Sparkplug crée l'Autobot X à partir de pièces de rechange. Au cours de son premier test, le robot devient fou et il est placé au rebut. Plus tard, Spike est gravement blessé pendant une bataille contre les Décepticans. Pour sauver sa vie, les Autobots transfèrent son esprit dans Autobot X de sorte que les médecins puissent opérer son corps. Avec un esprit instable et Mégatron qui le provoque, Autobot X se tourne contre les Autobots, mais revient à lui lorsqu'il manque de tuer Sparkplug. Le corps de Spike est sauvé lors de l'opération et l'esprit de Spike y est renvoyé. 

Wheeljack a inventé l'Immobilisateur, une nouvelle arme qui peut temporairement empêcher n'importe quel Transformer de se transformer. Les Décepticans parviennent à le voler, en partie parce que Carly ( première apparition ) distrait Ironhide de son guet. Pendant la bataille qui s'ensuit, Ironhide sauve Carly des Décepticans, mais ceux-ci ont rendu les effets de l'Immobilisateur permanents, de sorte que de plus en plus d'Autobots se retrouvent verouillés en mode véhicule. Avec l'aide de Brawn et de Jazz, Spike et Carly réussissent à inverser les effets de l'Immobolisateur et à sauver les Autobots. L'Immobilisateur est ensuite détruit. 

Powerglide et Bumblebee découvrent une île préhistorique remplie de dinosaures. Malgré les dernières mises au point réalisées par Whellkack, la démonstration de finesse et d'humour des Dinobots dans l'Arche tourne rapidement à la catastrophe. En conséquence, Optimus Prime décide d'isoler les Dinobots sur cette île, où ils apprendront à mieux se contrôler dans le feu de l'action et à mieux coopérer ensemble au combat. Les Décepticans ont vent de cette île et veulent exploiter ses nombreuses ressources naturelles pour augmenter leur puissance. Mégatron finit par découvrir que l'île est riche en énergie : les Décepticans arrivent sur l'île et continuent à convertir l'énergie en cubes d'Energon. Ils affrontent les Dinobots, mais Mégatron effraie quelques dinosaures et les utilise pour précipiter les Dinobots dans un puit de goudron où ils se retrouvent piégés. 

Le fait que les Décepticans volent de l'énergie pour remplir des cubes d'Energon provoque une discontinuité dans l'espace-temps, qui induit d'autres distorsions du temps au hasard à travers le reste du monde. Les Autobots doivent renvoyer des mamouths, des cow-boys et d'autres reliques historiques à travers les distorsions du temps avant qu'ils ne soient piégés dans le monde moderne. Les Autobots découvrent finalement la cause des distorsions du temps, et envoient une force pour arrêter les Décpticans sur l'île des Dinobots. Ils arrivent sur l'île, mais sont facilement refoulés. Tout ça ne s'annonce pas très bon, jusqu'à ce que les Dinobots se raniment et arrêtent les Décepticans. Optimus Prime observe qu'ils ont appris à mieux fonctionner en groupe et les autorise à revenir parmi les Autobots. 

Les Décepticans s'emparent d'une source instable de puissance ( des cellules électriques ) et cherchent à l'exploiter, avec l'aide des Insecticans. Le projet de Mirage consistant à monter les Insecticans et les Décepticans les uns contre les autres échoue lorsqu'il est sous la domination mentale de Bombshell. Sous l'influence des Insecticans, il conduit les Autobots dans un piège. Ratchet retire l'obus cérébral de Bombshell et apprend cependant la vérité. Dans une bataille finale avec Mégatron, les cellules électriques sont détruites. 

Les Autobots sont appelés par le docteur Fujiyama pour l'aider à protéger sa nouvelle invention, un robot ninja femelle. Profitant du fait que les Autobots n'engagent pas le combat pour éviter de blesser les humains qui évacuent la conférence, les Décepticans parviennent pourtant à s'en emparer et le modifient pour l'utiliser pour voler la puce de l'ordinateur des Autobots qui contient toutes les informations sur les sources d'énergie du monde entier. Elle réussit à voler la puce dans le quartier général des Autobots, mais elle doit affronter les Autobots qui la poursuivent et la piègent. Les Décepticans viennent à son secours, mais Starscream, qui craint d’être remplacé en tant que second, mène une fronde qui fait diversion. Les Décepticans pourchassent alors Starscream, qui s'enfuit, et abandonnent Nightbird et la puce aux Autobots. Nightbird est retournée au docteur Fujiyama sans avoir été endomagée. 

