Стражи — гигантские роботы, запрограммированные на отлов всех мутантов, нападают на юную Джубилейшен Ли (Джубили), от рук которой портятся все электроприборы. Спасаясь от роботов бегством, девочка попадает в торговый центр, где её защищают от Стражей четверо мутантов, случайно оказавшихся рядом — Скотт Саммерс (Циклоп), Ороро Монро (Шторм), Анна Мария (Шельма) и Реми Лебо (Гамбит).

Добравшись в Центр, Люди Икс успешно уничтожают базу данных, но при возвращении их атакуют внезапно появившиеся Стражи. Они выводят из строя Зверя и Морфа и, несмотря на призывы Росомахи вернуться за товарищами, Циклоп как предводитель команды решает оставить тех; Зверь попадает в тюрьму, а Морфа ошибочно считают погибшим. Рассерженный Росомаха уезжает, но Циклопу удается убедить того заняться поиском базы, на которой производят Стражников и где содержится Джубили. Команде удается уничтожить нескольких роботов и освободить Джубили, которая после этого становится полноправным членом Людей Икс.

К Зверю, все ещё находящемуся в тюрьме и ожидающему суда, врывается некто Магнито — мутант, способный управлять металлом. Он предлагает Зверю совершить побег, но Хэнк отвергает предложение, веря в справедливость суда; рассерженный Магнито покидает Зверя. Тем не менее, освобождать мутанта под залог судья не собирается, и сразу же после отказа в зал суда врывается огромный свирепый мутант Саблезубый, который выходит из стычки с охраной с серьёзными травмами. Циклоп доставляет Саблезубого в школу мутантов, где все искренне пытаются помочь пострадавшему, за исключением Росомахи — он знает, что Саблезуб жесток и хитер, и Ксавье никогда не сможет его перевоспитать.

В это время Магнито нападает на военную базу, где активирует ракеты и наводит их на город. Циклоп, Росомаха и Гроза пытаются остановить запуск, но у них не получается и ракеты взлетают. Грозе удается спасти людей, деактивировав ракеты и направив их в море, но на это она тратит слишком много сил и теряет сознание.

Ксавье пытается пробиться в разум Саблезуба, чтобы несколько изменить характер последнего, но часть подсознания Саблезубого закрыта от вмешательства. Тем временем, Магнит избирает своей новой целью химический завод, привлекая этим внимание Ксавье. Команда отправляется на бой, оставив Джубили следить за Саблезубом. Девочка жалеет своего подопечного и, желая перебинтовать тому пораненную руку, освобождает её от наручника, чем пользуется Саблезуб, хватая Джубили и требуя освободить его от оков полностью. Получив свободу, мутант собирается убить пленную и разнести лабораторию, но вовремя вернувшиеся Росомаха и остальные спасают положение.

Отправившись на свидание, Скотт и Джина попадают в ловушку к Морлокам — особо уродливым мутантам, обитающим в подземке. Лидер морлоков Калисто вознамерилась зачать от Скотта ребенка, чтобы родить наследника. Росомаха, Гроза, Шельма и Гамбит приходят на выручку друзьям, но проигрывают морлокам по численности; тогда Гроза предлагает Калисто поединок на мечах за звание вождя морлоков, в котором побеждает. Став новой предводительницей, она освобождает Людей Икс и призывает уродцев выйти на поверхность и прекратить скрываться, но те опасаются за свою жизнь, и Гроза оставляет Калисто в качестве своего заместителя.

Росомаха отправляется на север с целью отдохнуть, но внезапно на него нападает Саблезуб, который сталкивает его в ледяную воду. От гибели Росомаху спасают эскимосы, с которыми Логан быстро находит общий язык, за исключением одного — того, кто до прихода мутанта был самым сильным в племени. Он сдает Росомаху Саблезубу и, думая завести Логана в ловушку, отвозит того от берега с предлогом порыбачить, но на самом деле Саблезуб хочет убить новых друзей Логана. Росомаха и осознавший свою ошибку эскимос побеждают злодея и спасают племя.

