Jean e Ciclope vão tirar férias numa ilha tropical, mas correm perigo da ameaça de vilão mutante chamado Sr. Sinistro e seus capangas mutantes os Nasty Boys. Ao serem sequestrados por Sinistro, ele revela que salvou Morfo da morte naquela noite que foi deixado para trás, submetendo-o posteriormente a uma lavagem cerebral e que fez com que ele ficasse a seu lado. Enquanto isso, os X-Men tentam resgatar ambos indo até a ilha.

Os X-Men encontram a base de Sr. Sinistro e tentam derrotá-los. Morfo recupera a razão e ajuda os X-Men a enfrentar Sinistro, os Nasty Boys são derrotados e X-Men voltam para a Mansão X.

Tempestade vai ao Monte Kilimanjaro salvar o seu "filho espiritual" chamado Mjnari, preso pelo temido Rei das Sombras, um antigo inimigo que foi derrotado pelo Professor X. Para tanto, Tempestade conta com a ajuda de outra integrante dos X-Men, Vampira.

Omega Red foi ressuscitado por três generais corruptos que pretendiam reerguer o Império Soviético. Colossus pede ajuda dos X-Men para enfrentar o novo inimigo. Wolverine se lembra que já enfrentou o Omega Red quando fez parte do projeto Arma X, mas quando os X-Men chegam na Rússia eles não conseguem deter os tanques e Omega Red, mesmo com ajuda de Colossus, uma aliada do governo Russo. Darkstar ajuda os X-Men e destrói os tanques militares. Ela conta que para deter o Omega só o frio extremo.

A Tropa Alfa captura Wolverine. Uma antiga equipe canadense que Wolverine pertenceu, Vindicator e militares canadenses pretender descobrir o segredo da Arma X: o esqueleto de Adamantium de Wolverine. A Tropa Alfa não sabe disso e Vindicator contou uma mentira para os outros membros da Tropa Alfa, dizendo que Logan voltaria para a equipe. Quando eles descobrem a verdade libertam Wolverine.

Gambit ajuda seu antigo grupo da Liga dos Ladrões a pagar a oferenda para uma divindade, mas é truque da Bella Donna para se vingar do Gambit, Vampira, Wolverine e Jean, tentam ajudar Gambit.

Bishop volta mais uma vez do século 21, desta vez para impedir que seja lançada uma praga que extermina todos os mutantes.

Cable, outro mutante viajante do tempo, entre em ação para ajudar os X-Men e Bishop a deter a praga criada pelo Apocalipse.

Quando Mística, a mãe adotiva de Vampira, a força a recordar de seu passado a heroína tem que enfrentar, em sua mente a Miss Marvel, de quem roubou a superforça e o poder de voar.

Fera apaixona-se por sua paciente cega Carly e tenta buscar um meio de fazê-la voltar a enxergar cirurgicamente. Enquanto isso, Wolverine infiltra-se num grupo terrorista de mutantes chamado Amigos da Humanidade, que acaba por sequestrar Carly, cujo pai é um extremista anti-mutante. Em meio à duas linhas da história, os X-Men são os únicos que podem salvar Carly do conflito entre mutantes e humanos.

Mojo, um monstro produtor-apresentador megalomaníaco de um game show interdimensional, rapta todos os X-Men para usa-los em seu mortífero programa de TV.

Sr. Sinistro captura os X-Men para usar os genes dos heróis e criar um exército de mutantes. Apenas Xavier e Magneto podem salvar a equipe presa na Terra Selvagem, mas os dois estão sem seus poderes mutantes.

Sem seus poderes, os X-Men contam com a ajuda do soberano da Terra Selvagem, Ka-Zar, para ajudar o Professor Xavier e Magento a salva-los. Quando todos recuperam seus poderes mutantes, Sr. Sinistro é desintegrado, mas os mutantes sabem que ele voltará.