Gears, grognon en temps normal, est enlevé par les Décepticans au cours d'une attaque contre une mine où les Décepticans tirent avantage du fait que les Autobots refusent de combattre en risquant la vie des humains. Mégatron retire à Brawn une cellule de personnalité pour l'utiliser dans son dernier plan, une centrale d'énergie qui capte l'énergie du Soleil. Sans cette puce, Brawn devient excessivement amical avec eux. Les Autobots traversent la jungle africaine et parviennent à la centrale énergétique des Décepticans. Cliffjumper se dévoue pour court-circuiter le dôme protecteur mis en place par Mégatron mais le combat entre les Décepticans et les Autobots tourne à l'avantage des premiers. Optimus est sur le point d'être exécuté, et les autres Autobots jettent leurs armes malgré ses ordres de détruire la centrale d'énergie. Grâce à Brawn, devenu l'allié objectif des Décepticans à cause de son changement de personnalité, Optimus parvient à détruire la centrale. Les Décepticans sont mis en fuite, et le composant manquant à Gears lui est restitué. Celui-ci retrouve sa mauvaise humeur naturelle, et les Autobots retournent à leur base.

Les Décepticans découvrent un gouffre rempli de cristaux qui détruisent les mécaniques et ils inventent une machine qui duplique les Transformers. Les Décepticans dupliquent Optimus Prime et sèment la confusion chez les Autobots qui ignorent qui est le vrai Optimus. Les Autobots et les Décepticans combattent près du gouffre et la copie d'Optimus détruit une copie de Starscream pour incuire en erreur les Autobots. Ceux-ci sont prêts à suivre le faux Optimus dans le gouffre quand, sous le contrôle de Mégatron, la copie se trahit en n'accordant aucune importance à la santé de Spike. Les Autobots envoient le faux Optimus dans le gouffre et le détruisent. Les Décepticans abandonnent leur base dans le désert au cours de cet épisode. 

Atlantis, ville sous-marine occupée pardes créatures semi-humaines, est découverte par les cassettes Décepticans Laserbeak et Buzzsaw. La confrontation entre les Décepticans et les êtres des profondeurs marines aboutit finalement à une alliance qui fournit aux Décepticans des cubes d'énergon et permet à l'Atlantide d'émerger à nouveau. Les Autobots Wheeljack, Brawn, Bumblebee sont envoyés pour étudier le problème, mais Wheeljack est capturé. Le roi d'Atlantide l'utilise pour mettre au point une arme qui paralyse les Autobots, et qui prive les Décepticans de presque toute leur mobilité. Les Décepticans en profitent pour semparer de Washington D.C. et Mégatron s'assoit sur le trône d'une statue. Les Autobots affrontent les Décepticans dans Washington, et l'aide des Dinobots leur procure l'avantage. Atlantis est finalement détruite dans une bataille finale où les Dinobots jouent un rôle très efficace de démolisseurs

Mégatron modifie les chargeurs énergétiques des Autobots pour les faire passer dans son camp. Jazz et Bumblebee, qui ne s'étaient pas rechargés, ainsi que Sparkplug, tâchent de ramener les Autobots à la raison et d'empêcher Mégatron de s'emparer d'un satellite solaire énergétique. Après avoir reconverti les Autobots, Jazz anéantit la fusée des Décepticans en même temps que leurs espoirs de retourner sur Cybertron avec le satellite. 

Mégatron s'est procuré un nouveau super-composant énergétique, le « Coeur de Cybertron », dans un vaisseau Déceptican écrasé. Cette pièce est particulièrement instable, et peut exploser de manière catastrophique à tout moment. Perceptor, Brawn et Bumblebee sont réduits à une taille microscopique pour se faufiler à l'intérieur de Mégatron, temporairement endormi, et retrouver le composant. Le recherche s'avère difficile en raison du système immunitaire de Mégatron et de la querelle entre Brawn et Perceptor au sujet de la supériorité de l'esprit sur la force, mais Perceptor gagne finalement le respect de Brawn pendant que le trio retrouve le composant, parvient à s'échapper de Mégatron et à détruire le composant à la dernière minute. 