Гроза, Гамбит и Джубили приезжают на курорт для мутантов на острове Геноша, но курорт оказывается каторгой для мутантов, где их способности подавляют при помощи специальных ошейников, а самих пленников заставляют строить новую электростанцию, необходимую для массового производства Стражей при помощи новой машины — огромного Форм-Мастера. Джубили планирует побег, но Гамбит демонстративно сдает товарищей с целью выбраться с острова и позвать подмогу. Сбежав от конвоя, Гамбит сталкивается с неким Бицепсом, желающим расправиться с руководством Геноши. Бицепс даёт Гамбиту ключ от ошейников, и тот, вернувшись в лагерь, освобождает собратьев. Под конец битвы с охраной Гроза направляет на завод Стражей цунами, после чего Форм-Мастер внезапно обретает разум.

Шотландец доктор Адлер изобретает лекарство для подавления мутаций, и Шельма, страдающая от невозможности прикоснуться к другому человеку, решает отправиться в Шотландию и первой испытать лекарство на себе. Но на самом деле доктор Адлер давно убит, а под его личиной скрывается мутант-метаморф Мистик; она намерена использовать открытия Адлера ради превращения мутантов в монстров, подчиняющихся сверх-мутанту Апокалипсису. В последний момент в лабораторию доктора врываются подручные Мистик Пиро и Оползень и похищают псевдо-Адлера (не зная, кто это на самом деле). Шельма отправляется на помощь «доктору» и спасает того от невовремя появившегося Бицепса, столкнув последнего со скалы. К неудовольствию Мистик, Шельма решает оставить свои силы при себе.

Мистик в облике Адлера превращает нескольких мутантов, в том числе миллионера Уоррена Уортингтон, который является мутантом с ангельскими крыльями во Всадников Апокалипсиса, несущих гибель и разрушение. Команда Икс вступает в бой со Всадниками, которые, тем не менее, сильно превосходят их по силе. Тогда Шельма высасывает зло из Уортингтона, и тот нейтрализует своих бывших соратников, чем разрушает планы Апокалипсиса.

В далеком будущем, когда все Люди Икс, за исключением Росомахи, погибли, власть захватили вышедшие из-под контроля Стражи. Мутант Фордж при помощи собственноручно изобретенной машины времени отправляет в прошлое своего соратника Квакера. Он должен предотвратить покушение на сенатора Роберта Келли, из-за гибели которого и начались массовые истребления мутантов. Дело осложняется тем, что убийца сенатора — не кто иной, как Гамбит…

Гамбит готов доказать, что не он убийца, а заодно предотвратить покушение, поэтому он сбегает из под надзора Квакера и Росомахи и отправляется на съезд, где Келли будет выступать. По ходу действия выясняется, что убить сенатора собирается вовсе не Гамбит, а Мистик, принявшая его обличье ради политической провокации. В результате небольшой потасовки сенатор спасен, а Квакер отправлен обратно в будущее; Мистик же оказывается приемной матерью Шельмы, которая дает ей уйти.

Но, несмотря ни на что, будущее не изменилось: Магнето похитил Келли прямо из рабочего кабинета…

Магнето хочет убить сенатора Келли, но вдруг появляются пластиковые стражи, на которых не действуют силы Магнето и забирают сенатора с собой. Они отвозят его к Боливару Траску, работавшему над созданием Стражей. Траск намерен пропихнуть Келли в президенты США, но новосозданный Страж отказывается вернуть Келли в штаб избирательной кампании. У Форм-Мастера свой подход к сложившейся ситуации: он горит идеей заменить мозги всех ведущих политиков мира (в том числе и Келли) на подчиненные ему компьютеры. Сенатора спасают объединившие усилия команда Икс и Магнето, заодно уничтожив завод и уничтожив тело Форм-Мастера. Келли меняет свою точку зрения касательно мутантов и, став президентом США, амнистирует Зверя.