Yoda parte para uma lua neutra para negociar a construção de uma base da república com o rei dessa lua, o rei Kattunko. Ele e mais três clones partem para esta jornada na lua, mas Asajj Ventress negocia uma base Separatista, e propõe um desafio a Yoda: vencer mais de mil dróides.

Há boatos de uma nova arma construída pelos Separatistas. O Mestre Plo Koon é enviado para descobrir qual é essa arma, mas quando essa arma (um canhão de ions, que neutraliza a energia de naves, deixando-as mais vulneráveis a nave Malevolência) atinge a nave dele, ele e mais quatro clones terão que derrotar os Separatistas. Anakin Skywalker e Ahsoka Tano (sua padawan) irão resgatá-lo, e escapar da nave Malevolência, comandada por General Grievous e Conde Dooku.

Anakin Skywalker, Ahsoka Tano, Plo Koon e mais alguns clones são enviados em uma missão para acabar com a nave Malevolência, que irá em breve atacar a base médica dos clones. Com sucesso, Anakin consegue destruir o canhão de ions, mas Grievous ainda está vivo e a nave Malevolência com alguns danos. Obi-Wan Kenobi comanda uma frota que irá destruir a nave Malevolência.

A frota de naves continua destruindo a Malevolência, mas quando Padmé Amidala e C-3PO entram sem querer no meio da batalha, são puxados para a nave Malevolência, onde ela seria uma refém. Anakin e Obi-Wan terão que resgatá-los, antes que Grievous consiga pegá-la.

Um grupo de clones, o capitão Rex e o comandante Cody terão que lidar com uma invasão de dróides de comando de batalha e super droides de batalha, enviada pelo General Grevious com permissão de Asajj Ventress. Os clones parecem ter uma única saída mas isso pode significar morte para os clones.

Anakin Skywalker, Ahsoka Tano, R3-S6, Rex e alguns clones terão que resgatar R2-D2 de Gha Nachkt e do general Grievous. Eles resgatam R2 com sucesso do General Grievous. Novos robôs entram em cena: os Magnaguardas. R3-S6 é destruído por R2.

Padmé Amidala, C-3PO e Jar Jar Binks fazem uma viagem a Roodia, para conseguir uma realiança com o planeta. Jar Jar Binks é confundido com um jedi, e com a ajuda de Padmé e C-3PO, eles conseguem capturar o vice rei separatista Nute Gunray.

Ahsoka Tano e Luminara Unduli recebem a missão de levar Nute Gunray a prisão da República. Após serem atacados pelos Separatistas, Asajj Ventress se infiltra na nave, e agora, Ahsoka e Luminara terão que enfrentar Asajj e evitar o resgate de Gunray. Gunray é resgatado por um guarda do senado traidor, enganando a todos, aproveitou a oportunidade enquanto Luminara e Ahsoka lutavam contra Ventress para fugir com o vice-rei, mas acabou sendo morto por Asajj Ventress por sua insolência.

Após a fuga de Nute Gunray, Mestre Luminara contacta o Mestre jedi Kit Fisto, na busca de recapturar Gunray. Kit Fisto reencontra seu antigo padawan, Nahdar Vebb. Sem querer, eles entram no esconderijo do General Grievous, que volta para lá. Em esperança de tentarem capturar Grievous, sobrando apenas Kit Fisto vivo, Kit Fisto foge. Grievous estava sendo testado por Conde Dooku. Os Magnaguardas retornam.

No meio de um plano para capturar Conde Dooku, Anakin Skywalker e Obi-Wan Kenobi caem no sistema Vancor. No sistema, eles acham Dooku, mas este os supreende e os deixam presos numa caverna. Depois disso Dooku é capturado por piratas e Hondo Onaka pede um quantia a república para darem Dooku. Anakin e Obi-Wan vão ver se isso que Hondo Onaka está falando é verdade.

Após a fuga de Conde Dooku, Obi-Wan e Anakin foram presos por Hondo Onaka, o líder de um povo pirata. Eles são prisioneiros juntos à Dooku, e agora, Jar Jar Binks e mais quatro clones terão que resgatar Obi-Wan e Anakin. Dooku escapa com facilidade.

