Les Décepticans, à partir de leur vaisseau converti en base sous-marine, construisent un « pont spatial » relié à Cybertron. Bumblebee et Spike sont découverts en train de les espionner et sont désignés pour tester le fonctionnement du pont après des essais infructueux. Aaprès une vaine tentative de fuite, Bumblebee est reprogrammé pour faire tomber les Autobots dans un piège. Mégatron doit toutefois annuler son assaut contre eux lorsque le pont, qui doit être utilisé durant une très brève période, est réactivé. Spike est sauvé par Bumblebee, et les Energons transportés sont mis à feu, ce qui propulse Mégatron à travers le pont activé.

Les Décepticans, maintenant dirigés par Starscream, continuent à attaquer des objectifs sur la Terre, mais sont facilement contrecarrés par les Autobots. Optimus Prime envoie Prowl et Bluestreak contre les forces d'assaut des Décepticans, mais ceux-ci ne sont pas de taille à lutter contre une armée entière. Un Mégatron bien vivant prend contact avec les Décepticans restés sur terre et revient par le pont spatial. Entretemps, Bumblebee, Spike et leur ami Chip Chase, un champion de l'informatique cloué à son fauteuil roulant, sont mis au courant d'un projet humain de mise au point d'une formule d'anti-matière. Une copie de secours est confiée à Chip pour sauvegarde. A la maison, Chip reçoit un appel de détresse de Prowl et assure son contrôle, ce qui lui permet, à lui et à Bluestreak, de triompher des Décepticans qu'ils ont découverts. Mégatron et les Décepticans tentent de voler la formule anti-matière, mais Chip parvient à l'effacer de son ordinateur. Mégatron réussit vite à obtenir du scientifique l'endroit où se trouve la copie de secours, et les Décepticans s'emparent de l'enceinte du projet de fabrication d'anti-matière où ils retiennent Chip en otage. Hound et Mirage, à l'aide de leurs capacités exceptionnelles, s'arrangent pour infiltrer l'enceinte et pour faire sortir Chip. Les Autobots attaquent, mais Mégatron armé de l'anti-matière est trop puissant. Finalement, l'anti-matière devient trop instable et Mégatron doit s'en débarrasser.

Les jets Décepticans endommagent gravement Optimus Prime au cours de l'attaque d'une centrale électrique. Un groupe d'Autobots doit aller dans le laboratoire de Wheeljack sur Cybertron pour se procurer la pièce nécessaire, le Cosmitron, pour réparer Optimus. Les Décepticans attaquent pendant que les Autobots sont ainsi affaiblis, mais Optimus est réparé à temps pour faire face à Mégatron dans un combat singulier. Les Décepticans subissent une défaite et battent en retraite.

Les Autobots découvrent des fossiles de dinosaures dans leur grotte, ce qui amène Wheeljack à créer trois Dinobots à partir d'hologrammes pris par Hound : Grimlock, Slag et Sludge. Cependant, les Dinobots s'avèrent incontrôlables et sont définitivement désactivés après avoir endommagé Télétran 1 et plusieurs Autobots. Lorsque les Décepticans capturent la quasi-totalité des Autobots et sont sur le point de les éliminer, Wheeljack enfreint les ordres d'Optimus Prime et réactive les Dinobots. Ceux-ci parviennent à mettre en déroute les Décepticans, prouvant ainsi leur valeur : Optimus les réintègre parmi les Autobots.

Les Autobots réalisent qu'une attaque contre le Maharaja n'était qu'une diversion des Décepticans pour laisser l'Arche sans protection. Les cassettes Décepticans s'introduisent dans l'Arche et parviennent à capturer Sparkplug en profitant de la confusion générale. Sparkplug est emmené dans la base sous-marine des Décepticans où on lui place une hypno-puce pour en faire un esclave obéïssant aveuglément. L'hypno-puce a été créée par le nouvel allié humain de Mégatron, le Dr Arkeville, dans le but de créer une armée d'esclaves humains pour construire un Pont Spatial géant beaucoup plus puissant qui pourrait placer Cybertron elle-même dans l'orbite de la Terre. L'énergie libérée de ce fait serait convertie en Energon et facilement transportée sur Cybertron. Sparkplug est secouru par les Autobots qui le ramènent à l'Arche sans savoir qu'il est sous le contrôle du Dr Arkeville. Les Autobots sont attaqués par les Décepticans qui pénêtrent dans l'Arche après que Sparkplug, hypnotisé, ait saboté Téletran 1. Spike réussit à réparer Téletran 1, ce qui oblige les Décepticans à s'échapper. Les Autobots trouvent la position du nouveau Pont Spatial et l'attaquent, mais Optimus Prime est forcé d'ouvrir le Pont ou bien Cybertron, déjà en approche, sera détruite. Alors que Cybertron traverse le Pont Spatial, le climat terrestre commence à devenir apocalyptique.