Grapple a conçu une tour concentrant l'énergie solaire, mais Optimus n'autorise pas sa construction en raison du fait que ce serait trop difficile à défendre et que Mégatron risquerait de s'en emparer. Hoist et Grapple vont bouder dans le désert et les Constructicans les abusent en leur faisant croire qu'ils ont déserté. Ils construisent la tour, soi-disant pour leur plaisir, mais lorsqu'elle est finie, les Constructicans la livrent à leur chef et les Autobots doivent la détruire. 

Les Autobots et les Insecticans engagent une bataille dans la forêt où les Insecticans dévorent les arbres. Après avoir battu les Autobots, les Insecticans suivent les Décepticans dans une base qui contient une source d'énergie dont les Insecticans se repaissent, ce qui les transforme en de gros insectes mais les rend aussi très instables. Au cours de l'opération, ils prennent le contrôle de Soundwave et en font un esclave grâce à une capsule cérébrale de Bombshell et endommagent gravement Wheeljack et Ironhide, ce qui oblige les Autobots à battre en retraite. Bientôt, Mégatron et Starscream réalisent que Soundwave et tous les autres Décepticans sont sous le contrôle des Insecticans. Bombshell envoie deux capsules cérébrales, dont une touche Starscream, qui devient contrôlé, et l'autre est détruite par Mégatron avant qu'elle ne le frappe. Optimus prévient Mégatron du fait que toute explosion touchant un des Insecticans pourrait détruire tout le monde. Les Autobots créent trois antidotes pour empêcher cela. Mégatron est forcé de coopérer avec les Autobots, et il se transforme pour lancer les antidotes. Bombshell et Kickback sont sauvés et reviennent à leur taille normale, mais Shrapnel explose avant que l'antidote administré par Spike agisse. Les Décepticans sont libérés de la férule des Insecticans et Bombshell reconstruit Shrapnel. Les Insecticans battent en retraite devant les Décepticans qui les pourchassent. 

Mégatron reprogramme Torq III, un super-ordinateurn, pour qu'il lui obéisse. Il l'utilise pour dévier des cargos pétroliers vers une plateforme sous son contrôle. Optimus Prime détruit l'ordinateur ;les Autobots attaquent la plateforme et s'enfuient pendant qu'elle s'auto-détruit. 

Mégatron complote avec un politicien humain et s'arrange pour que les Autobots apparaissent comme nuisant aux intérêts terrestres. Les Autobots sont placés dans une navette et envoyés sur Cybertron, mais ils s'apperçoivent que Mégatron a modifié le trajet pour les envoyer finir leur course dans le soleil. Pendant ce temps, Spike découvre sur terre la vérité. Les Autobots reviennent sur terre, pauvres en énergons, mais sont tout de même capables de vaincre les Décepticans. 

Mégatron complote avec un politicien humain et s'arrange pour que les Autobots apparaissent comme nuisant aux intérêts terrestres. Les Autobots sont placés dans une navette et envoyés sur Cybertron, mais ils s'apperçoivent que Mégatron a modifié le trajet pour les envoyer finir leur course dans le soleil. Pendant ce temps, Spike découvre sur terre la vérité. Les Autobots reviennent sur terre, pauvres en énergons, mais sont tout de même capables de vaincre les Décepticans. 

Red Alert s'est toujours montré un peu agité, mais il dépasse les bornes quand une explosion secoue ses circuits pendant qu'il aidait à garder un tank meurtrier. Il croit qu'Optimus s'apprête à le remplacer et s'enfuit épouvanté. Starscream est une fois de plus chassé par les Décepticans et cherche un moyen de s'emparer du tank. Finalement, Red Alert s'allie avec Starcream : les Autobots doivent retrouver le tank et réparer les circuits de Red Alert avant qu'il ne s'autodétruise; c'est à Inferno que revient la tâche de sauver son vieil ami. 

La vile de New York est transformée par Mégatron en une ville d'acier. Optimus Prime est capturé et découpé en morceaux. Les Autobots doivent retrouver les différentes parties d'Optimus dispersées à travers la ville. 

