante político, ele o ataca bem no meio de seu discurso. Xavier entra na parada para tentar conter Proteus e ainda ajudar o garoto, cujo nome real é Kevin, a se reconciliar com seu pai.

Magneto oferece levar todos os mutantes para um asteroide onde poderão viver em paz. Mas diversos governantes globais ficam preocupados com o plano e resolvem explodir o local. Ao descobrir tal plano, Charles Xavier decide intervir e, com a ajuda de Fera e Gambit, os três vão ao encontro de Magneto no asteroide, mas acabam sendo acusados de assassinar Magnus.

Com o desaparecimento de Magneto, Fabian Cortez assume o controle do Asteroide M e passa a manter a Terra como refém sob a mira de um incrível arsenal de armas nucleares. Os X-Men terão que provar a sua inocência, encontrar Magneto e impedir Cortez de destruir o mundo.

Em 3999, Apocalipse derrota Cable e rouba-lhe o computador que permite viajar no tempo. Bem no dia da segunda tentativa de casamento de Jean e Scott, Sr. Sinistro e os Nasty Boys sequestram a noiva. Enquanto isso, Bishop fica preso numa fenda temporal. Sua irmã, Shard, vai em seu socorro mas vai parar na Mansão X.

Na verdade, Apocalipse e seus aliados malignos (Carrascos e Irmandade) estavam querendo criar uma nova raça de humanos. O Professor Xavier descobre o plano ao perceber que todos os mutantes sequestrados tinham poderes psíquicos. O problema era saber onde o vilão estava e como chegar até ele para detê-lo.

Com a ajuda de Cable, os X-Men descobrem que Apocalipse estava controlando o tempo.

Quando o plano de Apocalipse se torna conhecido por todos, até mesmos seus aliados (Irmandade de Mutantes) tentam impedi-lo de seguir em frente. Mas será que os X-Men e os demais mutantes conseguirão salvar o tempo e o universo de Apocalipse e Sinistro?

Jubileu, Tempestade e Wolverine fazem compras de última hora em Manhattan.

Wolverine perde o controle, desiste dos X-Men e volta ao interior do Japão.

No deserto do Novo México, Wolverine testemunha a queda de uma nave.

Ciclope viaja sozinho para uma pequena comunidade no deserto.

O Professor X sofre uma concussão que o deixa vulnerável à manipulação.

Alto Evolucionário rapta Mercúrio, Fera, Wolverine e Feiticeira Escarlate.