Rex, Cody et Clone Force 99, une escouade d'élite peu orthodoxe également connue sous le nom de Bad Batch, cherchent à récupérer l'algorithme de stratégie de la République auprès de l'Amiral Trench. Mais une vérité obsédante attend.

Estimant que le soldat du MIA, Echo, est peut-être encore en vie, la mission de Rex devient doublement importante. Aux côtés des Bad Batch et d'Anakin Skywalker, le capitaine clone lance un dangereux sauvetage secret.

Avec Echo récupéré, Rex, Bad Batch et Anakin Skywalker cherchent à se frayer un chemin hors d'une base séparatiste.

Après avoir quitté l'Ordre Jedi, Ahsoka Tano se retrouve dans le monde souterrain de Coruscant où elle rencontre l'aspirant pilote Trace Martez. Engagée par la sœur de Trace, Rafa, pour aider à construire des droïdes dangereux, Ahsoka choisit de garder son Jedi secret.

Rafa accepte une mission pour livrer une charge d'épices de Kessel au syndicat du crime de Pyke sur Oba Diah, et utilise Trace et son vaisseau auto-construit, le Silver Angel, pour le travail.

Après avoir été emprisonnées par les Pykes, Ahsoka Tano et les sœurs Martez réussissent une fuite audacieuse.

Croyant qu'elles seront mieux sans elle, Ahsoka conclut un accord pour libérer les sœurs Martez et tente bientôt de s'échapper, mais elle est choquée de la découverte du véritable cerveau derrière l'opération d'épices de Pyke.

Ahsoka Tano tend la main à Anakin Skywalker et Obi-Wan Kenobi cherchant de l'aide pour sécuriser la capture d'un adversaire de longue date et de l'ancien Sith Lord Maul, mais la nouvelle de l'attaque de Grievous contre Coruscant et la capture de Palpatine obligent les Jedi à prendre une décision difficile.

Ahsoka conduit les clones de la République à affronter les forces de Maul sur Mandalore, tandis que Maul sent le chaos imminent et fait un jeu calculé pour assurer sa propre survie.

Après avoir réussi à capturer Maul sur Mandalore, Ahsoka prévoit de le livrer au Conseil Jedi de Coruscant. Lorsque l'Ordre 66 est déclaré au milieu de son voyage, son monde est bouleversé. Les amis deviennent des ennemis et les ennemis deviennent des alliés

A la suite de l'Ordre 66, Ahsoka et Rex doivent travailler ensemble pour survivre.