Yuriko, um antigo amor de Logan, se transformou numa ciborgue assassina, Dama da Morte. Ela quer se vingar de Wolverine, o culpa pela morte de seu pai. Em meio às brigas, uma nave alienígena é descoberta nos túneis Morlocks, dentro dessa, um poderoso alienígena que pode sugar os espíritos dos humanos, ciborgues e mutantes, está preso lá Yuriko faz Wolverine libertar o alienígena.

Descobre-se que a nave na verdade é um tipo de nave prisão alienígena. Dela escapa uma terrível criatura, o Drenador de Espíritos, capaz de sugar a alma dos saqueadores, exceto por Dama da Morte, ela também suga a alma de Jubileu, mais tarde ela suga a alma de Yuriko, mas os X-Men no final derrotam o drenador de espíritos e Professor X tem uma visão de eventos catastróficos.

D'Ken, o imperador de Shi'ar, pretende tomar para si os poderes do cristal de M'Kraan e recriar o universo a sua maneira. Para tanto ele terá que vencer um último obstáculo: sua irmã Lilandra Neramani. Ela, por sua vez, pede para Xavier e seus pupilos impedirem o plano do seu irmão, num sonho, então Xavier manda os X-Men para o espaço numa nave para tentar que Eric, o vermelho intercepta Lilandra que está vindo para a terra num buraco de minhoca.

Durante a intervenção contra D'Ken, Jean Grey tem seu corpo dominado por uma nova identidade, a Fênix. Enquanto isso, Professor Xavier acaba liberando a sua parte do mal dentro de si, mas Jean consegue deter essa parte o Professor Xavier vai para a Irlanda descansar, mas ele acaba recebendo a visita surpresa de duas pessoas, o Juggernaut e outro vilão conhecido com Black Tom, eles trabalham para Eric, o Vermelho, a mando de D'Ken.

Lilandra Neramani vai ao encontro do professor Charles Xavier na Irlanda, a fim de mais uma vez pedir auxílio no caso do cristal de M'Kraan, mas ambos acabam sequestrados por Juggernaut, irmão do professor. Jean continua sofrendo devido à energia da Fênix que ainda reside em sua mente. Os X-Men começam a duvidar da sanidade de Xavier, uma vez que Lilandra, a qual apenas ele conseguia ver através de seus poderes mentais, fora sequestrada, mas eles vão ajudar, Charles e Lilandra. Em meio à luta, aparece o Gladiador um funcionário de D'Ken, ele derrotado pela Fênix,no corpo de Jean Grey, e foi revelado que a Fênix é guardiã do cristal, ela leva todos os X-Men a nave de Lilandra no espaço sideral, exceto por Banshee e o Professor X.

Jean se transforma de vez na Fênix quando a batalha final pelo cristal M'Kraan se aproxima. A Fênix transporta os X-Men para a nave de Lilandra, onde o cristal foi escondido. O cristal é roubado pelo um grupo de piratas siderais chamados Interceptadores Estrelares, Corsário o líder do grupo sequestra Ciclope. por meio da conexão mental de Jean e Ciclope, eles seguem a nave de Corsário vai trocar o cristal com D'Ken, mas é armadilha para Ciclope atirar nele, mas D'Ken envia mais um bando de soldados para roubar a pedra. Lilandra e os X-Men chegam a batalha para salvar o cristal e o universo que conhecemos é inevitável, consegue roubar o cristal e libera o seu poder para si.

D'Ken consegue o cristal e começa a criar seu próprio universo. Apenas a Fênix poderá salvar a todos, mas para isso ela terá que sacrificar a si mesma e a Jean Grey, Fênix derrota D'Ken, mas para isso ela morre, todos os X-Men voltam para terra exceto por Jean.

Sob o comando de Zaladane, Sauron captura Tempestade e a leva para a Terra Selvagem. Para socorrer a amiga, os X-Men terão de enfrentar dinossauros, Sauron e mais uma misteriosa criatura chamada Garokk. Além da própria Tempestade.

