Стражи — гигантские роботы, запрограммированные на отлов всех мутантов, нападают на юную Джубилейшен Ли (Джубили), от рук которой портятся все электроприборы. Спасаясь от роботов бегством, девочка попадает в торговый центр, где её защищают от Стражей четверо мутантов, случайно оказавшихся рядом — Скотт Саммерс (Циклоп), Ороро Монро (Шторм), Анна Мария (Шельма) и Реми Лебо (Гамбит).

Добравшись в Центр, Люди Икс успешно уничтожают базу данных, но при возвращении их атакуют внезапно появившиеся Стражи. Они выводят из строя Зверя и Морфа и, несмотря на призывы Росомахи вернуться за товарищами, Циклоп как предводитель команды решает оставить тех; Зверь попадает в тюрьму, а Морфа ошибочно считают погибшим. Рассерженный Росомаха уезжает, но Циклопу удается убедить того заняться поиском базы, на которой производят Стражников и где содержится Джубили. Команде удается уничтожить нескольких роботов и освободить Джубили, которая после этого становится полноправным членом Людей Икс.

К Зверю, все ещё находящемуся в тюрьме и ожидающему суда, врывается некто Магнито — мутант, способный управлять металлом. Он предлагает Зверю совершить побег, но Хэнк отвергает предложение, веря в справедливость суда; рассерженный Магнито покидает Зверя. Тем не менее, освобождать мутанта под залог судья не собирается, и сразу же после отказа в зал суда врывается огромный свирепый мутант Саблезубый, который выходит из стычки с охраной с серьёзными травмами. Циклоп доставляет Саблезубого в школу мутантов, где все искренне пытаются помочь пострадавшему, за исключением Росомахи — он знает, что Саблезуб жесток и хитер, и Ксавье никогда не сможет его перевоспитать.

В это время Магнито нападает на военную базу, где активирует ракеты и наводит их на город. Циклоп, Росомаха и Гроза пытаются остановить запуск, но у них не получается и ракеты взлетают. Грозе удается спасти людей, деактивировав ракеты и направив их в море, но на это она тратит слишком много сил и теряет сознание.

Отправившись на свидание, Скотт и Джина попадают в ловушку к Морлокам — особо уродливым мутантам, обитающим в подземке. Лидер морлоков Калисто вознамерилась зачать от Скотта ребенка, чтобы родить наследника. Росомаха, Гроза, Шельма и Гамбит приходят на выручку друзьям, но проигрывают морлокам по численности; тогда Гроза предлагает Калисто поединок на мечах за звание вождя морлоков, в котором побеждает. Став новой предводительницей, она освобождает Людей Икс и призывает уродцев выйти на поверхность и прекратить скрываться, но те опасаются за свою жизнь, и Гроза оставляет Калисто в качестве своего заместителя.

Росомаха отправляется на север с целью отдохнуть, но внезапно на него нападает Саблезуб, который сталкивает его в ледяную воду. От гибели Росомаху спасают эскимосы, с которыми Логан быстро находит общий язык, за исключением одного — того, кто до прихода мутанта был самым сильным в племени. Он сдает Росомаху Саблезубу и, думая завести Логана в ловушку, отвозит того от берега с предлогом порыбачить, но на самом деле Саблезуб хочет убить новых друзей Логана. Росомаха и осознавший свою ошибку эскимос побеждают злодея и спасают племя.

Гроза, Гамбит и Джубили приезжают на курорт для мутантов на острове Геноша, но курорт оказывается каторгой для мутантов, где их способности подавляют при помощи специальных ошейников, а самих пленников заставляют строить новую электростанцию, необходимую для массового производства Стражей при помощи новой машины — огромного Форм-Мастера. Джубили планирует побег, но Гамбит демонстративно сдает товарищей с целью выбраться с острова и позвать подмогу. Сбежав от конвоя, Гамбит сталкивается с неким Бицепсом, желающим расправиться с руководством Геноши. Бицепс даёт Гамбиту ключ от ошейников, и тот, вернувшись в лагерь, освобождает собратьев. Под конец битвы с охраной Гроза направляет на завод Стражей цунами, после чего Форм-Мастер внезапно обретает разум.

