A adolescente Jubileu descobre que é uma mutante, ou seja, possui habilidades especiais e seus pais adotivos a cadastram no programa de Registro de Mutantes. Assustada com isso, ela foge. Fora de seu lar, a jovem é salva pelos X-Men de um ataque dos Sentinelas. Os heróis comandados pelo Professor Xavier descobrem que um grupo dentro do governo está usando o Programa de Registro de Mutantes para eliminar sua espécie.

Os X-Men invadem o prédio onde estavam guardados os registros de mutantes e os destroem. Na fuga, Fera é preso e Jubileu é sequestrada. Depois dos acontecimentos, Wolverine, um membro dos X-Men culpa Ciclope pela morte de Morfo e Jean Grey tenta consolá-lo. Os X-Men resgatam Jubileu e destroem a fábrica de Sentinelas.

Magneto aparece para libertar Fera da prisão e começar uma guerra fria entre mutantes e homens. Fera não foge da cadeia com Magneto, pois prefere esperar o seu julgamento. Magneto invade e domina uma base nuclear. Tempestade, Wolverine e Ciclope tentam deter o vilão e impedir que uma bomba caia na cidade de Nova York.

Magneto invade uma indústria de produtos químicos. Xavier tenta impedir que ele ponha em prática seu plano contra a humanidade. Enquanto isso, Dente- de- Sabre se infiltra no Q.G. dos X-Men para destruir tudo, mas é detido por Wolverine e Jubileu.

Ciclope e Jean são capturados por um grupo de mutantes deformados, que habitam os esgotos de Nova York, os Morlocks. Enquanto tenta salvar seus amigos, Wolverine tem que enfrentar o ciúmes por Ciclope ter conquistado sua amada Jean.

Wolverine deixa os X-Men e viaja para o Alaska para ficar longe de Ciclope e Jean Grey. Vivendo com uma tribo de Eskimós, Logan finalmente encontra paz e tranquilidade. Mas não dura muito tempo, pois o seu arqui-inimigo Dentes De Sabre, ameaça a vida dos habitantes da aldeia.

Tempestade, Gambit e Jubileu descobrem da pior maneira que a Ilha de Genosha, onde se dizia que os mutantes eram bem-vindos, na verdade era um campo de escravos, onde se construíam os Sentinelas. A tentativa de fuga de alguns mutantes fracassa, mas Gambit consegue fugir, e com a ajuda de homem chamado Cable, consegue soltar os outros de sua espécie. Enquanto isso, a Mansão dos X-Men é destruída e o Professor Xavier desapareceu.

A mansão do Professor Xavier é destruida e uma série de assaltos começa a ocorrer. Os X-Men desconfiam que o gigante russo Colossus está por trás dos eventos, mas descobrem que na verdade era Cain Marko, o Juggernaut, meio-irmão do Professor X.

Surge a notícia que um médico da Ilha Muir descobriu a "cura" para os mutantes. Ele prometeu torná-los pessoas normais. Vampira, frustrada por não poder tocar em ninguém por causa de seu poder, resolve servir de cobaia para o experimento. No entanto, ela descobre que o terrível vilão Apocalipse estava por trás de tudo.Pior: não havia cura nenhuma. O vilão só usava suas cobaias para transformá-las em seus soldados, chamados "Os Quatro Cavaleiros do Apocalipse". Durante esses eventos surge um novo personagem, conhecido como Arcanjo, que se torna um cavaleiro do apocalipse.

Bishop vem do futuro pra tentar impedir que um dos X-Men assassine o Senador Kelly, o que levaria a um futuro apocalíptico, em que todos os mutantes seriam presos em campos de concentração e executados por Sentinelas.

Bishop descobre o assassino: Gambit. No desenrolar da história, descobre-se que Mística assumira a forma deste X-Man para confundir os heróis.

Os X-Men se unem a Magneto para destruir a imensa Sentinela Mestre, chamada Mold Mestre, que fabrica os robôs sentinelas assassinos. Depois dos criadores das Sentinelas serem atacados pelas sentinelas, o Projeto Sentinela é cancelado e Fera sai da cadeia e volta para a Mansão X.