Os X-Men seguem na tentativa de salvar Tempestade e deter Garokk, o espírito de pedra.

Arcanjo, obcecado por tentar destruir Apocalipse, tenta a todo custo destruir o vilão milenar, mas acaba caindo numa armadilha.

A Fênix continua a habitar o corpo de Jean. A heroína é seduzida através de seus poderes mentais por Jason Wyngard, o Mestre Mental do Clube do Inferno. Agora, Wyngarde usa os poderes de uma confusa Jean - a quem pretende desposar - contra os X-Men.

Enquanto Xavier enfrenta Emma Frost, os X-Men tentam fazer com que Jean se lembre de quem ela realmente é.

Os X-Men tentam convencer Fênix a deixar o corpo de Jean. Mas ela tenta liquidar a equipe e em seguida ruma pro além do sistema da estrela D'Bari para se reenergizar. Por onde passa, a Fênix espalha destruição. Para impedir que o universo seja destruído, a imperatriz Lilandra de Shi'ar decreta que Jean Grey/Fênix deve morrer.

Os X-Men seguem lutando pela custódia de Fênix contra a Guarda Imperial de Shi'ar. Enquanto isso, o Professor Xavier estuda uma forma de liberar Jean Grey da Fênix de uma vez por todas. Assim, o Guarda Imperial de Shi'ar destrói Jean Grey e a Fênix, guardiã da criação, desiste do corpo da Jean e diz que é possível ressuscitar Jean Grey. Retirando um pouco da energia vital de cada X-Men, Jean Grey revive.

Um antigo X-Men, Bobby Drake, o Homem de Gelo, é pego ao invadir instalações ultrassecretas do governo. Seus antigos companheiros o salvam. Xavier tenta descobrir porque seu ex-pupilo preferido se voltou para o mal. Bobby tinha uma boa explicação: Sua namorada Polaris, cujo nome real é Lorna Dane, havia desaparecido. Na verdade ela não foi raptada pelo governo e sim aceitou por vontade própria em integrar uma equipe de mutantes que agiria sob o comando do governo: o X-Factor e ela também se apaixonou por um membro do X-Factor.

Ciclope descobre que Corsário, líder dos Piratas Siderais, pode ser seu pai desaparecido. O problema é que Corsário era procurado pelas autoridade de Shi'ar. Caberá ao líder dos X-Men decidir se entrega seu pai ou não.

Juggernaut retorna mais uma vez, tentando matar ser irmão, o Professor Xavier.

Na Alemanha, Gambit, Vampira e Wolverine ouvem relatos sombrios acerca de um demônio que rondaria um monastério. Logan decide investigar e descobre que não se tratava de diabo algum, mas sim do mutante chamado Kurt Wagner, o Noturno.

Um cartão postal codificado desperta memórias dolorosas em Wolverine. Para resolver a questão, Logan e Fera vão ao único lugar onde poderão encontrar alguma resposta: o laboratório da Arma X, onde Wolverine teve adamantium inserido em seus ossos. Lá, encontram Dentes-de-Sabre, Maverick e Raposa Prateada, que estavam tendo os mesmos problemas de Logan. Agora todos terão que deixar antigas rivalidades para solucionar o caso.

Quando o mutante Proteus descobre que seu próprio pai, que havia o abandonado no passado, é um importante político, ele o ataca bem no meio de seu discurso. Xavier entra na parada para tentar conter Proteus e ainda ajudar o garoto, cujo nome real é Kevin, a se reconciliar com seu pai.

Xavier ajuda Moira McTaggert para deter seu filho Proteus, cujo nome verdadeiro é Kevin, para tentar contê-lo e ainda ajudar o garoto a se reconciliar com seu pai, mais está muito difícil e Proteus está chegando perto de seu pai Joe McTaiggert.

