O ex-agente do FBI, Ryan Hardy, é retirado da aposentadoria quando o serial killer Joe Carroll escapa da prisão; a investigação revela que Carroll está criando um culto.

Ryan, agente Weston e a especialista do FBI, Debra Parker, investigam a história da psique de Carroll.

Maggie elabora um plano para pôr um fim em Hardy; Paul revela um segredo que Jacob esteve escondendo de Emma; o relacionamento de Hardy e Claire é explorado.

Claire recebe uma ligação que pode levá-la a Joey, o que faz com que o FBI coloque seu plano em andamento e cause pânico na fazenda. Enquanto isso, Carroll procura uma advogada de seu passado para enviar uma mensagem, algo que trará resultados mortais.

As verdadeiras intenções de Carroll são reveladas através de um novo seguidor chamado Charlie. Ao descobrir os planos do serial killer, Hardy tenta despistar Emma, Jacob e Paul e, para isso, provoca-os na tentativa de criar ainda mais tensão entre o trio. Para completar, Emma toma uma chocante decisão.

Com a assistência da advogada Olivia Warren (Renee Elise Goldsberry), Joe Carroll faz um caso contra Ryan e o FBI para ser transferido para uma unidade diferente, mas Ryan suspeita que um plano maior pode estar em jogo. Enquanto isso, Emma e Joey chegam a um ponto de encontro e nos deparamos com mais um dos homens de Roderick que tem um segredo.

O FBI faz de Nick Donovan o investigador principal, e a busca de Joey Matthews e Joe Carroll continua. Esta decisão perturba muito Ryan e Parker. Um seguidor e Joe Carroll planejam uma trama mortal.

Ryan e Parker tentam enganar o seu novo líder; Joe exige informações sobre a localização de Claire; um seguidor do passado retorna.

Joe envia dois dos seus seguidores atrás de alguma pista de Claire. Mais adiante, Emma reencontra um velho e querido amigo, mas o encontro não será como esperado.

Após perder Claire para os seguidores de Joe, Ryan e Parker tentam recuperá-la, enquanto o FBI investiga um local secreto que pode ter perigosas ligações com os seguidores de Joe.

Ryan e o FBI descobrem um seguidor que pode saber onde está Joe. Agente Weston retorna ao caso, mas seu encontro com o culto pode ter tido um impacto maior do que ele imaginava. Claire e Emma se encontram pela primeira vez desde que Joey foi sequestrado.

Quando a polícia de Havenport é trazida para a investigação do FBI, a lealdade de Roderick é posta à prova, o que o leva a tomar uma decisão que ameaça a segurança de Joey. Enquanto isso, Ryan tenta ganhar a confiança de um membro da seita.

No fim da temporada, Ryan, Parker e Weston se preparam para atacar a mansão dos seguidores, mas Joe já pôs seu plano de fuga em ação.

Ryan e Mike correm para salvar Parker, enquanto Carroll leva Claire para um local especial. Em seguida, Ryan decide ir atrás de Claire sozinho para assim escrever o último capítulo do livro de Joe.