Tup klónkatona egy titokzatos mentális betegséget kap el, ami egy Jedi mester sokkoló halálát okozza. Nem tud elszámolni tettével, Tupot elaltatják, és visszaküldik kivizsgálásra Kaminóra. Eközben a szeparatista Trench admirális tájékoztatja Dooku grófot az árulásról, és meg van győződve arról, hogy a gyilkosság valami mélyebbről fakad. Anakin Skywalker és Fives elkísérik Tupot, de visszaútjukat a szeparatisták már várják.

Kamino steril laboratóriumaiban a beteg klónkatona, Tup és barátja, Fives karanténba kerülnek, hogy kivizsgálják Tup megdöbbentő tettét egy Jedi mester meggyilkolását. Az AZI-3 orvosi droid segítségével Fives eltökélt, hogy Tup állapotátnak mélyére ásson, és felfedje a titkot, amely a Köztársaság klónozási programjában rejtőzik.

Tup klónkatona holttestét a tervek szerint Coruscantra szállítják, ahol Palpatine kancellár saját orvosai alaposan megvizsgálhatják. Fives megszegi a protokollt, és felfedezi, hogy minden klónkatona agyában egy ismeretlen célú szerves konstrukció rejtőzik.

Fives meghallgatást kér Palpatine főkancellártól. De a helyzet gyorsan megváltozik, amikor azzal vádolják, hogy megtámadta a kancellárt, és Coruscant mélyébe kell menekülnie, miközben klóntársai üldözik.

Miközben Padmé Amidala a Scipióra utazik hogy tárgyaljon a Bankár Klánnal, egy régi barátja, Rush Clovis megkéri, hogy segítsen feltárni a Bankár Klán korrupcióját. Eközben a fejvadász Embóval is meg kell küzdeniük, hogy megszökjenek a bolygóról a terhelő információkkal.

Visszatérve a Coruscantra, Clovis – a Köztársaság ismert árulója – kétes ügyletet köt, amivel a Bankár Klán élére kerül. Anakin Clovis iránti növekvő bizalmatlansága és gyűlölete próbára teszi kapcsolatát Padméval.

Rush Clovis üzlete a szeparatistákkal visszaüt, és elhozza a háborút Scipio bankvilágára.

Bardotta békés világát egy ősi prófécia fenyegeti, legfőbb spirituális vezetői eltűntek. Bardotta uralkodója Júlia királynő segítséget kér a szenátusban legmegbízhatóbb barátjától, Jar Jar Binkstől. Felismerve Bardotta egyensúlyának fontosságát, a Jedi Tanács elküldi Mace Windut, hogy kísérje el Binks-t és nyomozzon.

A vérszomjas Frangawl-kultusz elrabolta Bardotta bolygó királynőjét, Juliát, hogy beteljesítsen egy sötét és ősi próféciát. Binks képviselőnek és Windu Jedi mesternek meg kell találnia az eltűnt királynőt, mielőtt a kultusz hatalomra kerül.

A Tanács megbeszélésén Windu kéri Kenobit, emlékeztesse az egybegyűlteket a klónháború előtti nyomozása eredményeire. Obi-Wan közli, hogy Jango Fett után nyomozva jutott el a Kamino-ra (Epizód II.), ahol megtudta, hogy a kamino-iak Sifo-Dyas utasítására klónhadsereg gyártásába kezdtek.

Yoda mélyen elbizonytalanodik, amikor meghall valamit a síron túlról: Qui-Gon Jinn hangját. Tudva, hogy egy jedinek lehetetlen megőrizni identitását halála után, a Jedi Tanács aggódik, hogy Yodát megronthatja a sötét oldal befolyása. Ezért elhatározza, hogy válaszokat keres, és megszökik a Jedi Templomból, hogy kövesse a testetlen hangot.

Yoda hagyja, hogy az Erő vezesse, és a galaxis szívébe utazik egy ősi világra, amely az Erő és a midi-chloránok egyik forrása. Nehéz megpróbáltatásokkal néz szembe, amelyeket az öt papnő irányít, akik a halhatatlanság titkának ismerői.

Sok fárasztó próba után Yoda a Moraband ősi Sith-világára utazik, ahol szembe kell néznie egy ősi gonosszal, aki eltökélte, hogy uralja a galaxist.