Magento oferece levar todos os mutantes para um asteroide onde poderão viver em paz. Mas diversos governantes globais ficam preocupados com o plano e resolvem explodir o local. Ao descobrir tal plano, Charles Xavier decide intervir e, com a ajuda de Fera e Gambit, os três vão ao encontro de Magneto no asteroide, mas acabam sendo acusados de assassinar Magnus.

Com o desaparecimento de Magento, Fabian Cortez assume o controle do Asteroide M e passa a manter a Terra como refém sob a mira de um incrível arsenal de armas nucleares. Os X-Men terão que provar a sua inocência, encontrar Magento e impedir Cortez de destruir o mundo.

Em 3999, Apocalipse derrota Cable e rouba-lhe o computador que permite viajar no tempo. Bem no dia da segunda tentativa de casamento de Jean e Scott, Sr. Sinistro e os Nasty Boys sequestram a noiva. Enquanto isso, Bishop fica preso numa fenda temporal. Sua irmã, Shard, vai em seu socorro mas vai parar na Mansão X.

Na verdade, Apocalipse e seus aliados malignos (Carrascos e Irmandade) estavam querendo criar uma nova raça de humanos. O Professor Xavier descobre o plano ao perceber que todos os mutantes sequestrados tinham poderes psíquicos. O problema era saber onde o vilão estava e como chegar até ele para detê-lo.

Com a ajuda de Cable, os X-Men descobrem que Apocalipse estava controlando o tempo.

Quando o plano de Apocalipse se torna conhecido por todos, até mesmos seus aliados (Irmandade de Mutantes) tentam impedi-lo de seguir em frente. Mas será que os X-Men e os demais mutantes conseguirão salvar o tempo e o universo de Apocalipse e Sinistro?

Bishop e Shard voltam no tempo na tentativa de impedir o surgimento de um futuro alternativo onde os X-Men jamais existiram.

Ao falhar na tentativa de impedir o assassinato de Xavier, Tempestade convence Wolverine que devem ajudar Shard e Bishop a garantir que o Professor Xavier viva.

A festa para comemorar a volta de Morfo aos X-Men é interrompida quando terrorista atacam uma fábrica de armas de alta tecnologia. Wolverine e Morfo descobrem que os sentinelas estavam de volta à ativa. O X-Man desgarrado terá que enfrentar seus próprios medos para vencer os robôs caçadores de mutantes.

Durante as compras de natal, Tempestade, Jubileu e Wolverine têm que salvar a vida de Leech, o mais novo dos Morlocks, mesmo que para isso tenham que contar com um verdadeiro milagre natalino.

Wolverine perde o controle, abandona os X-Men e volta para ao interior do Japão a fim de obter uma experiência de auto-conhecimento. Ele ajuda seu mestre espiritual, o monge Oku, a construir um templo. Quando uma vila está para ser atacada por bandidos liderados pelo Samurai de Prata, Wolverine precisa escolher entre sua reclusão ou lutar para salvar a vila.

Vampira reencontra seu primeiro amor, um mutante de nome Cody. No deserto do novo México, Wolverine testemunha a queda de uma espaçonave que trazia aliens insetóides. Coincidência ou não, Cody resolve levar Vampira para passear no mesmo deserto, onde ela terá a ajuda de Wolverine para derrotar o próprio Cody, que virou um alienígena.

Ciclope viaja para uma pequena comunidade no oeste para visitar um antigo amigo, mas seu avião é abatido. Ferido, Scott chega a uma cidadezinha dominada por um grupo de mutantes anti-humanos chamado Crianças das Trevas. Enfraquecido, Ciclope enfrenta o desafio sozinho.

Ao sofrer um ferimento na cabeça, a mente de Xavier é dominada pelo Rei das Sombras. Jean tem que unir seus poderes mentais com os do Professor X para derrotar a criatura e prende-la no plano astral pra sempre.

Os gêmeos mutantes Feiticeira Escarlate e Mercúrio têm que viajar para Shangrilá, num vale escondido nas montanhas dos Bálcãs, em busca de sua origem verdadeira.

