Maul y Savage Opress siguen causando estragos en la galaxia. Como parte del plan malvado de Maul, el Sith y su hermano reclutan una banda feroz de piratas. Obi-Wan Kenobi lidera la caza de Maul con la maestra Jedi Adi Gallia, lo que resulta en una confrontación con espadas láser que resulta con la muerte de Gallia. Obi-Wan lucha contra Savage y Maul, y le corta el brazo izquierdo a Savage. Los hermanos huyen con su nave y Obi-Wan vuelve a Coruscant, donde el Canciller le informa que los hermanos no tienen importancia en comparación con los separatistas, y ninguna otra acción se debe tomar en su nombre.

En el mundo separatista de Onderon, un grupo de rebeldes piden la ayuda de los Jedi. Ahsoka, Anakin y Obi-Wan van a entrenar a los rebeldes para luchar, y ven que el ex separatista de la guardia de la muerte, el terrorista Bonteri está entre ellos.

Ahsoka toma el mando del ejército rebelde en Onderon mientras la primera batalla por la capital se lleva a cabo.

Mientras los rebeldes en Onderon van avanzando más, los separatistas traen sus refuerzos para acabar con ellos.

Gran parte del pueblo de Onderon se une con el Rey Dendup, el verdadero rey de Onderon, contra el Rey Rash, falso rey de Onderon y representate de los separatistas, y el ejército separatista. Mientras tanto, Ahsoka, Lux, Saw, Steela y los rebeldes se preparan para el último ataque contra los droides.

Ashoka y seis aprendices van al encuentro, el lugar donde los Jedi encuentran sus cristales para sables láser. Los jóvenes deberán enfrentarse a sus miedos y obtener el cristal que la Fuerza ha preparado para ellos.

Los aprendices regresan a Coruscant en una nave donde un droide les enseña a crear sus sables láser cuando el pirata Hondo Onaka ataca la nave, los jóvenes y Ahsoka deben defenderse como pueden, al final los aprendices logran escapar, pero Ahsoka es capturada por los piratas.

Con Ahsoka Tano capturada por los piratas, los aprendices Jedi trabajan juntos para infiltrarse en la guarida de los piratas, usando su ingenio y valentía para engañar a Hondo Ohnaka y lanzar un audaz rescate.

Los piratas persiguen a los Jedis y consiguen capturarlos y derribar su nave, pero cuando se acercan a la base pirata se encuentran con que los droides de Grievous la han capturado y con ella a Hondo y sus hombres. De esta forma se unen Jedis y piratas para rescatar a Hondo y huir del sistema. Al final los piratas dejan a los aprendices y a Ahsoka en una de las naves de Obi-Wan.

R2-D2 y otros droides de la República reciben una misión para devolver un holocrón encriptado en manos de los separatistas.

Después de que su nave se estrelle en un planeta desolado, D-Squad y el coronel Gascon deben encontrar una manera de volver a Coruscant, o ser abandonados para siempre.

D-Squad y el coronel Gascon descubren que Abafar, el planeta en donde se encuentran atrapados, es controlado por los separatistas, pero también descubren un comando clon de la República llamado Gregor, quien ha estado varado también en el planeta. Deben trabajar juntos para salir del planeta de forma segura.

D-Squad descubre que el crucero está cargado con explosivos y se dirigen a una estación espacial que tendrá lugar un congreso de la República.

La Guardia de la Muerte se alía con Darth Maul y Savage Opress y fundan la Sombra Colectiva, y preparan el ataque a Mandalore. Pero para eso, primero van a los planetas Mustafar, Nal Hutta y Tatooine para conseguir un ejército aparte de los soldados de la Guardia de la Muerte.

La Sombra Colectiva invade Mandalore y la Duquesa Satine es arrestada. Pre Vizsla traiciona a Maul y Opress y también son arrestados. Maul y Opress escapan de su celda. Hacen contacto con Almec, antiguo primer ministro y ahora prisionero, quien le explica las leyes de Mandalore. Maul reta a un duelo a Vizsla, quien luego es asesinado y decapitado. Los renamentes de la Guardia de la Muerte que deciden no obedecer a Maul por considerlo externo de Mandalore, huyen. Almec es nombrado Primer ministro y en su primer discurso dice que la Duquesa Satine es quien asesinó a Vizla.

Después de que Vizsla fuera asesinado por Darth Maul, Satine es liberada, le pide ayuda al consejo Jedi y es nuevamente capturada. El consejo se niega a intervenir por tratarse de un conflicto interno, sin embargo, Kenobi acude en su ayuda, siendo capturado con Satine, al poco tiempo de liberarla. Satine es asesinada por Maul, y Kenobi es liberado por los remanentes de la Guardia de la Muerte. Los Mandalorianos comienzan una batalla, el Maestro Sith "Darth Sidious" llega a Mandalore y se enfrenta con Savage Opress y Maul, asesinando al primero y dejando casi muerto al segundo.

Ahsoka Tano y Anakin Skywalker dirigen las fuerzas de la República en el planeta de Cato Neimoidia, donde son informados por Yoda acerca de un atentado en el Templo Jedi. Mace Windu ordena a Anakin y a Ahsoka, junto al droide Russo, investigar el caso.

Ahsoka es culpada del asesinato de Letta, que fue asesinada por una estrangulación mediante la Fuerza de un ser desconocido. Mientras huye de la prisión de máxima seguridad de Coruscant, es llevada a un lugar para poder escapar de los clones que la siguen.

Ahsoka se refugia en los niveles inferiores de Coruscant siendo ayudada por su amiga Jedi Barris Offee. Mientras tanto, en el consejo se decide que Anakin y Plo Koon irán a buscar a Ahsoka. Esta le pide ayuda a Asajj Ventress para encontrar al Jedi que está tratando de culparla por crímenes que no hizo.

Ashoka es capturada y la sacan de la orden Jedi. Anakin busca a Ventress y ella le cuenta que puede ser Barris Offee quien culpa a Ashoka. Anakin lucha con Barris y lleva a Barris al juzgado donde están juzgando a Ashoka. Pero al final, Ashoka se marcha del templo Jedi.