El cadete clon Tup está sufriendo un trastorno neurológico grave porque causó la muerte de un maestro Jedi. Tratando de encontrar los motivos del asesinato, Anakin acompañando a Tup de vuelta a Kamino para el examen, pero luego son atacados por los Separatistas…

El cadete clon Tup tiene un examen médico en los laboratorios estériles de Kamino para encontrar los motivos de su ataque impactante al maestro Jedi. Para que el examen tenga éxito, el cadete Cincos debe entrar en la profundidad de la mente de Tup, donde encuentra una manipulación con códigos secretos en el programa de clonación de la República.

El cadete clon Tup es transportado de vuelta a Coruscant, donde su cuerpo debe ser examinado por el personal médico del Canciller. El cadete Cincos también está investigando el asunto y descubre que un código modificado se ha ocultado en la mente de todos los clones…

Cincos todavía está tratando de encontrar respuestas acerca de las misteriosas acciones del cadete clon Tup. Con la esperanza de hablar personalmente con el canciller Palpatine, Cincos se encuentra a sí mismo de repente acusado de intentar asesinar al Canciller.

Mientras que está en una misión humanitaria al planeta Scipio, el antiguo amor de Padmé Amidala llamado Rush Clovis se pone en contacto con ella para pedirle ayuda. Después de haber hecho una postura en contra de la corrupción en su planeta, Clovis se ha convertido en el blanco del cazarecompensas Embo. Junto con Padmé, ahora trata de salir de su planeta y buscar ayuda.

De vuelta a Coruscant, Clovis hace un trato dudoso de convertirse en el líder de su clan que está profundamente sumido en la corrupción. Anakin no confía en Clovis, causando tensiones en su relación con Padmé.

Después de haber hecho un trato con el Conde Dooku, Clovis se encuentra exhausto en la guerra. Como que era él quien trajo la guerra a su planeta de origen, Scipio, la República está obligada a intervenir.

Con el fin de cumplir una profecía oscura, una entidad misteriosa secuestra a Julia, la reina del planeta Bardotta. Ahora, el Maestro Jedi Mace Windu y su representante en el Senado Jar Jar Binks tienen que darlo todo con el fin de detener al secuestrador. Si fracasan, podrían desatar una fuerza terrible.

El maestro Jedi Sifo-Dyas murió en circunstancias misteriosas hace años. En una misión secreta de los Jedi, accidentalmente encuentran su espada láser, y Anakin Skywalker, Obi-Wan Kenobi y el Maestro Yoda investigan la muerte de Sifo-Dyas nuevo. Para evitar que descubran la conspiración Sith, Darth Sidious ordena a su siervo Darth Tyranus para borrar todos los rastros.

Yoda se encuentra profundamente inestable cuando oye la voz de su amigo fallecido Qui-Gon Jinn en su mente, porque sabe que ni siquiera un Jedi puede hablar con los del más allá. El consejo Jedi está preocupado por el comportamiento de Yoda y lo quiere examinar más a fondo. Pero con la ayuda de Anakin, Yoda puede escapar del hospital y se dispone a encontrar el origen de la voz por sí mismo.

Guiados por la Fuerza, Yoda viaja al corazón de la Galaxia. Allí, en el planeta donde se encuentra el origen de la Fuerza, debe afrontar pruebas difíciles. Sólo serán los sabios de allí los que consideren que Yoda es digno de aprender los misterios más profundos de la Fuerza.

En Korriban, el planeta natal de los Sith, ha llegado el momento de Yoda para pasar su prueba final. Sólo entonces deberá aprender el secreto mejor guardado de su orden, pero primero le espera un enemigo mucho más poderoso.