A forma de vida alienígena Falange, que pode assumir qualquer forma, ataca a Terra e captura todos os X-Men, com exceção do Fera. O Dr. MacCoy terá que salvar seus amigos e arrumar uma forma de deter a criatura.

Salvos da Falange pelo Sr. Sinistro, Fera e Forge reúnem aliados para derrotar o alien. Além do próprio Sinistro, os X-Men ainda ganham como aliado Magneto. Juntos tentam liquidar a criatura para salvar o planeta.

Omega Red está de volta. A máquina assassina pretende destruir um submarino nuclear próximo a costa do Havaí caso Wolverine e Tempestade não forem ao seu encontro. Mas, isso era só fachada Omega Red tinha outros planos para o arsenal nuclear do submarino."

Cyclope, ainda de luto após a "morte" de Jean Grey, sai dos X-Men, retorna para o orfanato que foi criado e reencontra sua amiga Sarah. Ela lhe diz que um homem rico decidiu adotar todas as crianças mutantes, especialmente Rusty, mas ele tem a intenção de torná-las seu exército para destruir todos os seres humanos para que os mutantes sejam aceitos. Cabe a Cyclope pará-lo e salvar as crianças mutantes. Mais tarde, Cyclope retorna à mansão e ele e os outros X-Men descobrem que Jean Grey não morreu afinal.

Noturno fica sabendo que sua mãe, que até então ele próprio desconhecia, estava correndo perigo, e pede ajuda aos X-Men. No meio dos acontecimentos, o herói descobre que possui mais parentes do que podia imaginar.

O alien Arkon começa controlar o tempo em Washington, chamando a atenção de Tempestade. Na verdade, ele queria levar a mutante para seu planeta Corsus para resolver um situação de caos meteorológico. Quando Tempestade resolve a situação, ela é pedida em casamento por Arkon.

Antes do casamento, Tempestade fica sabendo sobre a forma em que os serventes do palácio eram mal tratados. Os X-Men, que foram ao planeta resgatar sua companheira, descobrem que havia muitos escravos trazidos de outros planetas para trabalharem em Corsus. Agora, Tempestade terá que decidir se vai ou não se casar com o tirano.

Jubileu leva um grupo de crianças para passear numa caverna perto da mansão X. Mas o grupo fica preso dentro do lugar. Enquanto espera pelo resgate dos X-Men, Jubileu diverte as crianças contando sobre contos medievais repletos de princesas, dragões e mutantes.

Fabian Cortez sequestra Jubileu para usá-la como oferenda ao renascimento do Apocalipse. Fera é o único que pode ajudá-la.

Em Paris, Wolverine visita um cemitério onde descansam soldados com quem lutou durante a Segunda Guerra Mundial e relembra de suas missões na capital francesa ao lado do Capitão América, na qual tinha que resgatar um cientista que estava refém do Caveira Vermelha.

Em Londres, dois cientistas debatem a teoria sobre a seleção natural. Em meio a discussão, um deles descobre sobre o gene mutante e como usá-lo para salvar uma grande paixão. A descoberta se torna uma obsessão que o leva a experimentos bizarros. Em meio a essa desordem, um grande inimigo surge.

O filho de um mineiro, o mutante Míssil, expõe seu poder mutante a fim de resgatar seu pai e um amigo de um desastre. Após ser considerado herói, ele acaba por ser discriminado graças a rumores criados por aqueles que o querem ao seu lado. Vampira sente o problema e o ajuda a escolher o caminho certo.

O Professor Xavier é atacado durante um congresso no qual explanava sobre como lidar com os mutantes e acaba por entrar em coma. Em meio a esse ataque, Magneto vê uma oportunidade de juntar unir diversos mutantes mais uma vez contra os humanos comuns. Mas o que fazer quando se é o único que pode salvar um grande amigo?