Les Transformers commencent à souffrir des effets du manque d'un élément rare, le Cybertonium, qui n'existe pas sur terre. Les Dinobots, construits sur terre, ne sont pas affectés mais, lassés de faire toujours le sale boulot des Autobots, ils s'en vont sur Cybertron. Les Décepticans se procurent leur stock à travers le Pont Spatial, mais les Autobots ont besoin de l'aide des Dinobots pour obtenir le leur. Carly et Spike les suivent sur Cybertron et font équipe avec Swoop, seul Dinobot rescapé d'une embuscade. Ensemble, ils sauvent les autres Dinobots, capturés, et après une brève leçon d'histoire, les Dinobots sont convaincus de retourner sur terre avec le Cybertonium des Autobots. 

Les Transformers commencent à souffrir des effets du manque d'un élément rare, le Cybertonium, qui n'existe pas sur terre. Les Dinobots, construits sur terre, ne sont pas affectés mais, lassés de faire toujours le sale boulot des Autobots, ils s'en vont sur Cybertron. Les Décepticans se procurent leur stock à travers le Pont Spatial, mais les Autobots ont besoin de l'aide des Dinobots pour obtenir le leur. Carly et Spike les suivent sur Cybertron et font équipe avec Swoop, seul Dinobot rescapé d'une embuscade. Ensemble, ils sauvent les autres Dinobots, capturés, et après une brève leçon d'histoire, les Dinobots sont convaincus de retourner sur terre avec le Cybertonium des Autobots.

Blaster se sent mal apprécié dans ses capacités à marteler des mélodies. Pourtant, les ondes radios submergent la Terre quand Mégatron utilise un emetteur sur la Lune pour brouiller tous les signaux radio. Les Autobots aident les humains privés de radio du mieux qu'ils peuvent, pendant que Cosmos et Blaster essaient de stopper les Décepticans. Ils sont capturés mais Blaster utilise sa propre musique pour brouiller l'émetteur radio des Décepticans. Pendant ce temps, Oméga Suprême et Astrotrain s'affrontent pour le contrôle de la base radio. 

Warpath, Hoist et Spike combattent Starscream, Ravage, Rumble et Ramjet quand, poursuivis par les Autobots, les Décepticans s'enfuient dans une grotte et tous sont transportés au Moyen-Age. Les Décepticans se rallient à un lord, tandis que les Autobots se rallient au Roi Arthur, dont Spike est amoureux de la fille. Spike se procure une armure et chevauche Warpath dans une joute contre Rumble et Ramjet. La joute n'est pas très spectaculaire parce que les Transformers manquent de carburant. Les Décepticans enlèvent la fille du Roi Arthur et parviennent à repousser les Autobots car leur lord leur a fourni une source d'énergie... juste avant qu'ils ne le trahissent, bien entendu. Ils tirent aussi avantage d'une poudre à canon primitive qu'ils ont réalisée. Les Autobots remportent finalement la victoire et la fille accepte de se marier à son ravisseur. Les Transformers retournent dans la grotte accompagnés d'un magicien qui réussit à les renvoyer dans leur époque après qu'ils ont noyé un dragon pour entrer dans la grotte. Ils se retrouvent au milieu de la bataille qui ouvre l'épisode. 

Cosmos découvre une source dénergie sur Titan, une des lunes de Saturne, mais il est pourchassé et désactivé par Astrotrain. Celui-ci persuade les habitants de Titan de l'adorer comme un dieu et de l'aider à exploiter les cristaux d'énergie. Oméga Suprême, avec Perceptor et Jazz à son bord, arrive et finalement chasse les Décepticans. 

Mégatron construit un trépan pour atteindre le centre de la Terre et en exploiter l'énergie, malgré les avertissements de Starscream qui annonce que cela détruira la planète. Les Autobots, pendant ce temps, ont découvert un moyen de contrôler Dévastator. Au cours de leur attaque contre le trépan, Mégatron parvient cependant à activer un système de contre-mesure. Les signaux opposés rendent Dévastator fou. Seule la coopération entre les Autobots et les Décepticans permet de le contrôler à nouveau. Dévastator détruit le trépan, et la Terre est sauvée. 

