Darth Maul és öccse, Savage Opress megtámadnak és kifosztanak egy űrállomást és rengeteg eszközhöz jutnak, így lefizetik Hondo Ohnaka bandáját a Florrumnál, majd ellene fordulnak, holokomm adáson keresztül megfenyegetik. Obi-Wan és a tholothi Adi Gallia[forrás?][5] követi a nyomukat a Florrumig, majd riasztják Hondo-t, akinek így lesz ideje felkészülni a sithek támadására.

Anakin, Obi-Wan, Ahsoka és Rex Onderonra utaznak, egy szeparatisták irányítása alatt álló világra. Ott kiképeznek egy csoport felkelő lázadót – köztük Lux Bonterit –, hogy segítsenek visszavenni Iziz-t a fővárost a kétszínű király uralma alól.

Ahsoka felügyelete alatt az onderoni lázadók beszivárognak a fővárosba, és sorozatosan csapnak le célpontokra városszerte. Amikor a szeparatistákhoz kötődő királyra egyre nagyobb nyomás nehezedik, hogy megbirkózzon a növekvő lázadással, a lázadók új vezetőt választanak.

Miután a lázadók megpróbálták megmenteni Onderon igazi királyát, Ramsis Dendupot, egy váratlan szövetséges lép elő, hogy leállítsa Dendup kivégzését és segítse a lázadók ügyét.

Miközben Onderonon már teljes körű lázadás zajlik, a lázadók döntő csapást mérnek a bolygó szeparatista párti királyára. Sajnos a lázadók számára az ilyen győzelemnek nagy ára van.

Ahsoka egy csapat fiatalt elkísér Ilumra, ahol tanulnak Yodától, és átesnek egy döntő rítuson: megépítik fénykardjukat. Fizikai és belső kihívásokkal is megküzdenek, miközben szembenéznek az előttük álló veszélyes feladattal.

Ahogy a fiatalok visszatérnek az Ilumról Ahsokával, hajójukat Hondo kalózbandája támadja meg. A gyerekeknek ötletes és rögtönzött csapdákat kell használniuk, hogy meghiúsítsák a rablók tervét.

Amikor Grievous tábornok támadást indít a florrumi kalózbázis ellen, Ahsoka és a fiatalok egymás mellett harcolnak Hondóval és kalózaival, hogy visszaverjék a szeparatista erőket.

R2-D2 tagja lesz egy köztársasági droidcsoportnak, a D osztagnak (D-Squad), ami egy fontos bevetést hajt végre a zilkin fajba tartozó Meebur Gascon ezredes vezetésével, mélyen a lázadók területein belül. Feladatuk megszerezni egy rejtjelező-kódfejtő modult a szeparatisták egyik zászlóshajójáról. A droidok és Gascon egy sor kihívás előtt találják magukat, de a feladatot sikeresen teljesítik.

A Meebur Gascon ezredes vezette csapat haza vezető útján váratlanul felbukkanó akadály miatt kilép a hipertérből. Az akadály egy jégaszteroida-mező, melyen nem sikerül sértetlenül átjutniuk. A sérült űrhajóval egy, az aszteroidamező mögött levő jeges felszínű bolygón hajtanak végre kényszerleszállást. A hajó súlyos sérüléseket szenved, melyet elhagyni kénytelenek. R2-D2-tól, lévén asztromech robot, megtudják, a Void területen levő Abafar nevű bolygón landoltak. A csapat vezetését az egyetlen értelmes élőlény vezetésképtelensége miatt átveszik a droidok, az elsődleges cél – a szeparatista rejtjelező-kódfejtő modul hazajuttatása – végrehajtása érdekében. A modul a kényszerleszállás óta R2-D2-nél van. Az osztag idővel szétválik, de az epizód végére mindkét csoport egy elhagyatott földfelszín alatti kolóniatelepre érkezik.

A D osztag az Abafaron felfedezett településen megkezdi keresni a bolygó elhagyásának lehetőségeit. Gascon ezredes és újonnan kinevezett tizedese, WAC–47, élelem után kutatnak, miközben találkoznak egy amnéziában szenvedő klón századossal, aki mint később kiderül, a Köztársaság egyik kommandóalakulatának volt a tagja.

A D osztag útban a jedi-cirkáló felé, nem tudnak kapcsolatba lépnek a híddal. Sikeresen landolnak, de senki nem várja őket a fedélközben és más élőlényekkel sem találkoznak. Útjuk a hídra vezet, ahol egy komplett klónlegénység hologramját fedezik fel. Miután az űrhajó a hiertérbe lép, rájönnek, a hajót szeparatista droidok irányítják, céljuk egy szenátusi ülésre betörni és a cirkálón felhalmozott robbanóanyagot felrobbantva megsemmisíteni a szenátusi űrállomást.

Savage és Maul szövetségre lépnek a Halálőrséggel és a galaxis legismertebb bűnszervezeteivel mint pl. a Fekete Nap kalózaival, hogy leszámoljanak minden ellenségükkel.

Pre Vizsla és Maul támadást indít a Mandalór és Satine hercegnő ellen, de a szövetségük hamarosan megszűnhet Vizsla ambíciói miatt...

Satine hercegnőt kiszabadítja egy korábbi fiatal katonája, Cookie, és saját húga, Bo-Katan csapatával is melléjük áll. Azonban a mentés végül nem zárult sikerrel. Egy épület teraszáról Satine Jedi-tanács felé segélyhívást kezdeményez, Obi-Wan Kenobi segítségét kérve, majd fogságba esnek. Minden a sithek tervei szerint alakul. A Jedi-templom központi holotermében Yoda és Ki-Adi-Mundi várja Kenobit.

Anakin és Ahsoka egy halálos robbantás után nyomoznak a Jedi templomban.

Miközben a köztársasági hadsereg átveszi a templomban történt robbantás ügyét, Ahsoka összetűzésbe kerül Tarkin admirálissal.

A menekülő Ahsoka Coruscant bűnözők által uralt alsó részeire kényszerül.

Ahsoka elfogását követően Tarkin tengernagy a Köztársasági szenátus nevében kikéri őt a jedi-tanácstól egy hadbírósági eljárás lefolytatására, melybe a Yoda vezette testület vonakodva, mondván, ez eltér a jedi-hagyományoktól, de beleegyezik.