Yuriko, um antigo amor de Logan, se transformou numa ciborgue assassina, Dama da Morte. Ela quer se vingar de Wolverine, o culpa pela morte de seu pai. Em meio às brigas, uma nave alienígena é descoberta nos túneis Morlocks, dentro dessa, um poderoso alienígena que pode sugar os espíritos dos humanos, ciborgues e mutantes, está preso lá Yuriko faz Wolverine libertar o alienígena.

Descobre-se que a nave na verdade é um tipo de nave prisão alienígena. Dela escapa uma terrível criatura, o Drenador de Espíritos, capaz de sugar a alma dos saqueadores, exceto por Dama da Morte, ela também suga a alma de Jubileu, mais tarde ela suga a alma de Yuriko, mas os X-Men no final derrotam o drenador de espíritos e Professor X tem uma visão de eventos catastróficos.

D'Ken, o imperador de Shi'ar, pretende tomar para si os poderes do cristal de M'Kraan e recriar o universo a sua maneira. Para tanto ele terá que vencer um último obstáculo: sua irmã Lilandra Neramani. Ela, por sua vez, pede para Xavier e seus pupilos impedirem o plano do seu irmão, num sonho, então Xavier manda os X-Men para o espaço numa nave para tentar que Eric, o vermelho intercepta Lilandra que está vindo para a terra num buraco de minhoca.

Durante a intervenção contra D'Ken, Jean Grey tem seu corpo dominado por uma nova identidade, a Fênix. Enquanto isso, Professor Xavier acaba liberando a sua parte do mal dentro de si, mas Jean consegue deter essa parte o Professor Xavier vai para a Irlanda descansar, mas ele acaba recebendo a visita surpresa de duas pessoas, o Juggernaut e outro vilão conhecido com Black Tom, eles trabalham para Eric, o Vermelho, a mando de D'Ken.

Lilandra Neramani vai ao encontro do professor Charles Xavier na Irlanda, a fim de mais uma vez pedir auxílio no caso do cristal de M'Kraan, mas ambos acabam sequestrados por Juggernaut, irmão do professor. Jean continua sofrendo devido à energia da Fênix que ainda reside em sua mente. Os X-Men começam a duvidar da sanidade de Xavier, uma vez que Lilandra, a qual apenas ele conseguia ver através de seus poderes mentais, fora sequestrada, mas eles vão ajudar, Charles e Lilandra. Em meio à luta, aparece o Gladiador um funcionário de D'Ken, ele derrotado pela Fênix,no corpo de Jean Grey, e foi revelado que a Fênix é guardiã do cristal, ela leva todos os X-Men a nave de Lilandra no espaço sideral, exceto por Banshee e o Professor X.

Jean se transforma de vez na Fênix quando a batalha final pelo cristal M'Kraan se aproxima. A Fênix transporta os X-Men para a nave de Lilandra, onde o cristal foi escondido. O cristal é roubado pelo um grupo de piratas siderais chamados Interceptadores Estrelares, Corsário o líder do grupo sequestra Ciclope. por meio da conexão mental de Jean e Ciclope, eles seguem a nave de Corsário vai trocar o cristal com D'Ken, mas é armadilha para Ciclope atirar nele, mas D'Ken envia mais um bando de soldados para roubar a pedra. Lilandra e os X-Men chegam a batalha para salvar o cristal e o universo que conhecemos é inevitável, consegue roubar o cristal e libera o seu poder para si.

D'Ken consegue o cristal e começa a criar seu próprio universo. Apenas a Fênix poderá salvar a todos, mas para isso ela terá que sacrificar a si mesma e a Jean Grey, Fênix derrota D'Ken, mas para isso ela morre, todos os X-Men voltam para terra exceto por Jean.

Sob o comando de Zaladane, Sauron captura Tempestade e a leva para a Terra Selvagem. Para socorrer a amiga, os X-Men terão de enfrentar dinossauros, Sauron e mais uma misteriosa criatura chamada Garokk. Além da própria Tempestade.

Os X-Men seguem na tentativa de salvar Tempestade e deter Garokk, o espírito de pedra.

Arcanjo, obcecado por tentar destruir Apocalipse, tenta a todo custo destruir o vilão milenar, mas acaba caindo numa armadilha.

A Fênix continua a habitar o corpo de Jean. A heroína é seduzida através de seus poderes mentais por Jason Wyngard, o Mestre Mental do Clube do Inferno. Agora, Wyngarde usa os poderes de uma confusa Jean - a quem pretende desposar - contra os X-Men.

Os X-Men tentam convencer Fênix a deixar o corpo de Jean. Mas ela tenta liquidar a equipe e em seguida ruma pro além do sistema da estrela D'Bari para se reenergizar. Por onde passa, a Fênix espalha destruição. Para impedir que o universo seja destruído, a imperatriz Lilandra de Shi'ar decreta que Jean Grey/Fênix deve morrer.

Os X-Men seguem lutando pela custódia de Fênix contra a Guarda Imperial de Shi'ar. Enquanto isso, o Professor Xavier estuda uma forma de liberar Jean Grey da Fênix de uma vez por todas. Assim, o Guarda Imperial de Shi'ar destrói Jean Grey e a Fênix, guardiã da criação, desiste do corpo da Jean e diz que é possível ressuscitar Jean Grey. Retirando um pouco da energia vital de cada X-Men, Jean Grey revive.

Um antigo X-Men, Bobby Drake, o Homem de Gelo, é pego ao invadir instalações ultrassecretas do governo. Seus antigos companheiros o salvam. Xavier tenta descobrir porque seu ex-pupilo preferido se voltou para o mal. Bobby tinha uma boa explicação: Sua namorada Polaris, cujo nome real é Lorna Dane, havia desaparecido. Na verdade ela não foi raptada pelo governo e sim aceitou por vontade própria em integrar uma equipe de mutantes que agiria sob o comando do governo: o X-Factor e ela também se apaixonou por um membro do X-Factor.

Ciclope descobre que Corsário, líder dos Piratas Siderais, pode ser seu pai desaparecido. O problema é que Corsário era procurado pelas autoridade de Shi'ar. Caberá ao líder dos X-Men decidir se entrega seu pai ou não.

Juggernaut retorna mais uma vez, tentando matar ser irmão, o Professor Xavier.

Na Alemanha, Gambit, Vampira e Wolverine ouvem relatos sombrios acerca de um demônio que rondaria um monastério. Logan decide investigar e descobre que não se tratava de diabo algum, mas sim do mutante chamado Kurt Wagner, o Noturno.

Um cartão postal codificado desperta memórias dolorosas em Wolverine. Para resolver a questão, Logan e Fera vão ao único lugar onde poderão encontrar alguma resposta: o laboratório da Arma X, onde Wolverine teve adamantium inserido em seus ossos. Lá, encontram Dentes-de-Sabre, Maverick e Raposa Prateada, que estavam tendo os mesmos problemas de Logan. Agora todos terão que deixar antigas rivalidades para solucionar o caso.