Abalado pela explosão do Jipe, o 16º aniversário de John o força a confrontar a realidade de seu destino sozinho. Enquanto isso, o agente Ellison encara sua fé e os federais apóso massacre de Cromartee, e uma nova personagem é introduzida, Catherine Weaver, que é a CEO de uma corporação high-tech e um T-1001 disfarçado, mandado para garantir a criação da Skynet. 

Sarah, Derek e Cameron invetigam uma planta de energia nuclear, e John faz uma nova amiga. Enquanto isso, Catherine Weaver continua com seu novo projeto. 

Cromartie sequestra a esposa de Charley, e Sarah e Derek tentam resgatá-la, enquanto John se encontra preso entre Cameron e Riley.

Cameron perde sua memória temporariamente e acaba descobrindo memórias antigas. Ellison descobre informações sobre Catherine Weaver.

John e Derek protejem um futuro membro da resistência em uma academia militar. Weaver dá à Ellison seu primeira missão.

Sarah, John e Cameron procuram por um outro nome em sua lista. Enquanto isso, Derek recebe um visitante de seu passado.

Os connors são roubados os deixando em alerta máximo, um exterminador chega muito proximo a jonh enquanto outro aterroriza o agente elison.

John e Riley enfrentam consequencias fatais em sua viagem ao mexico. Sarah finalmente encontra o agente Elison.

Sarah têm experiências de déjà vu, quando ela tem pesadelos perturbadores, o que significa problemas para Sarah e John. Derek e Jesse procuram por um colaborador da Skynet. 

Sarah se encontra com o Turk. Jesse enfrenta alguns problemas em seus planos. Ellison tem uma reunião surpresa com alguém poderoso através de Weaver.

Sarah e Cameron tentam salvar uma família cujo destino está ligado com o de Derek no futuro. Jesse luta por sua vida.

A obsessão de Sarah continua com os três pontos e a leva a um blogueiro com conhecimentos profundos sobre o símbolo. Enquanto isso, Riley e Cameron se enfrentam.

Sarah ganha força a partir de imagens de Kyle Reese, pai de John, enquanto ela está ferida. Weaver tenta salvar John Henry.

Sarah, John, Cameron e Derek vão em busca de pistas ligadas a uma fábrica que foi demolida. Weaver envia um homem para o mesmo lugar para procurar por sobreviventes.

Sarah é forçada a procurar ajuda pelos seus pesadelos em uma clínica. Ela tenta descobrir o próximo passo da Skynet.

Cameron cria perigo para todos com suas falhas. Riley teme que seu segredo seja descoberto.

Jesse deixa Serrano Point em 2027 para uma nova missão a bordo de um submarino nuclear. Sarah e John suspeitam de Cameron na morte de Riley. Ellison e Weaver tem de jogar um jogo com John Henry para encontrar a desaparecida Savannah.

A missão de Jesse toma um rumo para o pior, o que resulta em conseqüências inesperadas para Sarah, John e Derek. Enquanto isso, Sarah lida com Cameron e John faz uma decisão muito importante. 

Sarah esconde John com Charley Dixon, a única pessoa que ela acha que pode confiar. Enquanto isso, Derek se esforça para trabalhar junto com Cameron, e alguém compromete John Henry, colocando os esforços de Catherine Weaver em risco. 

John está um passo mais perto de capturar Weaver enquanto está em sua missão para resgatar o mais recente alvo da Skynet. A reunião de Sarah e Ellison faz uma mudança em seu plano. Weaver descobre o segredo de Ellison.

Os Connors enfrentam Weaver cara-a-cara em um confronto que mexe com John e muda sua realidade para sempre. Nada mais será o mesmo.