Tracks est volé par un humain et ses capcités à parler et à se transformer sont perdues. Une fois reconnecté, il révèle qui il est en réalité et tous les deux tâchent de découvrir que les Décepticans ont embauché des humains pour voler un total de 500 voitures qu'ils sont en train de convertir. Les voitures contrôlées par les Décepticans sont lachées et les Autobots se dispersent dans la ville pour les arrêter. Ils sont pourtant largement submergés quand toutes les voitures deviennent des drones Décepticans. Les drones sont finalement stopés par Blaster qui brouille leurs signaux de téléguidage. 

Les Autobots participent à un spectacle de cascades et à une course pour des oeuvres de bienfaisance, mais les Décepticans emploient un appareil pour les bloquer en mode véhicule. Alertés par Hound, les quelques Autobots absents de la course parviennent à libérer leur amis. 

Un groupe d'Autobots composé de Beachcomber, Smokescreen, Powerglide, Seaspray et Perceptor affrontent Mégatron et plusieurs Décepticans. Beachcomber et Thrust se retrouvent isolés du groupe dans la bagarre et aboutissent dans une forêt. Beachcomber découvre un lagon caché recèlant une mare remplie d'électrum. Malheureusement, Thrust découvre que, recouvert de l'électrum, on devient invulnérable. Les Décepticans s'enduisent d'électrum et infligent aux Autobots une défaite sévère. Finalement, les Autobots comprennent ce qui se passe, découvrent la mare d'électrum et s'en recouvrent. Mégatron essaie de détruire l'électrum avant cela, mais les Autobots arrivent juste avant les Décepticans et se baignent dans le liquide. Une court temps mort s'ensuit, mais le revêtement des Décepticans disparaît et ils s'enfuient; toutefois, avant de partir, Mégatron détruit la mare d'électrum et l'explosion détruit toute la vie alentour. Le beau lagon est dévasté et Beachcomber est horrifié par ce qu'il a apporté dans la forêt. 

Cosmos, Spike et Bumblebee ramènent un insecticide robotique sur la Terre pour arrêter les Insecticans quand ils sont contaminés par des plantes robotiques appelées Morphobots. Ils parviennent à s'enfuir mais apportent sans le savoir les plantes avec eux ; Cosmos s'écrase et les Morphobots se multiplient rapidement. Les Décepticans comprennent ce qui se passe et essaient d'obtenir de l'insecticide pour eux-mêmes. Les Autobots se débarassent des Morphobots grâce à la musique de Blaster, mais l'insecticide est détruit. Les Insecticans essaient de se nourrir des Morphobots, mais sont en fait dévorés par les plantes, à l'exception des trois Insecticans originaux Bombshell, Kickback et Shrapnel qui s'échappent. Les Autobots lancent les Morphobots dans l'espace à bord d'une fusée. 

Oméga suprême raconte son histoire à Optimus Prime : il était le gardien de la Cité de Cristal sur Cybertron. Il était ami là-bas avec les Conctructicans jusqu'à ce que Mégatron modifie leur personnalité et qu'ils détruisent la cité en bernant Oméga Suprême. Depuis, ils cherche à se venger et il les a poursuivi jusque sur terre. 

Au cours d'un accident catastrophique avec le Pont Spatial, les Autobots et les Décepticans se retrouvent transportés dans un autre monde où ils ont la taille de jouets. Un enfant aide les Autobots, mais les autres extra-terrestres les croient dangereux et veulent les disséquer. Ils s'échappent finalement grâce à une fusée jouet modifiée par Perceptor. 

En route pour la Terre depuis la planète des géants, les Autobots sont capturés et vidés de leur énergie par un joueur escroc. Smokescreen n'est pas touché et s'associe avec ce personnage pour gagner assez d'énergon au jeu pour recharger le vaisseau et les Autobots. Les décepticans Astrotrain, Dirge et Ramjet tentent de s'en mêler mais sont chassés avec l'aide d'un autre Autobot, Defcon. 

