Jean e Ciclope vão tirar férias numa ilha tropical, mas correm perigo da ameaça de vilão mutante chamado Sr. Sinistro e seus capangas mutantes os Nasty Boys. Ao serem sequestrados por Sinistro, ele revela que salvou Morfo da morte naquela noite que foi deixado para trás, submetendo-o posteriormente a uma lavagem cerebral e que fez com que ele ficasse a seu lado. Enquanto isso, os X-Men tentam resgatar ambos indo até a ilha.

Tempestade vai ao Monte Kilimanjaro salvar o seu "filho espiritual" chamado Mjnari, preso pelo temido Rei das Sombras, um antigo inimigo que foi derrotado pelo Professor X. Para tanto, Tempestade conta com a ajuda de outra integrante dos X-Men, Vampira.

Omega Red foi ressuscitado por três generais corruptos que pretendiam reerguer o Império Soviético. Colossus pede ajuda dos X-Men para enfrentar o novo inimigo. Wolverine se lembra que já enfrentou o Omega Red quando fez parte do projeto Arma X, mas quando os X-Men chegam na Rússia eles não conseguem deter os tanques e Omega Red, mesmo com ajuda de Colossus, uma aliada do governo Russo. Darkstar ajuda os X-Men e destrói os tanques militares. Ela conta que para deter o Omega só o frio extremo.

A Tropa Alfa captura Wolverine. Uma antiga equipe canadense que Wolverine pertenceu, Vindicator e militares canadenses pretender descobrir o segredo da Arma X: o esqueleto de Adamantium de Wolverine. A Tropa Alfa não sabe disso e Vindicator contou uma mentira para os outros membros da Tropa Alfa, dizendo que Logan voltaria para a equipe. Quando eles descobrem a verdade libertam Wolverine.

Gambit ajuda seu antigo grupo da Liga dos Ladrões a pagar a oferenda para uma divindade, mas é truque da Bella Donna para se vingar do Gambit, Vampira, Wolverine e Jean, tentam ajudar Gambit.

Bishop volta mais uma vez do século 21, desta vez para impedir que seja lançada uma praga que extermina todos os mutantes.

Cable, outro mutante viajante do tempo, entre em ação para ajudar os X-Men e Bishop a deter a praga criada pelo Apocalipse.

Quando Mística, a mãe adotiva de Vampira, a força a recordar de seu passado a heroína tem que enfrentar, em sua mente a Miss Marvel, de quem roubou a superforça e o poder de voar.

Fera apaixona-se por sua paciente cega Carly e tenta buscar um meio de fazê-la voltar a enxergar cirurgicamente. Enquanto isso, Wolverine infiltra-se num grupo terrorista de mutantes chamado Amigos da Humanidade, que acaba por sequestrar Carly, cujo pai é um extremista anti-mutante. Em meio à duas linhas da história, os X-Men são os únicos que podem salvar Carly do conflito entre mutantes e humanos.

Mojo, um monstro produtor-apresentador megalomaníaco de um game show interdimensional, rapta todos os X-Men para usa-los em seu mortífero programa de TV.

Sr. Sinistro captura os X-Men para usar os genes dos heróis e criar um exército de mutantes. Apenas Xavier e Magneto podem salvar a equipe presa na Terra Selvagem, mas os dois estão sem seus poderes mutantes.

Sem seus poderes, os X-Men contam com a ajuda do soberano da Terra Selvagem, Ka-Zar, para ajudar o Professor Xavier e Magento a salva-los. Quando todos recuperam seus poderes mutantes, Sr. Sinistro é desintegrado, mas os mutantes sabem que ele voltará.