Anakin e Ahsoka vão resgatar Aayla Secura de uma batalha. No resgate, Anakin é ferido gravemente e para piorar as coisas, a nave em que Anakin, Ahsoka e Aayla estavam, foi atingida por um tiro. O botão do hiperespaço foi acionado acidentamelte. Quando Aayla desativa o hiperespaço a nave cai no planeta Lurmen. No planeta Ahsoka, Aayla e alguns clones terão que procurar ajuda. Eles acham a raça Lurmen, e eles os ajudam a curar Anakin.

Após Anakin Skywalker ser curado no planeta Lurmen, um general Separatista chamado Lok Durd, vai ao planeta testar a sua nova arma. Agora, Anakin, Aayla, os generais clones e Ahsoka terão que deter Lok Durd e capturá-lo, antes que a arma extingue os Lurmen.

Anakin, Obi-Wan, Capitão Rex e o líder da Lua de Pantora, Chairman Cho, vão o mundo de Orto Plutonia para investigar uma suposta morte de clones em uma base avançada. Descobrem que os Tauns, uma espécie do planeta, matou os clones, e destruiu dróides de uma base do outro lado do planeta. Os Tauns querem a paz, mas Chairman Cho quer guerra com eles para ter o controle do planeta. Agora, eles terão que negociar a paz, antes que sejam mortos.

Anakin Skylwalker, Obi-Wan Kenobi, Capitão Rex e o Comandante Cody estão guerreando contra os Separatistas no planeta Christofisis. Eles planejam um ataque, mas um espião é a nova ameaça, e o posto avançado da República é atacado de surpresa. Anakin e Obi-Wan batalham mais uma vez contra Asajj Ventress, que os atraiu até a base separatista para que o espião pudesse destruir as armas do posto clone. Cody e Rex descobrem o espião, Slick, um clone traidor, e ele é preso. A República se prepara para a batalha final. (Este episódio antecede a batalha ocorrida no início de "Star Wars: The Clone Wars (filme)" lançado nos cinemas).

Após terem vestígios de rastros da guerra em Naboo, os Gungans chamam Padmé Amidala, C-3PO e Jar Jar Binks para investigar isso. Foi encontrado uma mensagem do Dr. Nuvo Vindi, que agora quer matar todos na galáxia com uma nova epidemia do Vírus da Sombra Azul disseminado pelo ar. Anakin Skywalker, Ahsoka Tano e Obi-Wan Kenobi são chamados para resgatar Padmé e impedir a disseminação do vírus.

O Dr. Nuvo Vindi é preso, mas o vírus infecta Rex, Padmé, Ahsoka e outros clones. Eles terão que impedir que os dróides restantes escapem, e Obi-Wan e Anakin terão que ir a Yego, um planeta amaldiçoado para conseguirem a cura do Vírus Azul. O planeta é amaldiçoado pelo fantasma de Dron, antigo governador do planeta, e terão que voltar a Naboo antes que Ahsoka, Rex, Padmé e os clones morram por causa do vírus.

O planeta dos Twileks, Ryloth, é dominado pelos Separatistas. Cabe agora a Anakin e Ahsoka destruírem o bloqueio Separatista que cobre o planeta, iniciando uma emboscada para que Obi-Wan e Mace Windu reconquistem o planeta, antes que a próxima rotação de Ryloth aconteça.

Obi-Wan Kenobi e suas tropas conseguem redominar parte do planeta Ryloth, faltando somente a capital do planeta.

O mestre jedi Mace Windu, consegue libertar a capital do planeta Ryloth, captura Wat Tambor e sela a paz no planeta. A República tem mais uma vitória.

Um caçador de recompensas chamado Cad Bane, junto de seus comparsas, invade o senado e captura alguns senadores, incluindo Padmé Amidala e Bail Organa, para usá-los como moeda de troca para libertar Ziro the Hutt, que está numa prisão de Coruscant. Os reféns são resgatados por Anakin Skywalker, porém este não consegue impedir a fuga do caçador de recompensas por estar sem seu sabre de luz, já que o entregou a Padmé como prova de seu amor.