A adolescente Jubileu descobre que é uma mutante, ou seja, possui habilidades especiais e seus pais adotivos a cadastram no programa de Registro de Mutantes. Assustada com isso, ela foge. Fora de seu lar, a jovem é salva pelos X-Men de um ataque dos Sentinelas. Os heróis comandados pelo Professor Xavier descobrem que um grupo dentro do governo está usando o Programa de Registro de Mutantes para eliminar sua espécie.

Os X-Men invadem o prédio onde estavam guardados os registros de mutantes e os destroem. Na fuga, Fera é preso e Jubileu é sequestrada. Depois dos acontecimentos, Wolverine, um membro dos X-Men culpa Ciclope pela morte de Morfo e Jean Grey tenta consolá-lo. Os X-Men resgatam Jubileu e destroem a fábrica de Sentinelas.

Magneto aparece para libertar Fera da prisão e começar uma guerra fria entre mutantes e homens. Fera não foge da cadeia com Magneto, pois prefere esperar o seu julgamento. Magneto invade e domina uma base nuclear. Tempestade, Wolverine e Ciclope tentam deter o vilão e impedir que uma bomba caia na cidade de Nova York.

Magneto invade uma indústria de produtos químicos. Xavier tenta impedir que ele ponha em prática seu plano contra a humanidade. Enquanto isso, Dente- de- Sabre se infiltra no Q.G. dos X-Men para destruir tudo, mas é detido por Wolverine e Jubileu.

Wolverine deixa os X-Men e viaja para o Alaska para ficar longe de Ciclope e Jean Grey. Vivendo com uma tribo de Eskimós, Logan finalmente encontra paz e tranquilidade. Mas não dura muito tempo, pois o seu arqui-inimigo Dentes De Sabre, ameaça a vida dos habitantes da aldeia.

Tempestade, Gambit e Jubileu descobrem da pior maneira que a Ilha de Genosha, onde se dizia que os mutantes eram bem-vindos, na verdade era um campo de escravos, onde se construíam os Sentinelas. A tentativa de fuga de alguns mutantes fracassa, mas Gambit consegue fugir, e com a ajuda de homem chamado Cable, consegue soltar os outros de sua espécie. Enquanto isso, a Mansão dos X-Men é destruída e o Professor Xavier desapareceu.

A mansão do Professor Xavier é destruida e uma série de assaltos começa a ocorrer. Os X-Men desconfiam que o gigante russo Colossus está por trás dos eventos, mas descobrem que na verdade era Cain Marko, o Juggernaut, meio-irmão do Professor X.

Surge a notícia que um médico da Ilha Muir descobriu a "cura" para os mutantes. Ele prometeu torná-los pessoas normais. Vampira, frustrada por não poder tocar em ninguém por causa de seu poder, resolve servir de cobaia para o experimento. No entanto, ela descobre que o terrível vilão Apocalipse estava por trás de tudo.Pior: não havia cura nenhuma. O vilão só usava suas cobaias para transformá-las em seus soldados, chamados "Os Quatro Cavaleiros do Apocalipse". Durante esses eventos surge um novo personagem, conhecido como Arcanjo, que se torna um cavaleiro do apocalipse.

Os X-Men combatem os Quatro Cavaleiros do Apocalipse que foram criados com as experiências feitas na Ilha Muir. Vampira absorve a maldade do corpo do Arcanjo e ele acaba recuperando a consciência. Logo, os três cavaleiros restantes são derrotados, mas Apocalipse consegue fugir.

Bishop vem do futuro pra tentar impedir que um dos X-Men assassine o Senador Kelly, o que levaria a um futuro apocalíptico, em que todos os mutantes seriam presos em campos de concentração e executados por Sentinelas.

Bishop descobre o assassino: Gambit. No desenrolar da história, descobre-se que Mística assumira a forma deste X-Man para confundir os heróis.

Os X-Men se unem a Magneto para destruir a imensa Sentinela Mestre, chamada Mold Mestre, que fabrica os robôs sentinelas assassinos. Depois dos criadores das Sentinelas serem atacados pelas sentinelas, o Projeto Sentinela é cancelado e Fera sai da cadeia e volta para a Mansão X.