Tony Stark chega ao Japão com o objetivo de montar a Estação Arc na primeira etapa de sua Iniciativa de Paz Mundial. Diante de todo o Japão, ele anuncia seu novo modelo do Homem de Ferro, Iron Man Dio, com ele mesmo no assento do piloto. Mas durante a demonstração, Dio trava após um bug misterioso no sistema operacional.

Tony Stark é acusado pelo ministro da Defesa, Kuroda, de tentar evitar controvérsias ao introduzir plutônio no Japão a bordo de um navio de carga indefeso. Esta nave foi atacada e o plutônio roubado, representando uma grave ameaça. Tony veste a armadura do Homem de Ferro e jura recuperar o plutônio e limpar seu nome.

Nanami está tentando chegar ao fundo da onda de furacões estranhos que mataram dois cientistas notáveis. Sua busca a leva ao professor Sakamoto e seu ex-aluno, Dr. Tanaka. Sakamoto e Tanaka já fizeram parte de algo chamado Projeto Tesla, que trabalhava para controlar o clima. O projeto Tesla faz parte do clima estranho que está atacando o Japão e, mesmo que eles descubram isso, como o impedirão? O Homem de Ferro pode derrotar o clima?

Tony Stark está apoiando um evento de corrida beneficente para melhorar a imagem da Stark Industries. Enquanto isso, Kawashima, um piloto de carros de corrida que sofreu lesões que ameaçam sua carreira, é conquistado por A.I.M./Zodiac, que promete a ele que curará seus ferimentos se ele derrotar Tony Stark.

Dr. Tanaka informa a Tony que uma misteriosa epidemia estourou perto da Estação Arc. A doença desenfreada e mortal parece imparável, e Tony inicia sua própria investigação sobre a causa. Enquanto isso, os satélites de reconhecimento das Forças de Autodefesa estão agindo mal e Nagato Sakurai visita o Homem de Ferro para pedir sua ajuda. Stark e Sakurai unem forças, quando descobrem que o Zodiac Mech Aquarius pode estar por trás de ambos.

Quando a Estação Arc apresenta uma série de problemas de funcionamento, Tony e o Dr. Tanaka descobrem que um vírus de computador Zodiac infectou os sistemas operacionais da Estação. O vírus se espalha para os computadores bancários da cidade, computadores de navegação de trens e controles de tráfego, causando o caos. Tony decide que a única maneira de combater o vírus é transferi-lo para outro computador... seu computador de bordo do Homem de Ferro!

Tony e Dr.Tanaka estão acordados em uma ilha isolada sem nenhuma ideia de como chegaram lá e sem esperança de sair da ilha. Perdendo seu reator de arco salva-vidas e sem sua armadura do Homem de Ferro, como Tony e Chika conseguirão escapar? E quem os colocou lá em primeiro lugar?

Tony Stark conhece Aki, uma jovem misteriosa com poderes estranhos. Tony fica chocado quando a garota diz a ele que pertence ao Zodíaco e menciona que precisa de Tony, como Homem de Ferro para protegê-la do Zodíaco. Aki é quem ela diz que é? E mesmo que seja, como Tony pode confiar nela?

O plutônio necessário para preparar a Estação Arc é roubado e Tony deve vestir a armadura do Homem de Ferro e lutar contra Dio. Os dois Homens de Ferro devem lutar até a morte, com o destino do Japão em jogo.

"O Homem de Ferro está morto!" Dr. Chika Tanaka ouve essas palavras surpreendentes dos próprios lábios de Yinsen. Enquanto isso, Tony Stark, gravemente ferido, sobrevive com a ajuda de Nagato Sakurai e deve encontrar uma maneira de derrotar Dio de uma vez por todas. Mas o que aguarda a chegada do Homem de Ferro não é apenas Dio, mas também quatro modelos do Homem de Ferro Sigma. Como Tony Stark superará a situação desesperadora em que se encontra?

Responsável pelo evento na Arc Station, Tony Stark é preso pelo governo japonês. Mas durante o transporte, explosões abalam o prédio do parlamento da Dieta e surgem suspeitas de que Stark está por trás disso. Tony Stark será capaz de limpar seu nome e eliminar a verdadeira ameaça por trás do bombardeio da Dieta?