Shockwave découvre que les Autobots femelles se sont attaquées aux réserves d'énergon des Décepticans. Mégatron envoie Starscream et quelques autres Décepticans capturer leur chef, Elita-1. Ils y parviennent et obligent Optimus Prime à venir sur Cybertron la sauver. Il est capturé et exécuté par Starscream. Elita-1 utilise ses capacités à arrêter le cours du temps et sauve Optimus mais elle manque d'y laisser la vie. Seul Alpha Trion parvient à la sauver. Pendant ce temps, Powerglide, Inferno et Ironhide sont venus chercher Optimus et ils joignent leurs efforts à ceux des Autobots femelles pour repousser les Décepticans. Cet épisode nous apprend aussi qu'Alpha Trion est le créateur d'Optimus Prime et d'Elita-1.

Mégatron utilise un club de danse pour jouer une musique hypnotique qui oblige les humains à l'aider à construire des immeubles. Tracks et Blaster s'infiltrent dans la place avec l'aide de leur ami Raul et sa bande. Raul trouve le meilleur remède contre la musique hypnotique : une éclaboussure d'eau. Tracks libère les humains pendant que Blaster affronte Soundwave en combat singulier. 

Un chasseur britannique, particulièrement typique, veut se procurer le trophée ultime, la tête d'Optimus Prime, pour l'accrocher au-dessus de sa cheminée. Il s'arrange pour tendre plusieurs pièges subtils à d'autres Autobots, dont Grapple, Inferno, Brachcomber et Blaster, et les retient prisonniers dans son château. Optimus affronte plusieurs pièges compliqués, et délivre naturellement ses camarades avant de repartir... avec sa tête ! 

Une adolescente riche et gâtée est attaquée par les Décepticans au cours d'un carnaval organisé pour son anniversaire. Powerglide la sauve, et elle tombe amoureuse de lui. Elle tente de l'accompagner, mais les Décepticans, qui croient qu'elle détient le secret de la dernière invention de son père, la capturent à nouveau. Ils essaient d'extraire l'information de son cerveau, sans succès. Powerglide est sévèrement endommagé en allant à son secours. Elle regarde le médaillon que son père lui avait recommandé de ne jamais quitter, qu'elle sait contenir le secret de l'invention, et le jette dans une machine, ce qui sauve Powerglide. Powerglide ouvre la porte de sa poitrine et on voit une esquisse de coeur lumineux. 

Blitzwing et Astrotrain sont mécontents de leur rang chez les Décepticans et décident de prendre le pouvoir. Ils trompent Starscream et le font tomber dans un piège avec Mégatron. Blitzwing s'empare d'un stade et enlève un entraineur de fottball en le prenant pour un génial stratège. Les Constructicans construisent une forteresse labyrinthe autour du stade et incorporent quatre Autobots dans un trône après les avoir fait chuter. Pendant ce temps, Astrotrain fabrique une "armée" de rames de métro et les utilise pour amasser de l'énergie. Mégatron parvient à se libérer et met fin à la rebellion. 

Seaspray tombe amoureux d'une fille sur une autre planète. Celle-ci est une guerrière rebelle qui combat un robot nommé Déceptitran. Grâce à une mare qui peut les changer en ce qu'ils veulent, Seaspray et la fille se métamorphosent en hommes-poissons et rejoignent la base sous-marine des rebelles. Au cours de cet épisode, Rumble est piégé et transformé en arbre. 

Hoist sauve quelques cascadeurs dans un film à Hollywood et on lui demande de jouer lui-même. Il est vite rejoint par Tracks, Warpath, Sunstreaker et Powerglide, qui s'intéressent tous au cinéma. Ils tombent involontairement sur les Décepticans qui tâchent de secourir Dirge, qui revient de Cybertron avec une machine volée dans le laboratoire de Wheeljack, et qui s'est écrasé sur les studios. Les Décepticans sont mis en fuite et Wheeljack révèle que la machine n'avait de toute façon jamais marché. 

Les Dcepticans partent à la recherche de Vector Sigma dans le but de donner la vie à de nouveaux guerriers, les Cascadicans, ce qui doit leur donner l'avantage au sol sur les Autobots. Ces derniers les poursuivent sur Cybertron, mais les Décepticans se procurent la clé de Vector Sigma et donnent la vie aux Cascadicans. Accidentellement, les Décepticans découvrent que la clé possède le pouvoir de transmuter la matière organique en métal : Mégatron projette alors de faire de la Terre une deuxième Cybertron. Pour les arrêter, les Autobots créent les Aérialbots mais, sans la clé, Alpha Trion doit fusionner avec Vector Sigma pour y parvenir. Lorsque le chef des Aérialbots, Silverbot, parvient à surmonter sa peur de l'altitude héritée de ses origines de cargo, les Aérialbots battent les Cascadicans. 

