Le soldat clone Tup souffre d'un trouble neurologique grave qui entraîne la mort d'un maître Jedi. Essayant de trouver les motifs de l'assassinat, Anakin escorte Tup sur Kamino pour l'examiner, mais ils sont attaqués par les Séparatistes.

Tup subit un examen médical dans les laboratoires stériles de Kamino pour trouver les motifs de son attaque choquante sur le maître Jedi. Pour réussir l'examen, Fives doit saisir les profondeurs de l'esprit de Tup, où il trouve un code secret dans le programme de clonage de la République.

Tup est transporté vers Coruscant, où son corps doit être examiné par le médecin personnel du chancelier. Fives étudie également la question et découvre que le code a été caché dans les esprits de tous les clones...

Fives essaye de trouver des réponses en ce qui concerne les actions mystérieuses de Tup. Espérant parler personnellement avec le chancelier Palpatine, Fives se retrouve soudainement accusé d'avoir tenté d'assassiner le chancelier...

Lors d'une mission sur la planète Scipio, la sénatrice Padmé Amidala entre en contact avec Rush Clovis qui lui demande de l'aide. Après avoir pris position contre la corruption de sa planète, Clovis est devenu la cible du chasseur de primes Embo. Avec Padmé, il essaie maintenant de quitter sa planète et obtenir de l'aide...

De retour sur Coruscant, Clovis conclut un accord douteux devient le chef de son clan qui est profondément plongé dans la corruption. Anakin ne faisant pas confiance à Clovis, provoquera des tensions dans sa relation avec Padmé

Après avoir conclu un accord avec le comte Dooku, Clovis se retrouve entraîné dans la guerre. Depuis qu'il a apporté la guerre sur sa planète natale Scipio, la République est maintenant obligée d'intervenir.

Le monde paisible de Bardotta se voit menacé par une ancienne prophétie. Depuis tous les temps ses chefs spirituels ont disparu, les habitants de Bardotta demandent à leur représentant du Sénat un appel à l'aide. Jar Jar Binks se chargera de convaincre le maître Jedi Mace Windu de répondre à cette question qui est d'une importance capitale...

Afin d'accomplir une sombre prophétie, un culte mystérieux kidnappe Julia, reine de la planète Bardotta. Désormais, le maître Jedi Mace Windu et le représentant du Sénat Jar Jar Binks doivent fournir tous les efforts possibles pour stopper le culte. S'ils ne réussissent pas, le culte pourrait relâcher un pouvoir immense...

Le maître Jedi Sifo-Dyas est mort dans des circonstances mystérieuses des années auparavant. Alors qu'une mission secrète Jedi découvre son sabre laser par hasard, maître Yoda, Obi-Wan Kenobi et Anakin Skywalker relancent l'enquête sur la mort de Sifo-Dyas. Afin qu'ils ne découvrent pas les tréfonds de la conspiration Sith, Dark Sidious ordonne à son subordonné Dark Tyranus d'effacer toutes les traces...

Maître Yoda est confus lorsqu'il entend la voix de son vieil ami Qui-Gon Jinn dans sa tête. Car il sait que même un Jedi ne peut pas parler aux vivants depuis le royaume des morts. Le Conseil Jedi est irrité par le comportement de Yoda et voudrait l'examiner en détail. Mais avec l'aide d'Anakin, Yoda s'échappe de l’hôpital et se met lui-même en quête des voix.

Guidé par la Force, Yoda voyage vers le cœur de la galaxie. Là, sur une planète sur laquelle il découvre l'origine de la Force, il doit passer de difficiles épreuves. C'est seulement en les réussissant que les Sages pourront lui enseigner les plus profonds mystères de la Force...

Sur Korriban, le monde natal des Sith, l'heure est venue pour Yoda de passer sa dernière épreuve. C'est seulement après qu'il apprendra le secret le mieux gardé de son ordre. Mais auparavant, un ennemi très puissant attend...