Люди Икс возвращаются на базу, но находят школу разрушенной; как выясняется, Ксавье не пострадал, ибо незадолго до трагедии отбыл по важному делу. Мутанты ищут виновного и ошибочно думают на эмигранта из России Колосса, который у них на глазах помог рабочим со сносом здания и неудачно попытался ограбить банк, но Росомаха при помощи чутья понимает, что не Колосс разрушил школу, а Джаггернаут — громила, обретший свою силу при помощи магии, которого невозможно остановить. После не увенчавшейся победой битвы Шельма и Джина лишают Джаггернаута силы и памяти соответственно, а Колосс помогает команде отстроить школу.

Шотландец доктор Адлер изобретает лекарство для подавления мутаций, и Шельма, страдающая от невозможности прикоснуться к другому человеку, решает отправиться в Шотландию и первой испытать лекарство на себе. Но на самом деле доктор Адлер давно убит, а под его личиной скрывается мутант-метаморф Мистик; она намерена использовать открытия Адлера ради превращения мутантов в монстров, подчиняющихся сверх-мутанту Апокалипсису. В последний момент в лабораторию доктора врываются подручные Мистик Пиро и Оползень и похищают псевдо-Адлера (не зная, кто это на самом деле). Шельма отправляется на помощь «доктору» и спасает того от невовремя появившегося Бицепса, столкнув последнего со скалы. К неудовольствию Мистик, Шельма решает оставить свои силы при себе.

Мистик в облике Адлера превращает нескольких мутантов, в том числе миллионера Уоррена Уортингтон, который является мутантом с ангельскими крыльями во Всадников Апокалипсиса, несущих гибель и разрушение. Команда Икс вступает в бой со Всадниками, которые, тем не менее, сильно превосходят их по силе. Тогда Шельма высасывает зло из Уортингтона, и тот нейтрализует своих бывших соратников, чем разрушает планы Апокалипсиса.

В далеком будущем, когда все Люди Икс, за исключением Росомахи, погибли, власть захватили вышедшие из-под контроля Стражи. Мутант Фордж при помощи собственноручно изобретенной машины времени отправляет в прошлое своего соратника Квакера. Он должен предотвратить покушение на сенатора Роберта Келли, из-за гибели которого и начались массовые истребления мутантов. Дело осложняется тем, что убийца сенатора — не кто иной, как Гамбит…

Гамбит готов доказать, что не он убийца, а заодно предотвратить покушение, поэтому он сбегает из под надзора Квакера и Росомахи и отправляется на съезд, где Келли будет выступать. По ходу действия выясняется, что убить сенатора собирается вовсе не Гамбит, а Мистик, принявшая его обличье ради политической провокации. В результате небольшой потасовки сенатор спасен, а Квакер отправлен обратно в будущее; Мистик же оказывается приемной матерью Шельмы, которая дает ей уйти.

Но, несмотря ни на что, будущее не изменилось: Магнето похитил Келли прямо из рабочего кабинета…

Магнето хочет убить сенатора Келли, но вдруг появляются пластиковые стражи, на которых не действуют силы Магнето и забирают сенатора с собой. Они отвозят его к Боливару Траску, работавшему над созданием Стражей. Траск намерен пропихнуть Келли в президенты США, но новосозданный Страж отказывается вернуть Келли в штаб избирательной кампании. У Форм-Мастера свой подход к сложившейся ситуации: он горит идеей заменить мозги всех ведущих политиков мира (в том числе и Келли) на подчиненные ему компьютеры. Сенатора спасают объединившие усилия команда Икс и Магнето, заодно уничтожив завод и уничтожив тело Форм-Мастера. Келли меняет свою точку зрения касательно мутантов и, став президентом США, амнистирует Зверя.