Les Dcepticans partent à la recherche de Vector Sigma dans le but de donner la vie à de nouveaux guerriers, les Cascadicans, ce qui doit leur donner l'avantage au sol sur les Autobots. Ces derniers les poursuivent sur Cybertron, mais les Décepticans se procurent la clé de Vector Sigma et donnent la vie aux Cascadicans. Accidentellement, les Décepticans découvrent que la clé possède le pouvoir de transmuter la matière organique en métal : Mégatron projette alors de faire de la Terre une deuxième Cybertron. Pour les arrêter, les Autobots créent les Aérialbots mais, sans la clé, Alpha Trion doit fusionner avec Vector Sigma pour y parvenir. Lorsque le chef des Aérialbots, Silverbot, parvient à surmonter sa peur de l'altitude héritée de ses origines de cargo, les Aérialbots battent les Cascadicans. 

Quelque part en Arabie, les Décepticans et un trafiquant d'armes ont jeté le prince local hors de son palais et utilisent ses ressources pour voler des morceaux d'avion. Les avions sont désassemblés, remontés en véhicules d'aspect anodin pour leur transport, et ensuite démontés pour construire une forteresse volante. Les Aérialbots sont envoyés enquêter, et Sky Dive et Slingshot restés sur place pour enquêter sont démontés partiellement. Leur ami Hassan, un adolescent, les aide à se reconstruire. Il manque toujours une console de tir à Slingshot lorsque les autres Aérialbots s'attaquent aux Combaticans et à la forteresse volante. Avec Hassan, Slingshot termine ses réparations à temps pour former Supérion et vaincre Bruticus. A la surprise générale, Hassan se révèle être le prince évincé.

Après plusieurs escarmouches avec les Cascadicans, les Autobots parviennent finalement à les capturer tandis qu'ils essaient de voler de mystérieuses pièces mécaniques. Les Autobots les isolent dans des cellules spéciales, ce qui les empêche de former Menasor. Wheeljack met alors au point une peinture de camouflage pour permettre aux Autobots de se déguiser en Cascadicans et d'approcher Mégatron à son insu. Sideswipe, Optimus, Mirage, Windcharger et Jazz se déguisent en Breakdown, Motormaster, Dragstrip, Wildrider et Dead End pour savoir à quoi sont destinées les pièces. La ruse réussit et ils découvrent que les pièces sont destinées à un super-laser. Malheureusement, Breakdown endommage sa cellule et s'échappe. Il libère les autres Cascadicans, tous ensemble forment Menasor et ils retournent à la base des Décepticans pour prévenir Mégatron. Quand ils arrivent à la base, Mégatron ne peut reconnaître le vrai groupe de Cascadicans du faux. Pour cela, il leur ordonne de former Menasor : les voitures incapables de le faire seront détruites. A la surprise générale, les deux groupes y parviennent, car Optimus demande à Windcharger d'utiliser son champ magnétique pour les maintenir assemblés pendant que Mirage crée l'illusion de Menasor. Toutefois, le vrai Menasor frappe le faux qui se désassemble. La ruse mise à jour, les Autobots s'arrangent pour détruire le laser soustrait de justesse aux Décepticans. 

Un million de dollars va être offert à une organisation caritative à l'occasion d'une course qui traverse l'Europe et à laquelle plusieurs Autobots participent. La course est perturbée par les Décepticans qui cherchent à se procurer la Perle de Youdine, suceptible de contrôler le climat. Pour la conserver, ils ont besoin du métal de la voiture d'un concurrent très snob, Augie Canay. Les Cascadicans se débarrassent de la plupart des Autobots au cours de la course : seuls Bluestreak, Tracks et Bumblebee restent en course pour retrouver la perle et la voiture d'Augie. Augie sacrifie sa voiture pour éliminer Menasor et Bumblebee détruit la perle libérée de sa gangue. 