Tandis que les Autobots luttent contre les éléments et les Décepticans, les esclaves de Mégatron sont perdus, ce qui incite les Décepticans à retourner à leur base pour en capturer plus. Les Autobots envoient les Dinobots lutter contre un déchaînement de raz-de-marées, d'inondations et de tremblements de terre pendant qu'ils mettent au point un plan mais le volcan qui abrite l'Arche entre en éruption, ce qui force Ironhide à l'obturer pour empêcher la perte de leur base. Quand Optimus découvre que Sparkplug a été emmené sur Cybertron, il envoie Skyfire, Trailbreaker, Wheeljack, Brawn, Bumblebee et Spike sur leur planète pour voler à son secours. Brawn, Bumblebee et Spike tombent dans un piège qui les conduit droit au laboratoire des Décepticans, où ils apprenent la vérité au sujet des hymno-puces. Sparkplug est retrouvé dans le laboratoire mais l'hypno-puce est acivée ce qui force Sparkplug à sonner l'alarme et à alerter les Décepticans de la présence des Autobots.

Les Autobots réussissent à s'échapper, mais n'ont pas d'autre choix que d'abandonner Sparkplug derrière eux. Ils se cachent dans le laboratoire de Wheeljack, où ils commencent à construire un appareil qui libèrerait les esclaves du contrôle des techno-puces. Sur terre, Optimus Prime et les autres Autobots parviennent à la base productrice d'énergie de Mégatron alors même qu'ils s'apprètent à subir un raz-de-marée. Sur Cybertron, Wheeljack utilise son appareil pour libérer Sparkplug et tous retournent sur la Terre. Les Autobots suivent Mégatron sur son île-poste avancé tandis que les esclaves chargent son vaisseau spatial avec les nouveaux cubes d'Energon créés. Mégatron découvre au passage une fois de plus la duplicité de Starscream, qui essaie de mettre au point sa propre méthode de création d'Energon. Il échappe aux foudres de Mégatron grâce à l'attaque des Autobots. Wheeljack libère le reste des esclaves avec son appareil et les Autobots infligent une défaite aux Decepticans. Mégatron , poussé dans ses derniers retranchements, tente de s'échapper dans son vaiseau spatial, mais il est abbatu par les Autobots et l'Energon à bord explose, ce qui replace Cybertron dans son orbite initiale. Les Autobots se remettent de leurs émotions pendant que Mégatron flotte dans l'espace en attendant de se venger.

Les Autobots et les décepticans se remettent des suites de la proximité de Cybertron avec la Terre. Mégatron revient pour diriger les Décepticans. Starscream entre par effraction dans le laboratoire du Dr Arkerville et connecte le générateur exponentiel qu'il trouve là à un chronomètre pour déclencher son explosion et détruire la Terre. Il s'en va ensuite sur Cybertron, d'où il récupèrera l'énergie libérée. Mégatron et Optimus Prime, prévenus par Shockwave, font équipe pour empêcher l'explosion ; Starscream revient pour trouver ce qui n'a pas marché, et est emmené de force par un Mégatron pas trop content...

Les Décepticans cherchent à canaliser l'énergie de la Terre vers un cristal au pôle nord. Ils y découvrent un Transformer enfoui sous la glace, Skyfire, et le raniment. Skyfire, un scientifique, s'était écrasé sur la Terre, avant que le vaisseau des Autobots ne s'écrase, pendant une mission d'étude avec Starscream. Il s'allie aux Décepticans à cause de Starscream, et il fait prisonnier Spike et Sparkplug sans que les Autobots puissent arrêter ce robot trop puissant. Cependant, lorsqu'il voit comment Mégatron traite ses prisonniers humains, il change de camp. Les Décepticans sont battus, mais Skyfire, incapable de reprendre de l'altitude, finit congelé dans la glace à nouveau.

Mégatron annonce qu'il a créé les Constructicans, pour fabriquer une machine capable de transférer les pouvoirs spécifiques de tous les Décepticans sur lui. Il défie ensuite Optimus Prime dans un combat singulier que celui-ci accepte en vertu d'un code d'honneur. Optimus Prime est vaincu, et les Autobots doivent tenir leur parole et quitter la Terre. Pendant de temps, les Constructicans se sont introduits dans le quartier général des Autobots pour désactiver Télétran 1 avant qu'il puisse révéler que Mégatron a triché. Ils doivent affronter les Dinobots et, même combinés en Dévastateur, sont battus par les Autobots lorsqu'ils ont découvert la vérité. Les Décepticans sont tous jetés dans un gouffre engendré par Slag.

Les Décepticans cherchent à canaliser l'énergie de la Terre vers un cristal au pôle nord. Ils y découvrent un Transformer enfoui sous la glace, Skyfire, et le raniment. Skyfire, un scientifique, s'était écrasé sur la Terre, avant que le vaisseau des Autobots ne s'écrase, pendant une mission d'étude avec Starscream. Il s'allie aux Décepticans à cause de Starscream, et il fait prisonnier Spike et Sparkplug sans que les Autobots puissent arrêter ce robot trop puissant. Cependant, lorsqu'il voit comment Mégatron traite ses prisonniers humains, il change de camp. Les Décepticans sont battus, mais Skyfire, incapable de reprendre de l'altitude, finit congelé dans la glace à nouveau.

Les Autobots et les Décepticans se déplacent pour élucider l'apparition de plusieurs nouveaux Transformers, les Insecticans. La première bataille oppose Skyfire aux Insecticans. Les Décepticans concluent une alliance avec eux, et volent du pétrole dans une raffinerie. Les Autobots s'interposent, mais sont sévèrement endommagés par les éclairs lumineux lancés par les Insecticans. Ils se rendent compte que s'ils se transforment, ils sont isolés de l'électricité par leur pneus en caoutchouc, et battent les Insecticans. Les Décepticans et les Insecticans finissent par se tourner les uns contre les autres.