Les Autobots et les Aérialbots voyagent jusqu'à Cybertron grâce à Oméga Suprême pour empêcher le dernier plan de Mégatron. La naïveté des Aérialbots les fait tomber dans un piège tendu pas les Décepticans qui les envoie au commencement du temps. Cependant, grâce à l'intervention des Autobots, ils sont seulement transportés neuf millions d'années plus tôt. Ils assistent à la création d'Optimus Prime et d'Elita-1 par Alpha Trion à partir de deux Transformers détruits par Mégatron, Orion Pax et Arial. Le chronosphère réparé, les Aérialbots reviennent à leur époque, avertis cette fois de la duplicité de Mégatron. 

Les Décepticans meurent de la rouille cosmique que Mégatron a attrapée dans une planète de robots perdue. Ils enlèvent Perceptor pour effectuer un diagnostic et trouver un remède. Perceptor révèle que le remède est l'élément X, que les Autobots ont employé pour recouvrir la Statue de la Liberté. Les Décepticans se procurent l'élément pour se guérir mais infectent Perceptor et, lorqu'il est secouru, les autres Autobots. Blaster apprend d'un message radio de Cosmos qu'il ne reste plus d'élément X dans l'espace. Les Autobots livrent bataille aux Décepticans près de la Statue de la Liberté pour récupérer un peu d'élément X. Les Autobots l'emportent et retournent à leur quartier général pour se guérir. 

Assez bizarrement, un être énergétique de toute petite taille apparaît qui court partout en hurlant "Kremseek! Kremseek!". Il passe dans les lignes électriques et aboutit au Japon. Un scientifique japonais apporte son aide aux Autobots. Puis, une armée de petits Kremseeks fusionne en un Kremseek géant que les Autobots envoient vers la base des Décepticans en utilisant l'aimant énergétique des Décepticans. 

Starscream est banni par Mégatron dans une île où il découvre les restes de véhicules de la seconde guerre mondiale. Il lui vient l'idée de voler cinq composants de personnalité sur Cybertron et de les installer dans les véhicules transformés en guerriers, les Combaticans. Il les utilise pour prendre sa revanche sur Mégatron qui n'arrive pas à les arrêter, même avec l'aide de Dévastator. Les Stunticans interviennent à la dernière minute et Bruticus est vaincu. Starscream et les Combaticans sont envoyés sur un astéroïde. 

Starscream rejoint Cybertron où il continue à comploter contre Mégatron. La Terre est envoyée vers le Soleil par le pont spatial, et les Protectobots évacuent des humains placés dans des situations périleuses. Mégatron et Optimus s'associent pour arrêter Bruticus, qui se trouve hors de contrôle sur Cybertron. Starscream accepte de révéler les points faibles de Bruticus qui est apparement vaincu. En fait, il s'agit d'une copie; Mégatron a pris le contrôle des Combaticans et Optimus a été berné. 

Trois étudiants d'université doivent réaliser un projet scientifique, et ils finissent par créer B.O.T. Pendant ce temps, les Protectobots affrontent les Combaticans qui essaient de se perfectionner à l'insu de Mégatron. Finalement, Défensor détruit tous les Combaticans, sauf Swindle qui réussit à s'échapper. Swindle revend les pièces de ses camarades, mais lorsque Mégatron l'apprend, il se met en colère et place une bombe dans la tête de Swindle qui explosera au bout d'un certain temps si celui-ci se réussit pas à reconstruire les autres Combaticans. Dans l'intervalle, les trois étudiants cherchent à se procurer un ordinateur pour faire fonctionner leur robot. Ils pensent avoir trouvé ce dont ils ont besoin lorsqu'ils ramassent la personnalité de Brawl. Lorsque celle-ci est placée dans le robot, il devient fou et se déchaîne à travers toute la ville. Swindle reconstruit les Combaticans, mais sans la personnalité de Brawl, ils s'avèrent incapables de former Bruticus. Swindle découvre B.O.T., replace la personnalité de Brawl chez son propriétaire. Mégatron conduit les Décepticans au quartier général des Autobots, car il possède une nouvelle arme capable de faire disparaître le vaisseau et les Autobots. Les Protectobots sont appelés à la rescousse et s'assemblent pour former Défensor. Celui-ci met en place un bouclier qui permettra de gagner du temps. Les étudiants réussissent à télécommander leur robot, qui sauve la situation en explosant à côté du canon.